Program UW Undiagnosed Genetic Diseases Program

Odhaduje se, že 10 000 vzácných mendelovských genetických poruch postihuje v souhrnu jednoho z dvanácti jedinců. Důležité je, že o něco více než polovina těchto onemocnění má známou genetickou příčinu. To ponechává tisíce chorobných genů čekajících na své objevení a miliony postižených jedinců bez diagnózy. Vyšetřovatelé se budou těmito kritickými problémy v genomové medicíně zabývat pomocí sekvenování genomu a dalších „omických technologií“ k posouzení pacientů, jejichž komplexní klinická vyšetření nedokázala stanovit diagnózu. Hypotézou je, že pokud budou pečlivě vybráni, tito pacienti s nediagnostikovaným onemocněním budou bohatým zdrojem pro objevy nových genů onemocnění.

Tato studie je výzkumnou částí programu UW Undiagnosed Disease (UW-UDP). Primárním cílem této studie je objevit nové geny onemocnění a rozšířit známé fenotypy vzácných mendelovských poruch. Sekundární cíle jsou: a) Diagnostikovat jedince s genetickými poruchami, kteří nebyli diagnostikováni konvenčními klinickými prostředky, a poskytnout jim praktické znalosti pro zvládnutí jejich poruch; b) zlepšit naše chápání patobiologie genetických poruch a vztahů mezi genomickými variacemi a nemocemi; a c) Vyvíjet a testovat nové diagnostické technologie a analýzy.

Těchto cílů bude dosaženo prostřednictvím tří cílů:

Cíl 1: Identifikovat kandidátní varianty onemocnění u jedinců s podezřením na nediagnostikovanou genetickou poruchu pomocí trio krátkého čtení genomového sekvenování a sdílení dat s databázemi vzácných onemocnění GeneMatcher a MatchMaker Exchange.

Cíl 2: Dále vyhodnotit ty jedince, kteří nejsou diagnostikováni v Cíli 1, pomocí nových 'omických technologií a bioinformatických algoritmů. Tyto přístupy zahrnují a) genomové sekvenování založené na ultra dlouhém čtení de novo sestavení; b) RNA-Seq; c) epigenomické profilování a d) konformační analýza organizace chromatinu.

Cíl 3: Poskytnout funkční hodnocení vybraných kandidátních genů onemocnění a genomických variant objevených v Cílích 1 a 2 prostřednictvím spolupráce s UW a externími výzkumníky modelových organismů. Toto úsilí bude usnadněno využitím databáze výzkumníků modelových organismů UW, která je propojena s databází kanadské sítě modelů a mechanismů vzácných onemocnění a vznikající globální sítě databází výzkumných modelových organismů.

Tento výzkumný projekt je úzce integrován s komplexními klinickými hodnoceními nediagnostikovaných pacientů UW-UDP. Složka standardní klinické péče zahrnuje doporučení pacienta, shromažďování a hodnocení zdravotních záznamů před návštěvou a návštěvy kliniky za účelem rozsáhlého fenotypování na začátku studie a pro návrat výsledků na konci studie. Pracovní postup výzkumu zahrnuje sekvenování genomu, sdílení dat s globálními sítěmi pro objevování genů onemocnění a následné studie k určení kauzality variant identifikovaných genetickým testováním. Tato studie posílí porozumění patobiologii genetických onemocnění, zlepší klinickou diagnostiku a pomůže při diagnostice a léčbě jedinců s dosud nediagnostikovanými vzácnými poruchami jak ve Wisconsinu, tak za jeho hranicemi.