人类肠道微生物组建立过程中的噬菌体动力学和影响 (METAKIDS)
2019年7月12日 更新者：Institut Pasteur
微生物群落是人类环境的重要组成部分。
因此，人类肠道微生物组得到了广泛研究，从而更好地了解细菌种群与宿主生理学之间的关系。
然而，典型的分析往往会在物种、菌株以及染色体外 DNA 分子（如和噬菌体）方面避开混合物的复杂性。
MetaKids 项目旨在以前所未有的分辨率对这些种群和人类肠道建立过程中的内部关系提出新的看法，这是对宿主健康产生长期影响的关键一步。
该项目依赖于实验室开发的新技术 Meta3C 的能力，以识别研究人员将检测到的不同噬菌体的细菌宿主基因组，这要归功于这些分子所经历的物理碰撞。
鉴于人类肠道噬菌体在塑造宿主微生物组发育中可能发挥的作用，它们的应用潜力引起了极大的兴趣。
研究概览
详细说明
在过去十年中，人类肠道中微生物的作用得到了深入研究。
肠道微生物组包括细菌、病毒、真菌和古细菌。
微生物群对人类健康的重要性通过以下观察得到强调：这些微生物群落中的生态失调变化与许多人类疾病有关，包括肥胖、炎症性肠病、自身免疫性疾病或胃肠道癌症。
还清楚地确定，这些微生物中的一些与免疫系统相互作用并有助于其发展。
肠道微生物组在出生后不久就建立起来，其组成在接下来的几年内发生变化，朝着典型的“成人样”细菌群落结构发展。
流行病学研究证明了这段时期对长期健康的重要性。
还表明，该过程可能受到多种相互作用因素的影响，例如营养、抗生素使用和其他环境因素。
对人类微生物组的病毒部分知之甚少。
它们中的大多数是噬菌体（噬菌体），已知它们通过捕食或在细菌之间传递遗传信息来调节微生物种群，并且可能对肠道微生物群的建立乃至人体生理学产生重要影响。
MetaKids 项目旨在了解肠道噬菌体组在人类早期生活中是如何发育的，以及它如何影响细菌微生物组的组成。
研究人员将对 15-20 名 3-9 个月大至 24-30 个月大的婴儿进行纵向研究。
通过结合最新的宏基因组学方法，将研究：1）这一关键时期噬菌体和细菌微生物组的组成、进化和动态； 2) 噬菌体与细菌的相互作用及其关系； 3）环境因素的影响，如疫苗接种或抗生素治疗对噬菌体种群的影响。
该项目基于实验室开发的最新宏基因组创新技术的组合。
DNA 是一种普遍存在且稳定的分子，可用作细胞和种群水平“区室化”的标记，提供有关混合物种基因组结构的重要信息。
因此，通过结合病毒颗粒纯化和 3C 相关方法等方法，研究人员建议表征婴儿肠道微生物组的建立，并破译这一时期存在的不同基因组实体之间的关系。
该项目将带来关于噬菌体在人类肠道早期生命中的作用的重要数据。
改变/控制肠道数量的干预是一个动态领域，MetaKids 项目将为该研究领域带来新的视角。
研究类型
观察性的
注册 (实际的)
19
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习地点
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Essonne
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Orsay、Essonne、法国、91400
- Crèche du Parc
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Orsay、Essonne、法国、91400
- Crèche La Farandole
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参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
2个月 至 9个月 (孩子)
接受健康志愿者
是的
有资格学习的性别
全部
取样方法
非概率样本
研究人群
年龄在奥赛镇（法国）托儿所日托机构的年龄小于 9 个月的儿童。
描述
纳入标准：
- 孩子每周至少有 4 天在奥赛镇（法国 91）的两个市政托儿所之一上学；
- 进入托儿所时年龄小于 9 个月（2017 年 8 月至 10 月）；
- 父母/法定代表人不反对孩子参与研究；
排除标准：
- 如厕训练；
- 早熟;
- 参与需要使用药物的临床研究。
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
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孩子们
2017 年 8 月至 11 月期间，15 至 20 名儿童（< 9 个月大）在进入托儿所 (crèche) 初期开始注册。 这个队列将在最长 36 个月的时间内被跟踪。 每个孩子每周收集一次大便新鲜的尿布，然后冷冻。 父母向护士提供并记录在每个孩子的日常日志中的自发个人日托信息将被收集用于研究。 不会进行具体的面试。 |
收集带新鲜大便的尿布
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研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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婴儿肠道发育过程中噬菌体和细菌基因组的特征。
大体时间：3年
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生命最初三年中人类肠道中存在的不同基因组（噬菌体、细菌、酵母）的基因组重建和表征。
这一结果将提供大量 DNA 序列目录。
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3年
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婴儿肠道发育过程中噬菌体和细菌丰度和变异的特征
大体时间：3年
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生命最初 3 年期间人类肠道中存在的不同物种的变异特征。
这一结果将提供对这一时期存在的不同物种动态的访问，并有可能将它们与环境变化（饮食、年龄）联系起来
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3年
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噬菌体-细菌相互作用的表征
大体时间：3年
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噬菌体是细菌的主要捕食者，但它们在人类肠道建立过程中的作用仍不清楚。
这种相互作用的目录将有助于理解噬菌体在人类肠道发育过程中的作用
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3年
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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婴儿肠道发育过程中噬菌体和细菌变化对环境扰动的反应特征
大体时间：2至3周
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人类肠道中不同物种在生命最初 3 年中响应环境扰动的微小变化的特征。
这一结果将提供对这一时期存在的不同物种动态的访问，并有可能将它们与环境扰动（抗生素、疫苗、疾病）联系起来。
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2至3周
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合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2017年9月5日
初级完成 (实际的)
2018年12月31日
研究完成 (实际的)
2018年12月31日
研究注册日期
首次提交
2017年8月1日
首先提交符合 QC 标准的
2017年9月27日
首次发布 (实际的)
2017年9月28日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2019年7月16日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2019年7月12日
最后验证
2019年7月1日
更多信息
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