Rumlig radiomik og transkriptomik til opdagelsen af ​​tværbindingen mellem tyktarmskræft og kronisk nyresygdom (SIRIO)

Forekomsten af ​​kolorektal kræft (CRC) er højere hos patienter med kronisk nyresygdom (CKD) sammenlignet med den generelle population. Årsagsfaktorer er ikke blevet afklaret indtil videre, selvom en vis hypotese kunne formuleres. Tumormikromiljø (TME) påvirker kræftprogression og påvirkes af forskellige kroniske sygdomme forbundet med systemisk betændelse. I vores undersøgelse har vi til formål at tackle dette relevante problem med en dyb karakterisering af TME hos CKD-patienter med CRC, der gennemgår operation. Dette vil give generekspression direkte på tumorvæv.

Vores netværk inkluderer tre høje nationale relevanshospitaler (Int IRCCS Pascale, Aou Vanvitelli og Aou Brotzu) og et genetisk forskningsinstitut (Biogem Scarl). Vi vil rekruttere to sammenligning af grupper af CRC-patienter, der er berettigede til kirurgisk kræftresektion: 1. patienter med I-II-scenen CRC alene og 2. patienter med I-II-scenen CRC og CKD. Antropologiske, kliniske og laboratorieforsøgsdata indsamles og organiseres i en database til epidemiologisk og beskrivende analyse af de tilmeldte kohorter. Patienter vil blive matchet efter alder, køn og kræftstadium og vil blive stratificeret af den estimerede nyrefunktion (anvendelse af BSA EGFR -formel af Janovitz T et al, J Clin Oncol, 2017). Patienter vil gennemgå præoperativ mave MR -mave med høj opløsning til nøjagtig makroskopisk vurdering af høj gennemstrømning af TME ved radiomisk tilgang. Under operationen opsamles tumorvævsprøver og frosses straks ved -80 ° C til efterfølgende analyse. CRC-vævsprøver vil blive analyseret ved at kombinere rumligt opløst og enkeltcelletranskriptomisk tilgang, hvilket giver en følsom og uvildig linse til at identificere de vigtigste mekanismer i samspillet mellem CRC og immunkontekst, hvilket bevarer deres vævsarkitektur. Vores undersøgelse involverer anvendelse af Visium -cytassist rumlig genekspression, et kraftfuldt værktøj baseret på in situ -optagelsesmetoder, hvilket giver hele transkriptominformationen fra vævsektioner.

Data indsamlet ved radiomik og vævstranskriptomik vil gennemgå en integreret analyse ved en bioinformatisk tilgang baseret på beregningsmetoder. TME vil være makroskopisk karakteriseret på tumorbilleder for at kortlægge specifikke vævsområder af interesse.

Ved rumlig tumorsektioner analyse udføres initial segregering af ikke-maligne TME-celler fra ondartede, og derefter vil identifikationen af ​​differentielt udtrykte gener og veje mellem de to patienter grupper blive afsluttet.

Disse metoder vil muliggøre den fulde karakterisering af CRC -miljø og vil fremhæve mulige forskelle mellem grupper i TME makroskopiske billeddannelsesfunktioner og genekspression. Dette vil muliggøre opdagelse af mulige specifikke tumorafbildningsmønstre og de tilknyttede molekylære veje, der er specielt fremmet eller dereguleret hos CKD-patienter med CRC. Disse bevis vil øge værdien af ​​mulige prognostiske parametre og identifikationen af ​​tidlige biomarkører for CRC og fremtidig udvikling af målrettede terapier. I æraen med præcisionsmedicin synes disse mål relevante for at tackle de stigende omkostninger og sociale virkninger af både CRC og CKD.