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Genetische Krankheitsgenidentifikation

Dies ist eine Studie zur Identifizierung vererbter Krankheitsgene. Die Studie wird molekulare Techniken verwenden, um genetische Krankheiten mit Techniken wie Affymetrix SNP-Chips abzubilden. Die leistungsstarke Kombination der vom Human Genome Project generierten Informationen und technischen Fortschritten wie Microarrays ermöglicht Versuche, Gene zu identifizieren, die für Erbkrankheiten verantwortlich sind, mehr als je zuvor. Ausgehend von selbst bescheidenen Stammbäumen von nur wenigen Individuen oder sogar einzelnen Individuen ist es möglich, das/die beteiligte(n) Gen(e) zu identifizieren. Es wird vorgeschlagen, bis zu 20 ml peripheres Blut und/oder bukkale Zellproben von Probanden und relevanten Familienmitgliedern zu entnehmen. Derzeit sind die folgenden Erkrankungen zur Untersuchung zugelassen.

Die aktuelle Liste der Störungen:

Aarskog-Scott-Syndrom, Café-au-Lait-Flecken, zerebrale kavernöse Fehlbildung, delXp, del2q, del10p, del11q, del12p, del13q, del14q, del16q, del17q, del18q, del Xp21, Choreoathetose, angeborener vertikaler Talus (CVT), Klumpfuß, Tarsalkoalition und andere angeborene Gliedmaßendeformitäten, Mukoviszidose (CF)-ähnliche Erkrankung, Desbuquois-Syndrom, Droopy-Eyelid-Syndrom (Ptosis), Fanconi-Bickel-Syndrom (FBS), FENIB (familiäre Enzephalopathie mit Neuroserpin-Einschlusskörperchen), FG-Syndrom, idiopathische generalisierte Erkrankung Epilepsie (IGE), Renpenning-Syndrom, transienter neonataler Diabetes mit 6q UPD, Translokation (13; 14), Translokation (3; 8), Translokation (2; 18), nicht charakterisierte familiäre Demenz und X-chromosomale mentale Retardierung (XLMR).

Studienübersicht

Detaillierte Beschreibung

Es wird vorgeschlagen, Personen und/oder Familien mit den oben aufgeführten Erkrankungen zu identifizieren und zu rekrutieren. 10-20 ml (2-4 Teelöffel) peripheres Blut werden von allen erwachsenen Probanden gesammelt. Bei Kindern würden je nach Alter/Größe kleinere Blutmengen entnommen. In einigen Fällen werden Wangenzellen als adäquate Alternative zur Entnahme von peripherem Blut mit Wangenabstrichen (Epicentre Biotechnologies) entnommen. Alle relevanten lebenden Mitglieder jeder Ahnentafel werden gebeten, kostenlos und ausschließlich auf Forschungsbasis teilzunehmen. Genomische DNA wird mit Standardmethoden extrahiert und als Matrize für Amplifikationsreaktionen der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) verwendet. Individuen werden an Markern genotypisiert und Kandidatengene sequenziert.

Dabei kommen im Wesentlichen zwei Ansätze zum Einsatz:

  1. Zu den Umständen, die Kenntnisse über Kandidatengene liefern können, gehören Durchsichten der Literatur, Biologie der Krankheit, Verständnis biologischer Signalwege, chromosomale Umlagerungen, Mutanten in Modellorganismen usw. Wenn Kandidatengene existieren, wird vorgeschlagen, verknüpfte Mikrosatelliten- und/oder Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-PCR-Primerpaare auf der DNA von Familien zu verwenden, um zu bestimmen, ob es eine Co-Segregation der Krankheit und Marker und somit eine Kopplung zwischen dem Krankheitsgen und gibt zuvor zugeordnete Markierungen.

    Wenn die Krankheit mit dem Kandidatengen in Verbindung zu stehen scheint, werden PCR-Primer, die alle kodierenden Exons flankieren, verwendet, um die Exons und Intron/Exon-Grenzen zu amplifizieren, gefolgt von einer Sequenzierung zum Nachweis krankheitsverursachender Mutationen. Eine Website, die das Design von Primern zur Amplifikation von Kandidatengen-Exons ermöglicht, ist verfügbar (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway ). Liegt ein sehr starkes Kandidatengen vor, wird eine Kandidatengensequenzierung an betroffenen Einzelproben durchgeführt, ohne dass zuvor eine Kopplungsstudie durchgeführt wird.

  2. Wenn keine offensichtlichen Kandidatengene vorhanden sind und eine Familie ausreichender Größe gesammelt wurde, wird vorgeschlagen, Affymetrix SNP-Microarrays zu verwenden, um eine humangenomweite Suche nach Kopplungen durchzuführen. Wir haben diesen Ansatz bereits erfolgreich verwendet (Shrimpton et al. 2004), indem wir die Analyse der gesamten Genomverknüpfung mit dem Human Mapping 10K Array (Affymetrix Inc., Santa Clara, CA) verwendet haben. Das 10K-Array ermöglicht die gleichzeitige Genotypisierung von mehr als 11.200 kartierten SNPs, die in Intervallen von 210 KB über das gesamte menschliche Genom verteilt sind. Affymetrix 100K- und 500K-Arrays sind ebenfalls erhältlich. Informationen zum SNP-Genotyp werden mit der Software Varia (Silicon Genetics) und/oder Merlin analysiert. Die Daten werden verwendet, um einen kritischen Bereich zu definieren. Wenn eine statistisch signifikante Segregation festgestellt wird, werden Kandidatengene innerhalb der kritischen Region bewertet und in der Reihenfolge ihrer Wahrscheinlichkeit, das Krankheitsgen zu sein, eingestuft. Kandidatengene werden dann wie oben beschrieben sequenziert.

Zusammenfassung.

  1. Identifizieren Sie mögliche Krankheitsgene aus Kopplungsstudien, starken Indizienbeweisen oder Hinweisen aus dem Phänotyp.
  2. Sequenzieren Sie Kandidatengene, um krankheitsverursachende Mutationen zu erkennen.
  3. Auswertung der erkannten Variation.

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Tatsächlich)

176

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienorte

    • New York
      • Syracuse, New York, Vereinigte Staaten, 13210
        • SUNY Upstate Medical University

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

6 Monate und älter (Kind, Erwachsene, Älterer Erwachsener)

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Ja

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Patienten und ihre Familien, die von Ärzten identifiziert wurden.

Beschreibung

Einschlusskriterien:

  • Patienten und ihre Familien, die von Ärzten identifiziert wurden.

Ausschlusskriterien:

  • Patienten mit nicht verwandten Erkrankungen.

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

  • Beobachtungsmodelle: Familienbasiert
  • Zeitperspektiven: Retrospektive

Kohorten und Interventionen

Gruppe / Kohorte
1
Patienten mit genetischen Erkrankungen, die untersucht werden.
2
Abgestimmte Kontrollen

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Zeitfenster
Identifizierung des für die Störung verantwortlichen Gens/der Mutation.
Zeitfenster: 1 Jahr
1 Jahr

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Ermittler

  • Hauptermittler: Antony E Shrimpton, PhD, State University of New York - Upstate Medical University

Publikationen und hilfreiche Links

Die Bereitstellung dieser Publikationen erfolgt freiwillig durch die für die Eingabe von Informationen über die Studie verantwortliche Person. Diese können sich auf alles beziehen, was mit dem Studium zu tun hat.

Allgemeine Veröffentlichungen

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn

1. Oktober 2005

Primärer Abschluss (Tatsächlich)

1. April 2015

Studienabschluss (Tatsächlich)

1. Juli 2015

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

8. Juni 2009

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

9. Juni 2009

Zuerst gepostet (Geschätzt)

10. Juni 2009

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Geschätzt)

1. Januar 2024

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

21. Dezember 2023

Zuletzt verifiziert

1. April 2016

Mehr Informationen

Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .

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