Использование кишечной микробиоты и ее метаболитов при раке малого таза

Абердинский университет и Королевский лазарет Абердина (ARI) в NHS Grampian находятся в уникальном положении, имея единый кампус для лабораторных исследований, связанных с микробиотой, во всемирно известном институте Роуэтт, биорепозиторий на территории кампуса для быстрой обработки образцов и объекты NHS. для лечения множественных типов опухолей малого таза, включая колоректальные, гинекологические и урологические.

К пациентам будут обращаться в соответствующих клиниках по раку малого таза после идентификации для потенциального включения на совещании соответствующей междисциплинарной группы (MDT). Пациент будет проинформирован о своем диагнозе и плане лечения врачом, ответственным за его лечение (может включать клиническую медсестру-специалиста). К пациентам будут обращаться по поводу исследования только на последующем собрании, т.е. когда медсестры-специалисты связываются с пациентом для решения любых дополнительных вопросов, связанных с обсуждаемым планом ведения, они посещают консультационную клинику для получения согласия на окончательное лечение и т. д. Это дает пациенту достаточно времени, чтобы обдумать свой диагноз и план лечения, прежде чем приступить к исследованию. На этой встрече пациентам будет предоставлена ​​PIS (она будет отправлена ​​​​пациенту, если встреча проводится посредством видеотелеконференции). Если они захотят рассмотреть возможность участия, с ними свяжется медсестра-исследователь или другой член группы с соответствующей квалификацией, которые обсудят исследование и ответят на любые вопросы. Если они пожелают принять участие, будет принято решение о том, чтобы член клинической бригады получил письменное информированное согласие, когда пациент посещает больницу для последующего клинического приема.

Им будет предложено сдать образец фекалий (а в подгруппе пациентов с колоректальным заболеванием — образец содержимого правой толстой кишки, взятый во время их операции) для обработки в Отделе питания человека Института Роуэтт до начала их следующего лечения рака. (химиотерапия, лучевая терапия или хирургическое вмешательство). Также будет запрошено согласие на получение образца крови. Обычно это делается во время обычной венесекции по клиническим показаниям, и это будет избыток крови для клинических требований, обрабатываемый биорепозиторием. При необходимости, если кровь не собирается в рамках стандартной клинической помощи, будет запрошена дополнительная венепункция в объеме 5 мл. Кровь будет обработана для извлечения плазмы.

Пациентам также будет предложено заполнить дополнительный вопросник частоты приема пищи (FFQ), указав, что они ели и пили в течение трех месяцев, прежде чем сдавать образцы стула. Однако, если они чувствуют, что не могут это сделать, их решение будет учтено, и они смогут продолжить исследование. Заполнение этих анкет занимает около 30 минут, и они будут предоставлены пациентам либо во время клинического приема перед их первой противораковой терапией, либо рассылаются им. Подгруппу пациентов также спросят, готовы ли они дать более глубокую оценку своей диеты за четыре дня до предоставления образца стула, но им будет выделено, что это необязательно, и они могут отказаться. .

Образцы фекалий будут собираться у пациентов с ОРЗ, доставленных в больницу в день посещения клиники или первичного лечения пациента. В качестве альтернативы участник может оставить образец в специальном пункте выдачи в институте Роуэтт. Это будет оставлено на усмотрение участника в зависимости от того, что ему наиболее удобно. Заполненные пищевые дневники/анкеты также будут собираться в то же время и в том же месте, что и сдача проб фекалий.

Никаких других дополнительных образцов от пациента не требуется. После получения образцов в Институте Роуэта часть будет обработана Dispomix для выделения ДНК с использованием наборов для выделения ДНК Powersoil и храниться в морозильных камерах перед анализом с помощью секвенирования гена 16S рРНК. Другая часть будет обработана и сохранена для анализа SCFAs с помощью газовой хроматографии, а часть оставшихся фекалий будет сохранена для будущих анализов.

Плазма будет извлечена из образцов крови из гематологических лабораторий NHS и передана в Институт Роуэта исследовательской группой, участвующей в исследовании. В ситуациях, когда образец крови не был взят для клинических целей, образец крови будет взят флеботомистом или другим обученным персоналом отдела питания человека Института Роуэта. После извлечения плазмы образцы крови будут храниться в морозильных камерах в Институте Роуэта.

Секвенирование гена 16S рРНК фекальной ДНК будет проводиться в Центре биологии и медицины с поддержкой генома (CCEBM) Университета Абердина, включая биоинформатический анализ. С помощью секвенирования гена 16S рРНК исследуется небольшая часть бактериального генетического материала, который различается у разных бактерий, что позволяет нам оценить «относительную численность» каждой из них в каждом образце. Мы также проанализируем КЦЖК в фекалиях с помощью ГХ и плазме с помощью ГХ-МС (этот более чувствительный метод требуется для плазмы из-за более низких концентраций присутствующих метаболитов) в аналитическом центре Института Роуэта. В конце этого исследования, если достаточное количество образцов останется в пригодном для использования состоянии, мы хотели бы сохранить их для будущих исследований. После получения необходимого финансирования и одобрения мы можем в будущем исследовать бактериальную ДНК более подробно (на уровне видов/штаммов) с помощью метагеномики и других метаболитов, например. триптофан, желчные кислоты и воспалительные (например, кальпротектин) и иммунные маркеры (например, цитокины).

Клинические данные будут псевдоанонимизированы у источника и собраны исследовательской группой (включая сотрудников биобанка для исходных данных и медицинских сестер-исследователей, клинических стипендиатов, рентгенологов и т. д. для последующих данных). Это будет включено в последующий анализ. Ответы опухоли и побочные эффекты лучевой/химиолучевой терапии или хирургического вмешательства будут получены из записей пациентов, чтобы посмотреть на токсичность и результаты, а некоторых пациентов попросят заполнить анкеты в рамках их обычного клинического наблюдения, например, RTOG. и EPIC26 (опросники, обычно используемые в клинической практике).

Данные секвенирования гена 16S рРНК будут проанализированы биоинформатиками из Университета Абердина, специализирующимися на обработке этих больших наборов данных, чтобы определить богатство и относительную численность присутствующих бактерий. Данные будут храниться ИТ-службами в кластере высокопроизводительных компьютеров и отправляться в общедоступный репозиторий. Ассоциации будут изучаться между данными секвенирования гена 16S рРНК, анализом SCFA и доступными клиническими данными. Статистический анализ будет проводиться статистиками из Биоматематики и Статистического управления Шотландии.