Vastasyntyneiden geneettisten sairauksien genomisen ja metabolisen tiedon monikeskusanalyysi (MAOFGAMDNGD)
objektin nimi: Vastasyntyneiden geneettisten sairauksien genomisen ja metabolisen tiedon monikeskusanalyysi.
Tutkimuksen tavoite:(1) Geenisekvensointitiedot (138 geeniä, jotka liittyvät 133 yleiseen geneettiseen sairauteen) ja tandem-massaspektrometrian metabolomiikkatiedot (11 aminohappoa ja 28 asyylikarnitiinia) kerättiin noin 40 000 vastasyntyneeltä Etelä-Kiinan Neonatal Genetic Screening Alliancen osallistuvista yksiköistä. ja koottu geenien ja massaspektrometrian tietokannan rakentamisen loppuunsaattamiseksi.
(2) Tutki genomin ja metabolomin suurdatan ja koneoppimisalgoritmien, kuten Random Forest, Support Vector Machine, Elastic net, Multilayer Perceptron, käyttöä ennustemallien rakentamiseksi yleisille geneettisille sairauksille ja pyri saavuttamaan tarkka diagnoosi ja ennustus yleisistä geneettisistä sairauksista. sairauksia käyttämällä yksinkertaista tandem-massaspektrometria-aineenvaihduntatietoja ja laajentaa tandem-massaspektrometriatekniikan sovellusaluetta sairauksien havaitsemiseen.
tutkimuksen suunnittelu: retrospektiivinen havainnointitutkimus Tutkimusjakso: syyskuu 2022 - joulukuu 2025 Osallistuvat yksiköt: Etelä-Kiinan vastasyntyneiden geneettinen seulontaliitto (mukaan lukien 123 sairaalan yhteistyöyksiköt) tutkimuskohde: 40 000 vastasyntyneen geeniseulontatiedot (138 geeniä, jotka liittyvät 133 yleiseen geneettiseen sairauteen) ja tandem-massaspektrometriatiedot (11 aminohappoa ja 28 asyylikarnitiinia).
Sisällyttämiskriteerit:( 1 ) Vastasyntyneet, joille tehtiin geneettinen seulonta ja tandemmassaspektrometria samanaikaisesti. ( 2 ) Ikä: 0-28 päivää, raskausaika 37-42 viikkoa.
Poissuljetut kriteerit: Tiedot, jotka täyttävät jonkin seuraavista ehdoista, on poistettava: (1) vastasyntyneiden tiedot, joissa on epäselviä kliinisiä perustietoja; (2) jäljitettävyyttä koskevien perustietojen puute; ( 3 ) Tiedot siitä, että testituloksia ei voida analysoida ja tulkita.
tiedonkeruu:( 1 ) Perustiedot: sukupuoli, ikä, näytteen tyyppi, tutkittavan jäljitettävyysnumero / ID-numero jne. ( 2 ) Positiivisten näytteiden kliiniset oireet, biokemialliset ja kuvantamistiedot. ( 3 ) Geenien havaitsemistulokset ja tandem-massaspektrometrian tulokset. ( 4 ) Testitietojen päivämäärä, laitemalli, reagenssityyppi jne.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
objektin nimi: Vastasyntyneiden geneettisten sairauksien genomisen ja metabolisen tiedon monikeskusanalyysi Tutkimuksen tavoite:( 1 ) Geenisekvensointitiedot (138 geeniä, jotka liittyvät 133 yleiseen geneettiseen sairauteen) ja tandem-massaspektrometrian metabolomiikkatiedot (11 aminohappoa ja 28 asyylikarnitiinia) noin 40 000 vastasyntynyttä Etelä-Kiinan Neonatal Genetic Screening Alliancen osallistuvista yksiköistä kerättiin ja koottiin geenien ja massaspektrometrian tietokannan rakentamiseksi.
( 2 ) Suoritettiin retrospektiivinen analyysi 133 yleisen vastasyntyneiden geneettisen sairauden esiintyvyydestä, patogeenisistä mutaatioista, epäillyistä patogeenisistä mutaatioista ja selittämättömien mutaatioiden kantavuusasteesta 40 000 tapauksessa ja laskettiin korkean taajuuden vaihtelukohtien jakautuminen populaatiossa. , tarjoaa tieteellisen perustan mutaatiokohtien valinnalle vastasyntyneiden geneettisten sairauksien laajamittaista geneettistä seulontaa varten.
(3) Proteiinin toiminnan ennustaminen ja entsyymikatalyyttisen aktiivisuuden analyysi suoritettiin geneettisten aineenvaihduntasairauksien (IEM) korkeataajuisilla mutaatiopaikoilla. Tyypilliset metaboliitit analysoitiin ja varmistettiin mutaatiokohtien varalta, joilla oli alhainen entsyymikatalyyttinen aktiivisuus. Tutkittiin mahdollisuutta käyttää proteiinifunktion tekoälyanalyysialustaa ja tandem-massaspektrometrian metaboliittidataa geneettisten metabolisten leesioiden patogeenisyyden ennustamiseen tarkasti.
( 4 ) Tutki genomin ja metabolomin suurdatan ja koneoppimisalgoritmien, kuten Random Forest, Support Vector Machine, Elastic net, Multilayer Perceptron, käyttöä rakentaaksesi ennustemalleja yleisille geneettisille sairauksille ja pyrkiä saavuttamaan tarkka diagnoosi ja ennustus yleisistä geneettisistä sairauksista. sairauksia käyttämällä yksinkertaista tandem-massaspektrometria-aineenvaihduntatietoja ja laajentaa tandem-massaspektrometriatekniikan sovellusaluetta sairauksien havaitsemiseen.
tutkimuksen suunnittelu: retrospektiivinen havainnointitutkimus Tutkimusjakso: syyskuu 2022 - joulukuu 2025 Osallistuvat yksiköt: Etelä-Kiinan vastasyntyneiden geneettinen seulontaliitto (mukaan lukien 123 sairaalan yhteistyöyksiköt) tutkimuskohde: 40 000 vastasyntyneen geeniseulontatiedot (138 geeniä, jotka liittyvät 133 yleiseen geneettiseen sairauteen) ja tandem-massaspektrometriatiedot (11 aminohappoa ja 28 asyylikarnitiinia).
Sisällyttämiskriteerit:( 1 ) Vastasyntyneet, joille tehtiin geneettinen seulonta ja tandemmassaspektrometria samanaikaisesti. ( 2 ) Ikä: 0-28 päivää, raskausaika 37-42 viikkoa.
Poissuljetut kriteerit: Tiedot, jotka täyttävät jonkin seuraavista ehdoista, on poistettava: (1) vastasyntyneiden tiedot, joissa on epäselviä kliinisiä perustietoja; (2) jäljitettävyyttä koskevien perustietojen puute; ( 3 ) Tiedot siitä, että testituloksia ei voida analysoida ja tulkita.
näytteen koko: 40 000 vastasyntyneen geeniseulonta ja tandemmassaspektrometriatiedot.
tiedonkeruu:( 1 ) Perustiedot: sukupuoli, ikä, näytteen tyyppi, tutkittavan jäljitettävyysnumero / ID-numero jne. ( 2 ) Positiivisten näytteiden kliiniset oireet, biokemialliset ja kuvantamistiedot. ( 3 ) Geenien havaitsemistulokset ja tandem-massaspektrometrian tulokset. ( 4 ) Testitietojen päivämäärä, laitemalli, reagenssityyppi jne.
Tilastollinen käsittely: Testitulosten analysointiin käytettiin IBM-SPSS 26.0 -tilastoohjelmistoa. Genotyypin ja kliinisen fenotyypin välisen korrelaation arvioimiseen käytettiin logistista regressioanalyysiä. Geeni-geeni-vuorovaikutuksen ja genotyyppi-fenotyyppi-korrelaation analysoimiseen käytettiin yleistettyä monitekijäulotteisuuden vähentämismenetelmää. Tandemmassaspektrometriatietojen perusteella genotyypin ennustemallin rakentamiseen käytettiin koneoppimisalgoritmeja, kuten satunnaista metsää, tukivektorikonetta, elastista verkkoa ja monikerroksista perceptronia. Mallin ennustevaikutusta arvioitiin tarkkuudella, tasapainotarkkuudella, herkkyydellä ja spesifisyydellä.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Hu Hao
- Puhelinnumero: 86-020-38777850
- Sähköposti: haohu@mail.sysu.edu.cn
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Wenna Lin
- Puhelinnumero: 86-020-38777850
- Sähköposti: linwn5@mail.sysu.edu.cn
Opiskelupaikat
-
-
Guangdong
-
Guangzhou, Guangdong, Kiina, 510655
- Rekrytointi
- The Sixth Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University
-
Ottaa yhteyttä:
- Hu Hao
- Puhelinnumero: 86-020-38777850
- Sähköposti: haohu@mail.sysu.edu.cn
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
(1) Vastasyntyneet, joille tehtiin geneettinen seulonta ja tandemmassaspektrometria samanaikaisesti.
( 2 ) Ikä: 0-28 päivää, raskausaika 37-42 viikkoa.
Poissulkemiskriteerit:
Tiedot, jotka täyttävät jonkin seuraavista ehdoista, on poistettava:
(1) vastasyntyneiden tiedot, joissa on epäselviä kliinisiä perustietoja; (2) jäljitettävyyttä koskevien perustietojen puute; ( 3 ) Tiedot siitä, että testituloksia ei voida analysoida ja tulkita.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Sairas vastasyntyneiden kohortti
Vauvat ja heidän vanhempansa, jotka on ilmoittautunut jäsensairaaloiden vastasyntyneiden tehohoitoyksikön kautta, ja joita ei ole satunnaistettu saamaan genomisen sekvensoinnin.
Tulosten julkistamisistunnot sisältävät keskustelun seuraavista aiheista: sukuhistoriaraportti, tavallisen vastasyntyneen seulonnan tulokset, kaikki mahdollisesti lääketieteellisesti merkitykselliset havainnot vauvan sairaushistoriasta/fyysisestä kokeesta ja genomisekvenssiraportin tulokset.
|
Sekä sairaat että riskialttiit vastasyntyneet, joita ei ole satunnaistettu saamaan genomista sekvensointia, saavat genomisen vastasyntyneen sekvensointiraportin, joka sisältää patogeeniset tai todennäköiset patogeeniset variantit, jotka on tunnistettu lapsuudessa alkaneeseen sairauteen liittyvistä geeneistä.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Geenisekvensointitietojen lukumäärä vastasyntyneiden geenipankissa
Aikaikkuna: Syntymästä geneettisen seulonnan loppuun asti prosessi kestää jopa 3 kuukautta.
|
Jokainen sekvensoitu vastasyntynyt laskettiin yhdeksi.
Säilytä kaikki tiedot geenipankissa ja laske lopuksi valmiiden geenisekvensointitietojen lukumäärä.
|
Syntymästä geneettisen seulonnan loppuun asti prosessi kestää jopa 3 kuukautta.
|
|
Geenimutaationopeus
Aikaikkuna: Syntymästä geneettisen seulonnan loppuun asti prosessi kestää jopa 3 kuukautta.
|
Kun nimittäjäksi otetaan vastasyntyneiden määrä ja molekyyleiksi niiden vastasyntyneiden määrä, joilla on geenisekvensoinnissa havaittu geenimutaatio, saatiin koko vastasyntyneiden geenimutaatioaste Kiinassa.
|
Syntymästä geneettisen seulonnan loppuun asti prosessi kestää jopa 3 kuukautta.
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Tutkijat
- Opintojohtaja: Hu Hao, Department of Pediatrics, The Sixth Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Wang Q, Xiang J, Sun J, Yang Y, Guan J, Wang D, Song C, Guo L, Wang H, Chen Y, Leng J, Wang X, Zhang J, Han B, Zou J, Yan C, Zhao L, Luo H, Han Y, Yuan W, Zhang H, Wang W, Wang J, Yang H, Xu X, Yin Y, Morton CC, Zhao L, Zhu S, Shen J, Peng Z. Nationwide population genetic screening improves outcomes of newborn screening for hearing loss in China. Genet Med. 2019 Oct;21(10):2231-2238. doi: 10.1038/s41436-019-0481-6. Epub 2019 Mar 20.
- Zhong K, Wang W, He F, Wang Z. The status of neonatal screening in China, 2013. J Med Screen. 2016 Jun;23(2):59-61. doi: 10.1177/0969141315597715. Epub 2015 Aug 3.
- Deng K, He C, Zhu J, Liang J, Li X, Xie X, Yu P, Li N, Li Q, Wang Y. Incidence of congenital hypothyroidism in China: data from the national newborn screening program, 2013-2015. J Pediatr Endocrinol Metab. 2018 Jun 27;31(6):601-608. doi: 10.1515/jpem-2017-0361.
- Li LH, Wu WC, Li N, Lu J, Zhang GM, Zhao JY, Ma Y. Full-Term Neonatal Ophthalmic Screening in China: A Review of 4-Year Outcomes. Ophthalmic Surg Lasers Imaging Retina. 2017 Dec 1;48(12):983-992. doi: 10.3928/23258160-20171130-05.
- Dai P, Huang LH, Wang GJ, Gao X, Qu CY, Chen XW, Ma FR, Zhang J, Xing WL, Xi SY, Ma BR, Pan Y, Cheng XH, Duan H, Yuan YY, Zhao LP, Chang L, Gao RZ, Liu HH, Zhang W, Huang SS, Kang DY, Liang W, Zhang K, Jiang H, Guo YL, Zhou Y, Zhang WX, Lyu F, Jin YN, Zhou Z, Lu HL, Zhang X, Liu P, Ke J, Hao JS, Huang HM, Jiang D, Ni X, Long M, Zhang L, Qiao J, Morton CC, Liu XZ, Cheng J, Han DM. Concurrent Hearing and Genetic Screening of 180,469 Neonates with Follow-up in Beijing, China. Am J Hum Genet. 2019 Oct 3;105(4):803-812. doi: 10.1016/j.ajhg.2019.09.003. Epub 2019 Sep 26.
- Lyu K, Xiong Y, Yu H, Zou L, Ran L, Liu D, Yin Q, Xu Y, Fang X, Song Z, Huang L, Tan D, Zhang Z. [Screening of common deafness gene mutations in 17 000 Chinese newborns from Chengdu based on microarray analysis]. Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi. 2014 Oct;31(5):547-52. doi: 10.3760/cma.j.issn.1003-9406.2014.05.001. Chinese.
- Hao Z, Fu D, Ming Y, Yang J, Huang Q, Lin W, Zhang H, Zhang B, Zhou A, Hu X, Yao C, Dong Y, Ring HZ, Ring BZ. Large scale newborn deafness genetic screening of 142,417 neonates in Wuhan, China. PLoS One. 2018 Apr 10;13(4):e0195740. doi: 10.1371/journal.pone.0195740. eCollection 2018.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvioitu)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- SCNGSA
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .