Suoliston mikrobiston ja sen aineenvaihduntatuotteiden hyödyntäminen lantion syövässä

Aberdeenin yliopisto ja Aberdeen Royal Infirmary (ARI) NHS Grampianissa ovat ainutlaatuisessa asemassa, sillä niillä on yksi kampus mikrobiotaan liittyvää laboratoriotieteitä varten maailmankuulussa Rowett Institutessa, biovarastotilat kampuksella nopeaa näytteenkäsittelyä varten ja NHS:n tilat. useiden lantion kasvaintyyppien hoitoon, mukaan lukien kolorektaalinen, gynekologinen ja urologinen.

Potilaita lähestytään heidän lantionsyöpäklinikoillaan sen jälkeen, kun potilaat on tunnistettu mahdolliseksi sisällyttämiseksi kyseiseen monitieteiseen tiimiin (MDT). Potilaalle kertoo hänen diagnoosistaan ​​ja hoitosuunnitelmastaan ​​potilaan hoidosta vastaava kliinikko (johon voi kuulua kliinisen sairaanhoitajan asiantuntija). Potilaita lähestytään tutkimuksesta vasta seuraavassa kokouksessa, esim. Kun erikoissairaanhoitajat ottavat potilaaseen yhteyttä keskustellakseen mahdollisista lisäkysymyksistä, jotka liittyvät keskusteltuun hoitosuunnitelmaan, he käyvät neuvolassa saadakseen suostumuksen lopulliseen hoitoon jne. Tämä antaa potilaalle riittävästi aikaa käsitellä diagnoosinsa ja hoitosuunnitelmansa ennen tutkimuksen aloittamista. Tässä kokouksessa potilaille tarjotaan PIS (tämä lähetetään potilaalle, jos tapaaminen tapahtuu videopuhelun kautta). Jos he ovat halukkaita harkitsemaan osallistumista, hän ottaa heihin yhteyttä tutkimussairaanhoitaja tai muu sopivan pätevyyden omaava tiimin jäsen, joka keskustelee tutkimuksesta ja vastaa mahdollisiin kysymyksiin. Jos he ovat halukkaita osallistumaan, kliinisen tiimin jäsenen on saatava kirjallinen suostumus, kun potilas saapuu sairaalaan myöhempää kliinistä tapaamista varten.

Heitä pyydetään luovuttamaan ulostenäyte (ja kolorektaalisten potilaiden osajoukossa oikeanpuoleinen paksusuolen sisältönäyte, joka on otettu leikkauksen yhteydessä) Rowett Instituten ihmisravitsemusyksikön käsittelyä varten ennen seuraavan syöpähoidon aloittamista. (kemoterapia, sädehoito tai leikkaus). Verinäytteen ottamiseen pyydetään myös suostumus. Tämä saadaan tavallisesti rutiininomaisen venesektion yhteydessä kliinisistä syistä, ja se on biovaraston käsittelemää kliinisten vaatimusten mukaista veren ylijäämää. Tarvittaessa, jos verta ei kerätä osana tavanomaista kliinistä hoitoa, vaaditaan ylimääräinen 5 ml:n venepunktio. Veri käsitellään plasman uuttamista varten.

Potilaita rohkaistaan ​​myös täyttämään valinnainen ruokatiheyskysely (FFQ), jossa ilmoitetaan, mitä he ovat syöneet ja juoneet kolmen kuukauden aikana ennen ulostenäytteiden ottamista. Jos he kuitenkin kokevat, että he eivät voi suorittaa tätä loppuun, heidän päätöstään kunnioitetaan ja he voivat jatkaa tutkimusta. Kyselylomakkeiden täyttäminen vie noin 30 minuuttia, ja ne toimitetaan potilaille joko kliinisen vastaanoton aikana ennen ensimmäistä syöpähoitoa tai postitettuna. Potilaiden alaryhmältä kysytään myös, olisivatko he valmiita antamaan perusteellisen arvion ruokavaliostaan ​​neljänä päivänä ennen ulostenäytteen antamista, mutta heille korostetaan, että tämä on valinnaista ja he voivat vapaasti kieltäytyä. .

Sairaalaan tuodusta ARI:sta otetaan ulostenäytteet poliklinikan vastaanoton tai potilaan ensihoidon päivänä. Vaihtoehtoisesti osallistuja voi jättää näytteen tiettyyn Rowett-instituutin luovutuskeskukseen. Tämä jätetään osallistujan päätettäväksi sen mukaan, mikä on hänelle sopivin. Myös täytetyt ruokapäiväkirjat/kyselylomakkeet kerätään samaan aikaan ja samasta paikasta ulostenäytteen jättämisen kanssa.

Potilaalta ei vaadita muita lisänäytteitä. Näytteiden hankinnan jälkeen Rowett Institutessa osa käsitellään Dispomixilla DNA:n uuttamista varten Powersoil DNA:n uuttopakkausten avulla ja säilytetään pakastimissa ennen analyysiä 16S rRNA-geenin sekvensoinnilla. Toinen osa käsitellään ja varastoidaan SCFA-analyysiä varten kaasukromatografisesti ja osa jäljellä olevista ulosteista varastoidaan tulevia analyyseja varten.

Plasma uutetaan NHS:n hematologian laboratorioiden verinäytteistä ja siirretään tutkimukseen osallistuvan tutkimusryhmän toimesta Rowett-instituuttiin. Tilanteissa, joissa verinäytettä ei ole otettu kliinisiin tarkoituksiin, verinäytteen ottaa flebotomi tai muu koulutettu henkilökunta Rowett Instituten ravitsemusyksiköstä. Kun plasma on uutettu, verinäytteet säilytetään Rowett Instituten pakastimissa.

Ulosteen DNA:n 16S-rRNA-geenin sekvensointi suoritetaan Aberdeenin yliopiston Genome Enabled Biology and Medicine -keskuksessa (CCEBM), joka sisältää bioinformatiikka-analyysin. 16S-rRNA-geenisekvensointia käyttämällä tutkitaan pieni osa bakteerien geneettisestä materiaalista, joka eroaa eri bakteerien välillä, jolloin voimme arvioida kunkin "suhteellisen runsauden" kussakin näytteessä. Analysoimme myös ulosteiden SCFA:t GC:llä ja plasman GC-MS:llä (tätä herkempää tekniikkaa tarvitaan plasmassa läsnä olevien metaboliittien alhaisempien pitoisuuksien vuoksi) Rowett Instituten analyyttisessä laitoksessa. Tämän tutkimuksen lopussa, jos riittävästi näytettä jää käyttökelpoiseen kuntoon, haluamme säilyttää sen tulevaa tutkimusta varten. Kun tarvittava rahoitus ja hyväksynnät on saatu, voimme tulevaisuudessa tutkia bakteeri-DNA:ta yksityiskohtaisemmin (laji/kantatasolla) metagenomiikan ja muiden metaboliittien, esim. tryptofaani, sappihapot ja tulehdukselliset (esim. kalprotektiini) ja immuunimarkkerit (esim. sytokiinit).

Kliiniset tiedot pseudoanonymisoidaan lähteellä, ja tutkimusryhmä kerää (mukaan lukien biopankin henkilökunta perustietojen saamiseksi ja tutkimushoitajat, kliiniset stipendiaatit, röntgenhoitajat jne. seurantatietoja varten). Tämä sisällytetään myöhempään analyysiin. Tuumorivasteet ja sädehoidon/kemosädehoidon tai leikkauksen sivuvaikutukset saadaan potilaiden muistiinpanoista, jotta voidaan tarkastella toksisuutta ja tuloksia, ja joitain potilaita on pyydetty täyttämään kyselylomakkeet osana rutiininomaista kliinistä seurantaa, kuten RTOG-tutkimusta. ja EPIC26 (kliinisessä käytännössä rutiininomaisesti käytetyt kyselylomakkeet).

Aberdeenin yliopiston bioinformaatikot, jotka ovat erikoistuneet käsittelemään näitä suuria tietokokonaisuuksia, analysoivat 16S-rRNA-geenin sekvensointitiedot määrittääkseen läsnä olevien bakteerien rikkauden ja suhteellisen runsauden. IT-palvelut tallentavat tiedot High Performance Computer Clusteriin ja toimittavat ne julkiseen arkistoon. Assosiaatioita tutkitaan 16S-rRNA-geenisekvensointitietojen, SCFA-analyysin ja saatavilla olevan kliinisen tiedon välillä. Tilastollisen analyysin suorittavat Biomatematics and Statistics Scotlandin tilastotieteilijät