골반암에서 장내 미생물총과 그 대사산물 이용

NHS Grampian의 Aberdeen 대학과 ARI(Aberdeen Royal Infirmary)는 세계적으로 유명한 Rowett Institute의 미생물 관련 실험실 과학을 위한 단일 사이트 캠퍼스, 신속한 샘플 처리를 위한 캠퍼스의 Biorepository 시설 및 NHS 시설을 보유하는 독특한 위치에 있습니다. 결장 직장, 부인과 및 비뇨기과를 포함한 여러 골반 종양 유형의 치료를 위해.

환자는 해당 다학제 팀(MDT) 회의에 포함될 가능성이 있는 것으로 확인된 후 각자의 골반암 클리닉에서 접근하게 됩니다. 환자는 치료를 담당하는 임상의(임상 전문 간호사를 포함할 수 있음)가 진단 및 관리 계획에 대해 알립니다. 환자는 후속 회의에서만 연구에 대해 접근합니다. 전문 간호사가 논의된 관리 계획에 대한 추가 질문을 해결하기 위해 환자에게 연락할 때 최종 치료 등에 대한 동의를 위해 컨설턴트 클리닉에 참석합니다. 이를 통해 환자는 연구를 시작하기 전에 진단 및 관리 계획을 처리할 수 있는 충분한 시간을 갖게 됩니다. 이 회의에서 환자에게 PIS가 제공됩니다(회의가 화상 회의를 통해 이루어지는 경우 환자에게 게시됨). 참여를 고려할 의향이 있는 경우, 연구 간호사 또는 기타 적절한 자격을 갖춘 팀원이 연락하여 연구에 대해 더 논의하고 질문에 답할 것입니다. 참여 의사가 있는 경우 임상 팀의 구성원이 환자가 후속 임상 예약을 위해 병원에 갈 때 사전 서면 동의를 얻을 수 있도록 조치를 취할 것입니다.

그들은 다음 암 치료를 시작하기 전에 Rowett Institute Human Nutrition Unit에서 처리할 대변 샘플(대장직장 환자의 하위 집합에서 수술 시 채취한 우측 결장 내용물 샘플)을 기증하도록 요청받을 것입니다. (화학 요법, 방사선 요법 또는 수술). 혈액 샘플을 얻기 위해 동의를 구할 수도 있습니다. 이것은 일반적으로 임상적 이유로 일상적인 정맥절개 중에 얻어지며 Biorepository에서 처리하는 임상 요구 사항에 대한 혈액 잉여분입니다. 필요한 경우 표준 임상 치료의 일부로 혈액을 채취하지 않는 경우 5ml의 추가 정맥 천자를 요청합니다. 혈액은 혈장 추출을 위해 처리됩니다.

환자는 또한 대변 샘플을 채취하기 전 3개월 동안 무엇을 먹고 마셨는지를 나타내는 선택적 음식 빈도 설문지(FFQ)를 작성하도록 권장됩니다. 그러나 그들이 이것을 완료할 수 없다고 느끼면 그들의 결정을 존중하고 연구를 계속할 수 있습니다. 이 설문지는 완료하는 데 약 30분이 소요되며 첫 번째 암 치료 전 임상 예약 중에 환자에게 제공되거나 게시됩니다. 환자의 하위 그룹은 또한 대변 샘플을 제공하기 전 4일 동안 식단에 대한 보다 심층적인 평가를 제공할 의향이 있는지 질문을 받을 것이지만 이는 선택 사항이며 거부할 자유가 있음을 강조할 것입니다. .

대변 ​​샘플은 병원 예약일 또는 환자의 초기 치료일에 병원으로 가져온 ARI에서 수집됩니다. 또는 참가자는 Rowett 연구소의 특정 드롭 오프 센터에 샘플을 남길 수 있습니다. 이것은 그들에게 가장 편리한 것으로 참가자의 재량에 맡겨질 것입니다. 완성된 음식 일지/설문지는 대변 샘플 수거 장소와 동시에 같은 장소에서 수집됩니다.

환자로부터 다른 추가 샘플이 필요하지 않습니다. 표본을 얻은 후 Rowett Institute에서 일부는 Powersoil DNA 추출 키트를 사용하여 DNA 추출을 위해 Dispomix로 처리하고 16S rRNA 유전자 시퀀싱으로 분석하기 전에 냉동고에 보관합니다. 또 다른 부분은 가스 크로마토그래피에 의한 SCFA 분석을 위해 처리되고 저장되며 나머지 대변 중 일부는 향후 분석을 위해 저장됩니다.

혈장은 NHS 혈액학 실험실의 혈액 샘플에서 추출되어 연구에 참여한 연구팀에 의해 Rowett Institute로 전송됩니다. 혈액 샘플이 임상 목적으로 채취되지 않은 상황에서 혈액 샘플은 Rowett Institute의 Human Nutrition unit에서 채혈자 또는 기타 훈련된 직원이 수집합니다. 혈장이 추출되면 혈액 샘플은 Rowett Institute의 냉동고에 보관됩니다.

대변 ​​DNA의 16S rRNA 유전자 시퀀싱은 생물정보학 분석을 포함하여 애버딘 대학의 게놈 활성화 생물학 및 의학 센터(CCEBM)에서 수행될 것입니다. 16S rRNA 유전자 시퀀싱을 사용하여 박테리아 유전 물질의 작은 부분을 검사하는데, 이는 서로 다른 박테리아 간에 차이가 있어 각 표본 내에서 각각의 '상대적 존재비'를 추정할 수 있습니다. 우리는 또한 Rowett Institute Analytical 시설에서 GC에 의한 대변 및 GC-MS에 의한 혈장의 SCFA를 분석할 것입니다(이러한 더 민감한 기술은 존재하는 대사물의 농도가 낮기 때문에 혈장에 필요함). 이 연구가 끝날 때 충분한 샘플이 사용 가능한 상태로 남아 있으면 향후 연구를 위해 이것을 저장하고 싶습니다. 필요한 자금 지원 및 승인을 얻은 후에 우리는 미래에 metagenomics 및 기타 대사 산물(예: 트립토판, 담즙산 및 염증성(예: 칼프로텍틴) 및 면역 마커(예: 사이토카인).

임상 데이터는 소스에서 의사 익명으로 처리되며 연구팀(기준 데이터에는 바이오뱅크 직원, 후속 데이터에는 연구 간호사, 임상 펠로우, 방사선사 등 포함)에서 수집합니다. 이것은 후속 분석에 포함될 것입니다. 방사선 요법/화학방사선 요법 또는 수술의 종양 반응 및 부작용은 독성 및 결과를 보기 위해 환자 메모에서 얻을 수 있으며 일부 환자는 RTOG와 같은 일상적인 임상 후속 조치의 일부로 설문지를 작성하도록 요청받았습니다. 및 EPIC26(임상 실습에서 일상적으로 사용되는 설문지).

16S rRNA 유전자 시퀀싱 데이터는 존재하는 박테리아의 풍부함과 상대적 풍부함을 결정하기 위해 이러한 대규모 데이터 세트를 전문적으로 다루는 애버딘 대학의 생물정보학자에 의해 분석될 것입니다. 데이터는 IT 서비스에 의해 고성능 컴퓨터 클러스터에 저장되고 공용 저장소에 제출됩니다. 16S rRNA 유전자 시퀀싱 데이터, SCFA 분석 및 사용 가능한 임상 데이터 간의 연관성을 연구합니다. 통계 분석은 Biomathematics 및 Statistics Scotland의 통계학자가 수행합니다.