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Genome-Wide Gene Expression Profiling of Patients With ITP Receiving Thrombopoietin Mimetics

24. April 2017 aktualisiert von: James L Zehnder, Stanford University

Introduction:

Ineffective platelet production has been proven to play a role in the etiology of Immune Thrombocytopenia (ITP) in addition to increased platelet destruction. The second-generation thrombopoietin (TPO) mimetics have shown good efficacy in boosting platelet counts in the great majority of patients with chronic ITP in several clinical trials.1, 2 Nevertheless, about 20% of patients with ITP fail to respond to the TPO mimetic treatment. Those treatment-resistant patients are un-characterized and the reasons for the lack of response have not been studied. The identification of predictive blood biomarkers of patients' response to treatment will be useful in reducing both cost and potential side effects; and it will be of equal importance and interest to investigate the molecular mechanisms underlying the patients' heterogeneous responses to TPO mimetic treatment.

Specific Aims:

  1. To identify blood classifier genes which correlate with patients' response to TPO mimetic treatment.
  2. To compare the blood gene expression changes in responders and non-responders after TPO mimetic treatment and explore the possible molecular mechanisms accounting for the non-responsiveness to the treatment.

Studienübersicht

Status

Abgeschlossen

Bedingungen

Detaillierte Beschreibung

  1. Identification and validation of response-predictive genes. The normalized pre-treatment microarray data of the training set is retrieved from SMD for statistical analysis. The supervised analysis SAM (Significance Analysis of Microarrays, two class unpaired) is performed to identify genes whose expression is significantly different between responders and non-responders. Then a Leave-one-out cross-validated gene-expression predictor for the 2 response classes is devised by the PAM (Predication Analysis of Microarrays) method based on nearest shrunken centroids. The unsupervised clustering of the independent test set is performed using the predictive genes and the prediction accuracy is calculated. Quantitative real-time PCR is performed as further validation using the un-amplified RNA samples and Taqman gene expression assays (Applied Biosciences).
  2. Gene expression changes correlated with TPO mimetic treatment and pathway analysis.

2.1. Hypothesis: The transcriptional profile of patients who respond to TPO agonists is different than those who do not respond.

Plan: The expression data of pre-treatment as well as the 1-week and 1-month after initiation of treatment samples is retrieved from SMD. The two class paired SAM analysis is performed to compare pre-treatment samples with samples collected at either 1-week or 1-month after initiation of treatment in responders and non-responders. The two class unpaired SAM analysis is also used to compare post-treatment samples of responders and non-responders at the same time point. The significant genes (q value<0.05, fold change>2.5) are subsequently analyzed by IPA (Ingenuity Pathway Analysis) system to be transformed into a set of relevant networks based on the extensive records maintained in the Ingenuity Pathway Knowledge Base. The statistically significant networks, molecular and cellular functions, top canonical pathways and toxicity lists associated with each pair of dataset will be recognized through this analysis. Hypothesis on non-response to TPO mimetics can be generated based on the different functional subsets of significant genes. Genes involved in important pathways identified by IPA analysis will be validated by QRT-PCR as in our recent publication on oxidative stress pathways in ITP4. Our goal is to develop biomarkers which predict likelihood of response to therapy and identify pathways associated with resistance to therapy which could be targeted.

2.2 Hypothesis: Since available TPO agonists have different mechanisms of action, there may be differences in responders and non-responders between the different drugs.

Plan: We recognize that TPO agonists have different mechanisms of action which could affect downstream signaling pathways and transcriptional responses. For this reason in addition to evaluating the TPO agonists as a group in 2.1 above, patients will also be analyzed by type of agonist. The conclusions of this type of analysis will be limited by the numbers of individuals treated with a particular drug but could be useful for hypothesis generation and confirmation in a larger cohort.

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Tatsächlich)

75

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienorte

    • California
      • Stanford, California, Vereinigte Staaten, 94305
        • Stanford University
    • New York
      • New York, New York, Vereinigte Staaten, 10065
        • Weill Medical College, Cornell University

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

  • Kind
  • Erwachsene
  • Älterer Erwachsener

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Nein

Studienberechtigte Geschlechter

Alle

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Patients with ITP receiving TPO agonists

Beschreibung

Inclusion Criteria:

  • clinical diagnosis of ITP TPO treatment

Exclusion Criteria:

  • thrombocytopenia not due to ITP

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

Kohorten und Interventionen

Gruppe / Kohorte
TPO responder
Patients with therapeutic response to TPO
TPO non-responder
Patients not responding to TPO agonists

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Zeitfenster
1. To identify blood classifier genes which correlate with patients' response to TPO mimetic treatment.
Zeitfenster: 2 years
2 years

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Ermittler

  • Hauptermittler: James L Zehnder, MD, Stanford University

Publikationen und hilfreiche Links

Die Bereitstellung dieser Publikationen erfolgt freiwillig durch die für die Eingabe von Informationen über die Studie verantwortliche Person. Diese können sich auf alles beziehen, was mit dem Studium zu tun hat.

Allgemeine Veröffentlichungen

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

1. Juli 2012

Primärer Abschluss (Tatsächlich)

1. Februar 2017

Studienabschluss (Tatsächlich)

1. Februar 2017

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

12. November 2012

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

12. November 2012

Zuerst gepostet (Schätzen)

16. November 2012

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Tatsächlich)

26. April 2017

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

24. April 2017

Zuletzt verifiziert

1. April 2017

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)

Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?

NEIN

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