モザンビークの熱帯熱マラリア原虫のゲノム情報 (GenMoz)

ゲノムデータは、感染症の負担を軽減するための計画的な決定を導くことができる定期的な監視の貴重な補助を構成します。 しかし、アフリカではゲノム能力が低いままです。 この研究は、モザンビークで機能的なマラリア分子監視システムを運用することを目的としており、マラリアの制御と排除のために、信頼性と再現性のあるゲノムデータを長期的に生成します。 このプロスペクティブ サーベイランス研究では、1) 迅速診断テスト ターゲットにおける薬剤耐性と欠失の分子マーカーを監視するために、熱帯熱マラリア原虫の遺伝子データを生成することを目指しています。 2) 低感染設定における感染源 (輸入/導入または土着) を特徴付ける。 3) 伝染レベルと抗マラリア介入の有効性を定量化する。

マプト、マプト市、ガザ、イニャンバネ、ニアサ、マニカ、ナンプラ、ザンベジア、ソファーラの 9 つの州が、NMCP との協議を通じて、調査に含めるために特定されました。 研究実施地の選択は、感染の強さによって 2 つの主要な階層に層別化されます。A) 低感染 (マプト州とマプト市、感染の完全な遮断を目的として個別の症例通知が有効)、および B) 中～中-高感染地域（ガザ、イニャンバネ、ニアッサ、マニカ、ナンプラ、ザンベジア、ソファラの各州、制御（非排除）戦略の対象）。 地方は、低および中から高の感染強度、地理、気候条件、マラリア介入の組み合わせ、および人口（症状、家庭内接触、センチネルグループ）の範囲を提供するために選択されました。 低感染地域では、過去の監視データに基づいて地区と場所が抽出されます。 さらに、マプト州では、マラリアの潜在的な輸入症例を捕捉するために、ポンタ・ドーロ国境検問所が含まれます。

乾燥血液スポットサンプルと迅速な診断テストは、低マラリア感染および中から高マラリアにおけるマラリア症状のある症例の高密度（すべてのマラリア症例）およびターゲットを絞った（マラリア症例の選択）サンプリングの組み合わせを通じて、研究地区全体で収集されます。それぞれ放送エリア。 中程度から高度のマラリア感染地域では、HRP2 に基づかない第 2 の検査が実施され、pfhrp2/3 欠失を示唆する矛盾した結果が記録され、さらに分析されます。 最初の出産前ケアの訪問に参加する妊婦も、分子サーベイランスのセンチネル集団としての価値を評価するために含まれます。 調査と血液サンプルの収集が実施される前に、すべての調査参加者から書面によるインフォームドコンセントが求められます。 その場合、サンプル収集の目的に関する情報が説明され、質問があれば明確になり、書面によるインフォームドコンセントが得られます。 情報シートと同意書には、生物学的標本の将来の使用に関するインフォームド コンセントを説明するテキストも含まれます。 未成年者の場合は、保護者の同意を得るものとします。 フィールドワーカーまたは看護師は、大人または子供の親/保護者にインフォームドコンセントフォームを読み、子供が研究に参加することに同意するかどうかを尋ねます. 参加者の親/保護者が読み書きができない場合は、証人がインフォームド コンセントに署名する必要があります。 同意書はポルトガル語で入手でき、調査地域で話されている現地語に翻訳されます。 情報シートには、研究の簡単な説明、データ収集手順、血液サンプル収集手順、参加者への潜在的な害、予想される利益、およびインタビューと採血のすべての段階での参加の自発的な性質が含まれています。 2 通は、参加者と研究チームのメンバーが同意を得て署名します。 1 部は参加者に渡され、もう 1 部は CISM オフィスの調査ファイルに保管されます。

モザンビークにおけるアルテミシニン耐性と pfhrp2/3 欠失の分子マーカーのごくわずかな保有を考慮し、警告閾値として 5% を設定することを考慮して、サンプリングドメインあたりのサンプルサイズは、主要なユースケースとして抗マラリアおよび診断耐性を考慮して推定されています。 サンプルの 10% の損失または解釈不能な分析を想定すると、サンプリング ドメインあたり最大 500 のサンプル サイズが次の目的に適しています。信頼性、および b) 0.01 の両側 p 値で 0 ‰ から 5% までの遺伝子マーカー (耐性または欠失) の増加を検出するために 80% の検出力を達成します。 各サンプリング単位（つまり、 APE および医療施設にアクセスしている人々全体（マプト市とマプト州を除き、継続的な収集がこの数を超える可能性があり、世帯接触サンプルの収集がこれをさらに増加させる可能性があります）。 中～高感染地域および低感染地域の ANC クリニックに通う RDT 陽性の妊婦を 500 人まで、毎年 3 年間対象とします。 a) プロジェクトの前半に生成された推定値は、その後のサンプリング スキームに情報を提供し、b) 収集されたすべてのサンプルが分析されるわけではありません (一部は参照資料として、または目的のために保存されます)。所見の確認）。

このプロジェクトは、2021 年から 2024 年の間にモザンビークで実施されている介入研究と監視活動も活用します。国内のセンチネル サイト (カボ デルガド、テテ、ソファラ、ザンベジア、イニャンバネ) での治療効果調査 (2022 年)。事後監視活動 (マプト州);マラリア感染を減らすためのイベルメクチン大量投与の安全性と有効性を研究する第III相無作為化非盲検臨床試験（ザンベジア、2022年）。乳児期の間欠的予防治療（IPTi）の提供と取り込みを最大化することを目的とした大規模な実装開発プロジェクト（Inhambane; 2022-2024）。スルファドキシン-ピリメタミンとアモジアキンによる季節性マラリア化学予防（SMC）の実現可能性と有効性を評価するための有効性と実施のハイブリッド研究（Nampula; 2022）。ジヒドロアルテミシニン-ピペラキンを用いた集団ベースの集団薬物投与のプログラム配信 (ガザ州; 2022-2023)。

分子解析は CISM で行われます。 寄生虫 DNA の最初に計画されたゲノム解析は次のとおりですが、ここで生成されたデータから得られた教訓の一部から、このプロジェクトの過程で、改良された技術、プロトコル、および/または関心のある追加の寄生虫ゲノム ターゲットが明らかになる可能性があります。 . 有益な SNP と短いハプロタイプは、〜 150 ～ 250 bp の範囲のアンプリコン サイズ (ペア エンド リードでカバー) で、フランキング シーケンスの多重化プライマーを使用してターゲットにされます。 ユニバーサルタグ、イルミナ固有のアダプター、およびサンプル固有のバーコードを使用したゲノム DNA の PCR によって得られたターゲットアンプリコンは、プールされて単一の製品ライブラリが作成され、イルミナ MiSeq または NextSeq で配列決定されます (ペアエンド 150 bp)。 単一の多重化されたアンプリコン アプローチが期待される結果を提供しない場合は、代替分子アプローチが使用されます。 サンプルは、マラリア原虫種、寄生虫抗原、寄生虫暴露の血清学的マーカー (抗体) および寄生虫 RNA ベースのマーカー (すなわち配偶子母細胞) の検出など、プログラム上の関心のある他の分子分析にも使用されます。 品質管理の目的で、分析されたサンプルの最大 5% が、二次分析のために UCSF (米国) および/または ISGlobal (スペイン) に輸送されます。

（モザンビークおよび近隣諸国から）収集されたサンプルの分析を通じて生成された配列は、関連する臨床および疫学情報とともに、精選されたゲノムデータのカタログに統合されます。 これらのデータベースは、European Nucleotide Archive (ENA) や MalariaGen Resource Center などのオープン アクセス リポジトリで公開されます。 データのアクセシビリティと使用を促進し、監視データの他のソースとの有意義な統合を実現するために、遺伝情報は、現在展開されている DHIS2 ベースの統合マラリア情報ストレージ システム (iMISS) に組み込まれます。 iMISS には、症例データ、焦点調査、昆虫学的調査データ、および介入データが含まれます。 データの視覚化とダッシュボードは、すべてのユーザーと利害関係者と協力して定義され、マラリア ダッシュボードの標準化に関して WHO GMP が主導する現在の作業に沿って調整されます。 我々は、a) 国全体の抗マラリア耐性プロファイル (ローリングベース)、 b) 感染が非常に少ない地域では、遺伝的接続性と症例分類 (旅行歴や症例ベースの通知ツールから取得したその他のパラメーターと一緒に); c) WHO および SM&E TWG との協議で合意される、「高負担から高影響」に固有の分析 (すなわち、実施された介入ミックスの潜在的な影響を調査するための階層化および傾向分析)。