莫桑比克的疟疾分子监测（第二阶段） (GenMoz2)

该项目的目的是加强和扩大莫桑比克的分子疟疾监测（MMS），以主动和适应性的方式，高质量、及时和适当地优化 NMCP 2023-2030 战略的公共卫生效益，选择以下组合：最大限度地提高个人和社区影响力的干预措施。 具体目标和预期的计划影响是：

目标 1：实时跟踪对正在进行的 NMCP 策略的生物威胁：

解决诊断失败问题，包括 RDT 目标 (HRP2/3) 中的基因删除或非恶性疟原虫感染。 计划影响包括根据 pfhrp2/3 缺失或非恶性疟原虫物种的流行阈值更新 RDT 协议。

通过一线 ACT 耐药的分子标记和治疗效果研究 (TES) 的支持来评估治疗耐药性，区分复发与新感染，为疗效估计和遏制措施提供信息。

通过遗传病例分类和疫情监测，确定当地和全国的传播源，加强有针对性的干预措施和源汇动态。

加强按蚊物种识别和种群结构表征，通过媒介分子监测 (VMS) 进行准确的物种形成，从而提高媒介控制效果。

目标 2：开发工具来指导关于替代抗疟方法价值的决策：

通过评估预防性抗疟药的耐药性标志物（SP、AQ、IPTp 的 DHAp、PMC、SMC、MDA）来评估新的化学预防方法，并对其在不同耐药情况下的影响进行建模。

利用基于 ANC 的监测，根据疟疾传播动态为干预决策提供信息，并监测正在进行的干预措施的有效性。

对疫苗逃逸变体进行分类，以预测部署后疫苗有效性面临的挑战。

通过分子标记分析评估多样化 ACT 方案对新出现的抗疟药耐药性的影响。

进行寄生虫遗传多样性监测，以在国家以下各级制定干预策略。

目标 3：增加 MMS 指标的制作和采用，为决策提供信息：

通过改进的采样策略和数字化数据收集工具，优化 MMS 程序，最大限度地利用 GenMoz2 数据。

通过遗传仪表板和整合到 NMCP 技术小组讨论中，增强数据共享和实用性，以简化决策。

通过培训举措和纳入国家战略规划，增加 NMCP 对 MMS 数据的所有权。

将 MMS 与更广泛的监测系统、临床试验和干预部署联系起来，以增强情境相关性和有效性。

基于结果的框架

1. 结果

   为了利用疟疾基因组学来优化 NMCP 2023-2030 战略，该项目将重点实现三个主要成果 (PO) 和五个中间成果 (IO)：

   PO 1：跟踪对正在进行的 NMCP 策略的生物威胁：加强 MMS 以检测新出现的变异并改进干预部署。

   PO 2：指导关于替代抗疟方法价值的决策：为新的 MMS 应用开发工具并创建精心策划的序列目录。

   PO 3：增加 MMS 指标的制作和采用，为决策提供信息：加强 MMS 的制作、共享和融入全球卫生决策。

2. 产出和方法：

五个工作流程将支持这些成果，促进莫桑比克的全面疟疾控制和消除工作。

工作流程 1. 采样 在之前的项目 (GenMoz1) 中，我们为 MMS14 开发了最佳采样设计。 对于当前的项目，我们将使用多集群概率卫生设施调查（HFS）来检测pfhrp2/3缺失和抗疟疾耐药性标记，旨在收集2840个生物样本。 该抽样策略将根据标记流行率随时间的变化进行调整。 我们还将在目标消除地区进行密集采样，并在首次 ANC 访问时对孕妇进行采样，以监测疟疾趋势并为 MMS 提供额外的生物样本。

卫生机构调查将包括从 10 个省的每个机构的 60 个 RDT 确诊的疟疾病例中收集干血点，旨在收集高质量的序列数据。 对于监测，将采用概率方法来选择医疗机构，重点关注高就诊率地区。 这将使我们能够检测具有高统计功效的抗性标记。

我们将在四个进行治疗效果研究（TES）的地区的哨点卫生机构实施有针对性的采样，从患有无并发症的恶性疟原虫疟疾的儿童中收集样本。 基于 ANC 的监测将在 ANC 首次就诊时监测疟疾，以评估干预措施对传播的影响，并帮助为公共卫生战略提供信息。

在低传播地区进行密集采样将确定传播源、监测疫情并建立精细传播动态模型。 还将收集样本用于媒介蚊子监测（VMS），以了解按蚊物种多样性和疟疾传播。

质量控制措施包括使用 Redcap 平板电脑进行数据采集、定期数据验证以及在 CISM 进行系统样本存储以保持 DNA 完整性。 级联结构将直观地跟踪进度，通过内部 ShinyDashboard 确保数据质量和完整性。

工作流程 2. 分子测定

工作流程 2 重点关注先进的基因组测序技术，以增强我们对疟疾寄生虫和媒介的了解。 基于多重扩增子的测序 (MAD4HatTeR panel)（输出 2.1）旨在对 7690 个恶性疟原虫样本进行测序，检测微单倍型、pfhrp2/3 缺失、pfcsp 多态性、非恶性疟原虫物种和耐药标记。 强大的生物信息学管道将处理数据以推断等位基因频率、识别基因缺失并标准化数据格式。 实时 PCR 将通过确认寄生虫密度和遗传变异来补充测序。 CISM 将进行测序，ISGlobal 负责监督质量控制并提供技术支持。

全基因组测序 (WGS)（输出 2.2）将分析 Wellcome Sanger 研究所的 500 个恶性疟原虫样本，以确定与复发和再感染相关的遗传标记，重点关注清除延迟和治疗失败的样本。 将使用 2022 年和 2025 年卫生机构调查期间收集的样本评估寄生虫种群内的遗传多样性，并通过 MalariaGEN 和 ENA 平台共享数据。

载体靶向测序（输出 2.3）将采用 WSI 的 Anospp panel 来研究按蚊物种多样性、种群结构及其在疟疾传播中的作用。 这种高通量方法通过识别隐秘物种和次要媒介来加强媒介控制工作。 与专家的合作和南南伙伴关系的优先考虑将探索 MALDI-TOF MS 等替代技术，以改进病媒监测和控制策略。

工作流程 3. 流行病学-基因组分析和建模

在工作流程 3 中，我们深入研究流行病学基因组分析和建模，以增强我们对疟疾动态和耐药模式的理解。 对于抗疟疾耐药性（输出 3.1），我们将使用生物信息学流程来仔细检查省级耐药性，以纠正多克隆性并估计等位基因频率。 统计测试将比较不同地区和时间范围内的耐药标记流行情况，识别新出现的令人关注的变异。 HRP2/3 删除（输出 3.2）侧重于使用 qPCR 评估 pfhrp2/3 删除，以验证检测基因删除的测序方法。 TES 结果校正（输出 3.3）旨在使用 msp1/msp2/polyA 基因分型和扩增子测序来区分治疗效果研究 (TES) 中的复发和再感染，从而增强下一代基于测序的分子校正的证据。

在输入和传播（输出 3.4）中，我们将通过遗传相关性评估、结合历史数据和旅行报告来追踪各省内的疟疾传播和输入源。 遗传多样性指标（产出 3.5）涉及开发工具，将遗传多样性指标与疟疾传播强度联系起来，为疟疾负担估计提供信息。 疫苗耐药性监测（产出 3.6）侧重于监测环子孢子蛋白的多态性，以识别潜在的疫苗逃逸变异，为 R21 疟疾疫苗的影响提供基线数据。 基于 ANC 的监测（产出 3.7）利用产前护理 (ANC) 数据、家庭数据和临床病例报告来模拟疟疾传播并评估干预措施的影响，从而帮助优化资源分配。

疟疾发病率模型（产出 3.8）旨在通过考虑寻求健康行为、报告和检测中的偏差来完善疟疾发病率估计，并与世界卫生组织的建议保持一致。 最后，建模协调（产出 3.9）将通过整合基因组和流行病学数据来协调建模活动，生成疟疾传播和干预影响的预测模型，并通过定期 NMCP 磋商指导疟疾控制工作。

工作流程 4. 数据使用

为了优化数据效用，遗传数据将集成到基于 DHIS2 的 iMISS 系统中，通过将其与现有病例数据、昆虫学监测和干预数据相结合来增强可访问性。 与 NMCP 合作开发的 iMISS 将使用新的耐药数据进行更新，并适用于马古德地区等低传播地区的基因连接和病例分类。 格式和可视化将与利益相关者一起定义，并可能使用 Power BI 或 R Shiny 等开源平台。

与 NMCP 的定期半年度会议将报告 iMISS 更新，而 MMS 和 VMS 数据将在年度区域会议上共享。 数据驱动的海报和季度葡萄牙语小册子将吸引医护人员和利益相关者。 CISM 将向 NMCP 提供每月进度报告，并将通过研讨会和在线课程提供高级培训。 年度研讨会将培养基因组学技能，MMS 竞赛将激励有效采样。

综合监测将支持 CHAMPS 和伤寒沙门氏菌血清监测等举措。 能力建设将针对 NMCP、INS、CISM 人员和年轻的疟疾监测员。 在莫桑比克，NMCP 将接受学术和研讨会培训。 安哥拉将受益于国内 MMS 翻译研讨会。

INS 培训将遵循分阶段的方法，从 qPCR 开始，然后转向测序。 指导期将确保疟疾基因组学的自主性。 质量控制将包括 DBS 控制和使用自定义 R 脚本的生物信息学 QC。 VMS 能力建设将侧重于与矢量分子专家的合作，建立基于 NGS 的 VMS 检测方法。 三名 CISM 研究人员将获得研究生学位，为 MMS 能力做出贡献，并且一个专门的模块将培训学生病原体监测方法。

工作流程 5. 项目管理 需要对项目进行有效的项目管理，以确保活动及时、高质量地进行。 为了实现这一目标，将开展多项活动。 首先，将制定全面的运营计划（详细说明供应商选择、维护计划、库存管理和运输物流）来管理采购、维护和物流，以确保有效利用资源并最大限度地减少延误。 每月的管理会议将监督财务和资源分配，联合跟踪文件将促进这些努力。 此外，风险缓解策略将从一开始就识别并解决潜在的项目风险。 其次，将通过每月一次的会议来促进利益相关者之间的有效沟通和协作，以提供最新信息和战略调整，并与 NMCP 举行半年度会议和定期工作组会议。 将通过政策审查、会议记录和年度调查来评估计划影响，以衡量项目产生的证据如何为 NMCP 疟疾控制策略提供信息。 第三，将制定监测和评估（M&E）计划，以确保及时、全面的项目跟踪。 三个月期评估将监控结果，并使用共享文件夹供利益相关者访问。 年度反馈评估将有助于根据利益相关者的意见进行持续改进。 最终调查将记录经验教训，确定项目成功的障碍和促进因素，并为未来的战略提供信息。 最后，该项目将通过在教育和公共场所分发具有视觉吸引力的海报来强调莫桑比克女科学家的贡献，从而促进性别平等。 国际妇女和女童科学日的活动将强调妇女参与科学技术的重要性。