Endométriose et dysbiose péritonéale

L'objectif principal du projet est d'analyser le microbiome intestinal, péritonéal et utérin chez les femmes qui subissent une laparoscopie en raison d'une endométriose (bras 1) ou d'une infertilité idiopathique (bras 2). Les objectifs détaillés sont : i) analyse de la corrélation entre la composition du microbiome intestinal, péritonéal et utérin avec le stade de l'endométriose selon l'ASRM, ii) comparaison qualitative du microbiome intestinal et péritonéal au microbiome de la cavité utérine chez les femmes atteintes d'endométriose vs l'infertilité idiopathique, iii) l'analyse de la corrélation entre la composition du microbiome intestinal, péritonéal et utérin avec l'intensité de la douleur et l'infertilité, iv) la comparaison de la qualité de vie dans les deux bras et l'évaluation de sa corrélation avec le microbiome local. La qualité de vie sera évaluée dans les deux bras à l'aide du questionnaire SF-36, puis comparée. Le questionnaire auto-rapporté SF-36 couvre huit domaines de santé : fonctionnement physique (10 items), douleur corporelle (2 items), limitations de rôle dues à des problèmes de santé physique (4 items), limitations de rôle dues à des problèmes personnels ou émotionnels (4 items ), bien-être émotionnel (5 items), fonctionnement social (2 items), énergie/fatigue (4 items) et perceptions générales de la santé (5 items). Les scores pour chaque domaine vont de 0 à 100, un score plus élevé définissant un état de santé plus favorable. Le groupe d'étude sera composé de femmes en âge de procréer, subissant un traitement chirurgical en raison d'une endométriose pelvienne ou d'une infertilité idiopathique. Avant la chirurgie, un échantillon de selles sera prélevé pour l'examen du microbiome intestinal. Au cours de la laparoscopie programmée, en plus de la procédure prévue, qui est le but de l'hospitalisation, une biopsie par aspiration de l'endomètre sera effectuée et le liquide de la cavité péritonéale et/ou le liquide du kyste ovarien seront prélevés pour l'analyse du microbiome local. Le matériel biologique (selles, liquide de kyste péritonéal/ovarien, aspiration endométriale) sera sécurisé puis soumis à une analyse moléculaire à l'aide de la méthode de séquençage de nouvelle génération (NGS). Les étapes comprendront : i) l'isolement de l'ADN bactérien à partir de matériaux biologiques, ii) la préparation de bibliothèques pour le séquençage, y compris la réalisation des méthodes PCR et Nested-PCR sur des isolats d'ADN bactérien à partir des échantillons testés de matériaux biologiques, iii) la purification de produits d'amplification, indexation, validation de la concentration des amplicons, pooling et dénaturation des banques, iv) standardisation et optimisation de la procédure d'isolement de l'ADN métagénomique bactérien à partir de matériel biologique d'intestin, de la cavité péritonéale, de la cavité utérine et des tissus endométriaux, v) standardisation de la méthode Nested-PCR sur des isolats d'ADN bactérien à partir des matériels biologiques testés, vi) soumission d'échantillons pour séquençage. Les données de séquençage seront soumises à une analyse bioinformatique pour obtenir des profils bactériens (la composition en pourcentage de la population bactérienne locale par phylums et genres). L'objectif est de caractériser le microbiome des intestins, du péritoine et de la cavité utérine chez les femmes subissant un traitement chirurgical de l'endométriose ou un diagnostic invasif de l'infertilité idiopathique, et de comparer les populations bactériennes à ces endroits, ce qui peut également fournir des informations sur l'origine des bactéries. dans la cavité péritonéale.