Программа UW по недиагностированным генетическим заболеваниям

По оценкам, 10 000 редких менделевских генетических заболеваний поражают в совокупности каждого двенадцатого человека. Важно отметить, что чуть более половины этих заболеваний имеют известную генетическую причину. Это оставляет тысячи генов болезней, ожидающих своего открытия, и миллионы больных людей без диагноза. Исследователи будут решать эти критические проблемы в геномной медицине, используя секвенирование генома и другие омические технологии для оценки пациентов, чьи комплексные клинические исследования не позволили поставить диагноз. Гипотеза состоит в том, что при тщательном отборе эти пациенты с невыявленными заболеваниями станут богатым ресурсом для открытия новых генов болезней.

Это исследование является исследовательским подразделением программы UW по недиагностированным заболеваниям (UW-UDP). Основная цель этого исследования — открыть новые гены болезней и расширить известные фенотипы редких менделевских расстройств. Второстепенными целями являются: а) диагностировать лиц с генетическими нарушениями, которые не были диагностированы с помощью обычных клинических методов, и предоставить им практические знания для лечения их расстройств; б) улучшить наше понимание патобиологии генетических нарушений и взаимосвязей между геномной изменчивостью и заболеванием; и c) Разработать и опробовать новые диагностические технологии и аналитику.

Эти цели будут достигнуты посредством трех задач:

Цель 1: Идентифицировать возможные варианты заболевания у лиц с подозрением на невыявленное генетическое заболевание с помощью трехкратного секвенирования генома с коротким чтением и обмена данными с базами данных редких заболеваний GeneMatcher и MatchMaker Exchange.

Цель 2: Дальнейшая оценка лиц, не диагностированных в рамках Цели 1, с использованием новых технологий омики и алгоритмов биоинформатики. Эти подходы включают а) геномное секвенирование на основе сборки de novo со сверхдлинным чтением; б) секвенирование РНК; в) эпигеномное профилирование и г) конформационный анализ организации хроматина.

Цель 3: Обеспечить функциональные оценки выбранных генов-кандидатов болезней и геномных вариантов, обнаруженных в целях 1 и 2, посредством сотрудничества с UW и внешними исследователями модельных организмов. Этим усилиям будет способствовать использование базы данных исследователей модельных организмов Университета Вашингтона, которая связана с базой данных Канадской сети моделей и механизмов редких заболеваний, а также новой глобальной сетью баз данных исследователей модельных организмов.

Этот исследовательский проект тесно связан с комплексной клинической оценкой недиагностированных пациентов UW-UDP. Стандартный компонент клинической помощи включает в себя направление пациентов, сбор и предварительную оценку медицинских записей, а также посещения клиник для обширного фенотипирования в начале исследования и для получения результатов в конце исследования. Рабочий процесс исследования включает секвенирование генома, обмен данными с глобальными сетями по обнаружению генов болезней и последующие исследования для определения причинно-следственной связи вариантов, выявленных с помощью генетического тестирования. Это исследование продвинет понимание патобиологии генетических заболеваний, улучшит клиническую диагностику и поможет в диагностике и лечении лиц с ранее не диагностированными редкими заболеваниями как в штате Висконсин, так и за его пределами.