Räumliche Radiomik und Transkriptomik zur Entdeckung der Vernetzung zwischen Dickdarmkrebs und chronischer Nierenerkrankung (SIRIO)

Die Inzidenz von Darmkrebs (CRC) ist bei Patienten mit chronischer Nierenerkrankung (CKD) im Vergleich zur Allgemeinbevölkerung höher. Bisher wurden kausale Faktoren nicht geklärt, obwohl eine Hypothese formuliert werden konnte. Tumor -Mikroumgebung (TME) wirkt sich auf das Fortschreiten des Krebs aus und wird durch unterschiedliche chronische Erkrankungen beeinflusst, die mit systemischer Entzündung verbunden sind. In unserer Studie wollen wir dieses relevante Problem durch eine eingehende Charakterisierung von TME bei CKD-Patienten mit CRC-Operationen angehen. Dies liefert die Genexpression direkt auf Tumorgeweben.

Unser Netzwerk umfasst drei hohe nationale Relevanzkrankenhäuser (int irccs pascale, aou vanvitelli und aou brotzu) und ein genetisches Forschungsinstitut (Biogem Scarl). Wir werden zwei Vergleich von Gruppen von CRC-Patienten rekrutieren, die für eine chirurgische Krebsresektion berechtigt sind: 1. Patienten mit CRC mit dem I-II-Stadium allein und 2. Patienten mit CRC und CKD. Anthropologische, klinische und Labortests werden in einer Datenbank für die epidemiologische und deskriptive Analyse der eingeschriebenen Kohorten gesammelt und organisiert. Die Patienten werden nach Alters-, Geschlechts- und Krebsstadien übereinstimmen und durch die geschätzte Nierenfunktion geschichtet (Anwendung der BSA -EGFR -Formel von Janovitz T et al., J Clin Oncol, 2017). Die Patienten werden einer präoperativen hochauflösenden Bauch -MRT für eine genaue makroskopische Bewertung von TME durch einen radiomischen Ansatz durch einen hohen Durchsatz unterziehen. Während der Operation werden Tumorgewebeproben für die anschließende Analyse entnommen und sofort bei -80 ° C eingefroren. CRC-Gewebeproben werden analysiert, um räumlich aufgelöste und einzelne transkriptomische Ansätze zu kombinieren und eine empfindliche und unvoreingenommene Linse für die Identifizierung der Schlüsselmechanismen des Zusammenspiels zwischen CRC und Immunkontext zu ermitteln, wodurch ihre Gewebearchitektur erhalten bleibt. Unsere Studie beinhaltet die Verwendung der räumlichen Expression des visiumszytassisten räumliche Gene, einem leistungsstarken Werkzeug, das auf In -situ -Erfassungsmethoden basiert und die gesamten Transkriptominformationen aus Gewebeabschnitten bereitstellt.

Daten, die durch Radiomics und Gewebe -Transkriptomik gesammelt wurden, werden durch einen bioinformatischen Ansatz integriert, der auf Rechenmethoden basiert. TME wird auf Tumorbildern makroskopisch charakterisiert, um spezifische Gewebebereiche von Interesse zuzuordnen.

Durch räumliche Tumorschnitteanalyse wird eine anfängliche Trennung nicht-maligner TME-Zellen aus malignen und dann die Identifizierung differentiell exprimierter Gene und Wege zwischen den beiden Patientengruppen abgeschlossen.

Diese Methoden ermöglichen die vollständige Charakterisierung der CRC -Umgebung und zeigen mögliche Unterschiede zwischen Gruppen in Merkmalen der makroskopischen Bildgebungsmerkmale und der Genexpression auf. Dies ermöglicht die Entdeckung möglicher spezifischer Tumorbildgebungsmuster und der zugehörigen molekularen Wege, die speziell gefördert oder bei CKD-Patienten mit CRC dereguliert sind. Diese Beweise werden den Wert möglicher prognostischer Parameter und die Identifizierung früher Biomarker für CRC und zukünftige Entwicklung gezielter Therapien verbessern. In der Zeit der Präzisionsmedizin scheinen diese Ziele relevant zu sein, um die steigenden Kosten und die sozialen Auswirkungen von CRC und CKD zu begegnen.