Klinische, virologische, serologische en immunologische kenmerken tijdens en na COVID-19-ziekenhuisopname (COVISERA)

Het primaire doel van de studie is het beoordelen van klinische factoren, zoals de ernst van de ziekte, geassocieerd met de productie van neutraliserende antilichamen (NAb). Bovendien heeft het onderzoek tot doel de lengte van SARS-CoV-2-besmettelijkheid en klinische factoren die verband houden met virale belasting te beoordelen.

Patiënten van 18 jaar of ouder die van 24 mei 2020 - 5 mei 2021 in het Universitair Ziekenhuis van Kopenhagen in Noord-Seeland, Kopenhagen, Denemarken, werden opgenomen, werden routinematig gescreend op COVID-19 door middel van diagnostische orofaryngeale of tracheale RT-PCR-monsters die tijdens de opname werden genomen. Patiënten met een positieve SARS-CoV-2 PCR binnen 48 uur na ziekenhuisopname kregen opname aangeboden, als COVID-19-pneumonie werd bevestigd.

Het volgende werd opgehaald uit de elektronische dossiers van patiënten: comorbiditeit (Charlson Comorbidity Index), vitale functies (Early Warning Score), immuungecompromitteerde status, tijd vanaf het begin van de symptomen tot opname, zuurstofbehandeling, farmacologische behandeling, opnameduur, overlijden en bacteriële co-infectie .

Gepaarde orofaryngeale uitstrijkjes en serummonsters werden verzameld bij opname (dag 0), dagen 3, 7, 10, 14, 17, 24 en 30. Serummonsters werden, indien mogelijk, ook na drie en zes maanden verzameld. De follow-up tijd was zes maanden.

RT-qPCR-analyse was gericht op het SARS-CoV-2 RNA-afhankelijke-RNA-polymerase (RdRp)-helicase-gengebied en twee monsters met bekende virale belasting werden opgenomen in elke PCR-run voor kwantificering van patiëntmonsters. Het virus werd gekweekt in cellen van de Afrikaanse groene aap (VERO-E6) met incubatie gedurende 3-4 dagen en dagelijkse microscopische inspectie op cytopathogeen effect (CPE). Er werden in totaal drie passages gemaakt voordat het virus werd geïnterpreteerd als niet-replicerend. Cellen met CPE werden bevestigd door RT-qPCR.

De aanwezigheid van specifieke antilichamen (Ab) tegen SARS-CoV-2 in serum werd beoordeeld met behulp van Wantai total-Ab ELISA volgens de instructies van de fabrikant (Wantai, Beijing, China).

Voor de interne NAb-analyse van levend virus werd een afkapwaarde van 50% berekend op basis van viervoudige virus- en celcontroleputjes op elke plaat met behulp van de volgende vergelijking: (gemiddelde optische dichtheid (OD) van viruscontroleputjes + gemiddelde OD van celcontroleputjes)/2. De neutralisatietiter van 50% werd berekend als de interpolatie van de grenswaarde met een logistische regressiecurve met vier parameters die voor elke seriële verdunning van het serum was aangepast. Om inter-assayvariatie te minimaliseren, werden de titers genormaliseerd volgens een positieve controle die op elke assayplaat was opgenomen.

Een lineair mxied-effects-model werd gebruikt om de associatie tussen herhaalde NAb-metingen en klinische variabelen zoals leeftijd, geslacht en ernst van de ziekte te beoordelen. Er werd ook een lineair mixed-effects-model gebruikt om de associatie tussen herhaalde metingen van de virale belasting en klinische variabelen te beoordelen.