骨盤がんにおける腸内微生物叢とその代謝産物の活用

アバディーン大学と NHS グランピアンのアバディーン王立病院 (ARI) は、世界的に有名なローエット研究所に微生物叢関連の実験科学のための単一サイト キャンパス、迅速なサンプル処理のためのキャンパス内のバイオレポジトリ施設、および NHS 施設を持つというユニークな立場にあります。結腸直腸、婦人科、泌尿器科を含む複数の種類の骨盤腫瘍の治療に。

患者は、それぞれの学際的チーム (MDT) ミーティングで対象となる可能性があることが確認された後、それぞれの骨盤がんクリニックでアプローチされます。 患者は、自分のケアを担当する臨床医 (クリニカル ナース スペシャリストを含む場合もあります) から、診断と管理計画について通知されます。 患者は、その後の会議でのみ研究についてアプローチされます。専門看護師が患者に連絡して、議論された管理計画に関するさらなる質問に対処するとき、彼らは最終的な治療への同意などのためにコンサルタントクリニックに出席します. これにより、患者は、研究を開始する前に、診断と管理計画を処理するための十分な時間を得ることができます。 この会議では、患者に PIS が提供されます (会議がテレビ電話会議を介して行われる場合、PIS は患者に通知されます)。 彼らが参加を検討する意思がある場合は、研究看護師または他の適切な資格を持つチームメンバーから連絡があり、研究についてさらに話し合い、質問に答えます. 彼らが参加する意思がある場合は、患者がその後の臨床予約のために病院に通うときに、臨床チームのメンバーが書面によるインフォームドコンセントを取得するように手配されます。

次のがん治療を開始する前に、Rowett Institute Human Nutrition Unit で処理するために、糞便サンプル (および結腸直腸患者のサブセットでは、手術時に採取された右側の結腸内容物サンプル) を提供するよう求められます。 （化学療法、放射線療法または手術）。 また、血液サンプルを取得するために同意が求められます。 これは通常、臨床上の理由から通常の静脈切除中に取得され、バイオレポジトリによって処理される臨床要件に対する余剰血液になります。 必要に応じて、標準的な臨床ケアの一環として血液が採取されていない場合は、5 ml の追加の静脈穿刺が要求されます。 血液は血漿抽出のために処理されます。

患者はまた、便サンプルを採取する前の 3 か月間に何を食べ、何を飲んだかを示す、オプションの食物摂取頻度アンケート (FFQ) に記入するように勧められます。 ただし、これを完了することができないと感じた場合は、その決定が尊重され、研究を続けることができます。 これらのアンケートは完了するのに約 30 分かかり、最初のがん治療の前の臨床予約中に患者に提供されるか、患者に郵送されます。 患者のサブグループには、便サンプルを提供する 4 日前に食事のより詳細な評価を提供する意思があるかどうかも尋ねられますが、これはオプションであり、自由に拒否できることが強調されます。 .

糞便サンプルは、診療所の予約または患者の初期治療の日に病院に持ち込まれた ARI から収集されます。 あるいは、参加者はローウェット研究所の特定のドロップオフセンターにサンプルを残すことができます。 どちらが都合がよいかは、参加者の判断に委ねられます。 完成した食事日誌/アンケートも、糞便サンプルのドロップオフと同時に、同じ場所で収集されます。

患者からのその他の追加サンプルは必要ありません。 標本を取得した後、Rowett Institute で、Powersoil DNA 抽出キットを使用した DNA 抽出のために一部を Dispomix で処理し、16S rRNA 遺伝子配列決定による分析まで冷凍庫に保存します。 別の部分は、ガスクロマトグラフィーによるSCFA分析のために処理および保存され、残りの糞便の一部は将来の分析のために保存されます.

血漿は、NHS 血液検査室からの血液サンプルから抽出され、研究に関与する研究チームによって Rowett Institute に転送されます。 血液サンプルが臨床目的で採取されていない場合、血液サンプルは採血専門医または Rowett Institute の人間栄養部門の他の訓練を受けたスタッフによって採取されます。 血漿が抽出されると、血液サンプルはローウェット研究所の冷凍庫に保管されます。

糞便 DNA の 16S rRNA 遺伝子配列決定は、バイオインフォマティクス分析を含む、アバディーン大学のゲノム対応生物学および医学センター (CCEBM) で実施されます。 16S rRNA 遺伝子配列決定を使用して、細菌の遺伝物質のごく一部を調べます。これは異なる細菌間で異なり、各標本内のそれぞれの「相対的存在量」を推定することができます。 また、Rowett Institute 分析施設で、GC によって糞便中の SCFA を分析し、GC-MS によって血漿中の SCFA を分析します (存在する代謝産物の濃度が低いため、血漿にはこのより高感度な技術が必要です)。 この研究の最後に、十分なサンプルが使用可能な状態で残っている場合は、将来の研究のためにこれを保存したいと考えています. 必要な資金と承認が得られた後、将来的にはメタゲノミクスやその他の代謝産物によって細菌 DNA をより詳細に (種/株レベルまで) 調査する可能性があります。 トリプトファン、胆汁酸、および炎症（例 カルプロテクチン) および免疫マーカー (例: サイトカイン）。

臨床データはソースで疑似匿名化され、研究チーム (ベースライン データのバイオバンク スタッフ、追跡データの研究看護師、臨床フェロー、放射線技師などを含む) によって収集されます。 これは、その後の分析に含まれます。 腫瘍反応と放射線療法/化学放射線療法または手術の副作用は、毒性と転帰を調べるために患者メモから取得され、一部の患者は、RTOG などの定期的な臨床フォローアップの一環として質問票に記入するよう求められます。および EPIC26 (臨床診療で日常的に使用されるアンケート)。

16S rRNA遺伝子配列決定データは、これらの大規模なデータセットの処理を専門とするアバディーン大学のバイオインフォマティシャンによって分析され、存在する細菌の豊富さと相対的な量が決定されます。 データは、IT サービスによってハイ パフォーマンス コンピューター クラスターに保存され、パブリック リポジトリに送信されます。 関連性は、16S rRNA 遺伝子配列決定データ、SCFA 分析、および利用可能な臨床データの間で研究されます。 統計分析は、生物数学および統計スコットランドの統計学者によって行われます。