Prostorová radiomie a transkriptomika k objevu zesítění mezi rakovinou tlustého střeva a chronickým onemocněním ledvin (SIRIO)

Výskyt rakoviny kolorektálního kolorektálu (CRC) je vyšší u pacientů s chronickým onemocněním ledvin (CKD) ve srovnání s obecnou populací. Kauzální faktory dosud nebyly objasněny, ačkoli by mohla být formulována nějaká hypotéza. Mikroprostředí nádoru (TME) ovlivňuje progresi rakoviny a je ovlivněno různými chronickými onemocněními spojenými se systémovým zánětem. V naší studii se snažíme řešit tento relevantní problém hlubokou charakterizací TME u pacientů s CKD s CRC podstupujícími chirurgickým zákrokem. To poskytne expresi genů přímo na nádorových tkáních.

Naše síť zahrnuje tři nemocnice s vysokým národním relevancí (int IRCCS Pascale, Aou Vanvitelli a Aou Brotzu) a genetický výzkumný ústav (BioGem Scarl). Budeme najmout dvě porovnávací skupiny pacientů s CRC způsobilými pro resekci chirurgické rakoviny: 1. Pacienti s I-II stadiem CRC samotným a 2 pacienti s I-II stadiem CRC a CKD. Údaje o antropologických, klinických a laboratorních testech budou shromažďovány a uspořádány v databázi pro epidemiologickou a popisnou analýzu zapsaných kohorty. Pacienti budou porovnáni podle věku, stadia pohlaví a rakoviny a budou stratifikováni odhadovanou funkcí ledvin (aplikace vzorce BSA EGFR Janovitz T et al, J Clin Oncol, 2017). Pacienti budou podstoupit předoperační břišní MRI s vysokým rozlišením pro vysoce propustnost přesné makroskopické hodnocení TME radiomickým přístupem. Během chirurgického zákroku budou vzorky nádorové tkáně odebrány a okamžitě zmrazeny při -80 ° C pro následnou analýzu. Vzorky tkáně CRC budou analyzovány kombinováním prostorově rozlišeného a transkriptomického přístupu s jedním buňkami, což poskytuje citlivou a nezaujatá čočka pro identifikaci klíčových mechanismů souhry mezi CRC a imunitním kontextem a zachovává jejich tkáňovou architekturu. Naše studie zahrnuje použití exprese prostorového genu pro visionu, výkonný nástroj založený na metodách zachycení in situ, poskytující celé informace o transkriptu z tkáňových řezů.

Data shromážděná pomocí radiomiky a transkriptomiky tkáně podstoupí integrovanou analýzu bioinformatickým přístupem založeným na výpočetních metodách. TME bude na nádorových obrazech makroskopicky charakterizován, aby mapoval specifické tkáňové oblasti zájmu.

Analýzou prostorových nádorových řezů bude provedena počáteční segregace neligní TME buněk z maligních buněk a poté bude dokončena identifikace odlišně exprimovaných genů a cest mezi dvěma skupinami pacientů.

Tyto metodiky umožní úplnou charakterizaci prostředí CRC a zdůrazní možné rozdíly mezi skupinami v makroskopických zobrazovacích vlastnostech TME a genovou expresí. To umožní objevení možných specifických vzorců zobrazování nádoru a souvisejících molekulárních drah speciálně podporovaných nebo deregulovaných u pacientů s CKD s CRC. Tyto důkazy zlepší hodnotu možných prognostických parametrů a identifikaci časných biomarkerů CRC a budoucího vývoje cílených terapií. V éře precizní medicíny se tyto cíle zdají relevantní pro řešení rostoucích nákladů a sociálního dopadu CRC i CKD.