口腔微生物组随时间变化的研究

人类微生物组计划 (HMP) 始于 2008 年，旨在表征皮肤、口腔和鼻腔以及胃肠道和泌尿生殖道中的微生物群落。 该项目横断面描述了健康人群中的微生物群落，但没有充分描述纵向稳定性。 在 HMP 中包含的 236 名成年人中，第二个唾液样本是在一个小子集 (N=74) 上收集的，收集之间的间隔很长，平均为 203 天。 计算两次访问之间的社区相似性；对于唾液样本，Spearman 相关性很高 (rs=0.8)。 但是，尚不清楚此计算中使用了哪种社区指标。 当我们获得 HMP 数据并计算唾液样本中特定多样性指标的 Spearman 相关性时，香农指数和 PD 树的相关性较弱，范围分别为 0.225 到 0.524。 其他参与人数较少但时间点较多的研究对口腔微生物组的时间变化得出了相互矛盾的结论。 鉴于这种可变性，使用两个以上的时间点确定单个测量值是否代表特定身体部位微生物群的典型组成至关重要。

在流行病学研究中，在研究期间为每个参与者多次收集生物样本或测量结果通常是不切实际的，如果不是不可能的话。 然而，当生物样本或测量仅被采集一次时，人们担心单次评估不能代表典型值。 例如，用于评估个体维生素 D 暴露量的血清 25(OH)D 水平存在季节性波动，但研究表明，单次测量足以可靠地代表典型的暴露量。 随着时间的推移，样本之间的相关性也用于为未来的研究创建更准确的功率计算。

由于之前的工作没有充分解决口腔微生物组的时间变化问题，我们建议：1) 建立一个由 40 名成年人组成的队列，他们愿意在一年内大约每两个月提供一次口腔样本； 2) 处理所有口腔样本并使用 16S 核糖体 RNA 基因测序评估微生物群的存在和数量； 3) 使用类内相关系数 (ICC) 为和 <= 多样性指标计算样本随时间推移的适当可靠性措施； 4) 根据经验评估不同纵向设计的效率，包括两个或多个样本集合，结果如体重指数 (BMI)。 由于唾液中人类 DNA 的复杂性和高流行性，口腔样本的宏基因组分析尚不可行，但是，从这项研究中获得的样本将可用于未来的宏基因组分析，当该技术投入使用时。 目前的研究对于确定口腔微生物组单一测量的可靠性至关重要，以确定未来队列研究的适当样本量，考虑到口腔微生物组对癌症风险和其他健康结果的影响。