Estudo da variação ao longo do tempo no microbioma oral

O Human Microbiome Project (HMP), iniciado em 2008, teve como objetivo caracterizar as comunidades microbianas na pele, nas cavidades oral e nasal e nos tratos gastrointestinal e urogenital. Este projeto descreveu seccionalmente as comunidades microbianas em uma população humana saudável, mas não descreveu adequadamente a estabilidade longitudinal. Dos 236 adultos incluídos no HMP, uma segunda amostra de saliva foi coletada em um pequeno subconjunto (N=74) com um longo intervalo entre as coletas, em média 203 dias. A similaridade da comunidade foi calculada entre duas visitas; para amostras de saliva, a correlação de Spearman foi alta (rs=0,8). No entanto, não estava claro qual métrica de comunidade estava sendo usada para esse cálculo. Quando obtivemos os dados do HMP e calculamos a correlação de Spearman para métricas específicas de diversidade nas amostras de saliva, as correlações foram mais fracas e variaram de 0,225 a 0,524 para o índice de Shannon e árvore PD, respectivamente. Outros estudos com menos pessoas, mas com mais pontos no tempo, tiveram conclusões conflitantes sobre a variação temporal do microbioma oral. Dada essa variabilidade, é vital estabelecer se uma única medição é representativa da composição típica da microbiota em um local específico do corpo usando mais de dois pontos de tempo.

Em estudos epidemiológicos, muitas vezes é impraticável, se não impossível, coletar amostras biológicas ou medições várias vezes para cada participante durante o período do estudo. No entanto, quando uma amostra biológica ou uma medição é realizada apenas uma vez, existe a preocupação de que uma única avaliação não seja representativa do valor típico. Por exemplo, os níveis séricos de 25(OH)D, que são usados ​​para avaliar a exposição de um indivíduo à vitamina D, apresentam flutuações sazonais, mas estudos estabeleceram que uma única medição é suficientemente confiável para representar a exposição típica. A correlação entre as amostras ao longo do tempo também é usada para criar cálculos de potência mais precisos para estudos futuros.

Uma vez que trabalhos anteriores não abordaram adequadamente a variação temporal no microbioma oral, propomos: 1) estabelecer uma coorte de 40 adultos dispostos a fornecer amostras orais aproximadamente a cada dois meses durante um ano; 2) processar todas as amostras orais e avaliar a presença e quantidade de microbiota usando o sequenciamento do gene do RNA ribossômico 16S; 3) calcular medidas de confiabilidade apropriadas para a amostra ao longo do tempo usando o coeficiente de correlação intraclasse (ICC) para e <= métricas de diversidade; e 4) avaliar empiricamente a eficiência de diferentes desenhos longitudinais, incluindo duas ou mais coletas de amostras com um resultado como índice de massa corporal (IMC). Devido à complexidade e alta prevalência de DNA humano na saliva, análises metagenômicas de amostras orais ainda não são viáveis, porém, as amostras obtidas neste estudo estarão disponíveis para uso em futuras análises metagenômicas quando a tecnologia estiver operacionalizada. O estudo atual é essencial para estabelecer a confiabilidade de uma única medida do microbioma oral para determinar tamanhos de amostra apropriados para futuros estudos de coorte, considerando o efeito do microbioma oral no risco de câncer e outros resultados de saúde.