主要な先天異常におけるゲノム構造変異のマッピング
2026年4月2日 更新者：Peking Union Medical College Hospital
主要な先天性異常におけるゲノム構造変異のマッピング
複雑で曖昧な出生前遺伝子診断が伴う症例において、本プロジェクトは出生異常症例および家族サンプルに対してロングリードDNAシーケンスデータ解析を実施することを目的としています。
焦点は、個人に特異的なゲノム特性の抽出・同定、ならびに複合SVを含むあらゆるカテゴリーの構造変異（SV）に対する検出アルゴリズムの開発にあります。
中国集団に特化した汎ゲノム参照マップを確立し、中国集団における出生異常症例および家族サンプルの病原性SVの同定を促進し、中国集団における主要な出生異常の詳細なSVスペクトルを明らかにします。
さらに、本プロジェクトは出生異常における異なるタイプのSVの遺伝的および病原性の役割について詳細な分析を実施し、中国における主要な出生異常の早期警告、介入、予防を推進するための理論的基盤を提供します。
調査の概要
詳細な説明
プロジェクトトピック1および3で実施されたケースのロングリードDNAシーケンシングに基づき、本研究ではケースおよび対照サンプルとそのロングリードシーケンシングデータを組み込んでいます。 ロングリードDNAシーケンシングにはPacBio Revioプラットフォームを選択し、50ケースに対して標準的な全ゲノムロングリードシーケンシング解析を実施しました。 既に構築済みの第一段階中国人口パンゲノム参照マップを基盤として、50の代表的な対照サンプルを追加してロングリードシーケンシングを行い、新たな中国人口パンゲノム参照マップを構築しました。 具体的な詳細は以下の通りです：
- 構造変異（SV）特徴の抽出と先天異常症例ゲノムのエンコーディング、および特徴エンコーディングに基づくSV検出方法の確立。 シーケンスイメージングを活用してサイトアライメント信号から背景反復情報を除去し、複雑なゲノム領域におけるSV検出を容易にしました。 「画像圧縮」エンコーディング手法を探究し、「積層」アプローチを用いて単一画像内で先天異常症例と親対照または集団対照間の異常配列特徴を特徴付けました。 全ゲノムアライメント結果に基づき、先天異常症例における異常配列を含むゲノム領域を特定しました。 共線分節に基づく局所的ブレークポイント感受性リアライメント手法を確立し、先天異常症例と親対照または集団対照間のシーケンシングリードに含まれるSV断片特徴を抽出しました。 本研究は、同時にターゲットセグメンテーションと分類が可能な等方性畳み込みニューラルネットワークフレームワークの研究に焦点を当て、SV検出において両方を達成しました。
- ロングリードDNAシーケンシングデータに基づく中国人口パンゲノム参照マップの構築。 第三世代全ゲノムシーケンシング技術を活用し、中国の複数民族から採取したDNAサンプルのシーケンシングを実施し、パンゲノムアセンブリの可視化を実現しました。 民族特異的参照ゲノムを構築してパンゲノムグラフを形成し、異なる集団のDNA配列を統合しました。 差異のある遺伝的変異または配列をノードと見なし、隣接配列をエッジで接続することで、中国人口におけるコアおよび特異的遺伝子配列を同定しました。 この取り組みは、中国人口専用の高品質パンゲノム参照マップの確立を目指し、全ゲノム構造変異（SV）マップの研究に重点を置き、先天異常における稀または新規SVの精密分析を支援します。
- 中国人口における主要先天異常の詳細SVマップの作成。 SV検出は、線形ゲノムアプローチとパンゲノムアプローチの二つの方法で実施されます。 線形ゲノムアプローチでは、従来の線形検出方法を用いて遺伝的変異を同定します。 パンゲノムアプローチでは、de novoアセンブリゲノム、汎用ヒト参照ゲノム（GRCh38）、および中国人口で発見された遺伝的変異と先天異常症例サンプルを用いてゲノムマップを構築します。 これら二つのアプローチは相互に検証し補完し合い、得られたSV結果を統合します。 変異の位置や配列類似性などの基準に基づいて閾値を設定し、冗長な結果を除去します。
研究の種類
観察的
入学 (推定)
100
参加基準
研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。
適格基準
就学可能な年齢
- 大人
健康ボランティアの受け入れ
はい
サンプリング方法
非確率サンプル
調査対象母集団
北京協和医院の妊娠患者
説明
適格基準：
- 胎児構造異常の超音波所見を伴う単胎妊娠
- 出生前WES、核型分析、CMAなどの陰性結果
- 疑われる潜性遺伝性疾患において、ヘテロ接合性の病原性バリアントが1つのみ検出され、2番目の疑わしい病原性バリアントが特定されない。
除外基準：
- 双胎/多胎妊娠
- 介入的出生前診断が実施されていない
- さらなる検査を拒否する
研究計画
このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
介入・治療 |
|---|---|
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症例
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サンプルDNAは、長鎖DNAシーケンシング技術を用いて配列決定されました。
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
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複雑なゲノム構造異常
時間枠：テストが完了したら、最大6週間
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この検査により、被験者が複雑なゲノム構造異常を有していることが検出されました。
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テストが完了したら、最大6週間
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協力者と研究者
ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。
研究記録日
これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。
主要日程の研究
研究開始 (推定)
2026年5月1日
一次修了 (推定)
2027年5月31日
研究の完了 (推定)
2027年11月30日
試験登録日
最初に提出
2026年3月10日
QC基準を満たした最初の提出物
2026年4月2日
最初の投稿 (実際)
2026年4月7日
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
2026年4月7日
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
2026年4月2日
最終確認日
2026年2月1日
詳しくは
本研究に関する用語
キーワード
その他の研究ID番号
- K7861
個々の参加者データ (IPD) の計画
個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?
いいえ
IPD プランの説明
倫理的・法的制限により、IPD（個別参加者データ）は公開されません。
データには機密性の高い遺伝情報が含まれており、インフォームド・コンセントには公開データアーカイブ化の許可が含まれていません。
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
いいえ
米国FDA規制機器製品の研究
いいえ
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