エクソーム データとトランスクリプトーム データを組み合わせて Lissencephalies の遺伝的基盤を解明

前述のように、滑脳症は、他の脳奇形とは対照的に、強力な単一遺伝子基盤を持っています。 滑脳症の約 80% は、標準的な WES または WGS によって遺伝的に診断できます。 滑脳症における RNA 発現パターンを特定することにより、未解決の滑脳症の症例に遺伝子診断を提供することを試みます。 遺伝子診断は、関連する問題の予測、経過観察、予後、場合によっては家族計画 (例: 着床前遺伝子検査）。 この研究では、滑脳症および MCD スペクトルの拡張による RNA シーケンスの追加の診断収率も調査します。 また、示されている場合は、標準的な診断ワークアップで RNA シーケンスを実装する可能性。

強力な単一遺伝子基盤により、新しい病的バリアントの特定や新規遺伝子アノテーションの高効率化が期待できます。 これらの新規バリアントと遺伝子注釈は、滑脳症スペクトルと神経細胞移動の起源と病態生理学をよりよく理解するために不可欠です。

新たに発見された遺伝子の機能的影響は、革新的な CRISPR-Cas9 メソッドによってさらに調べることができます。 この遺伝子編集技術により、研究者はノックアウトまたはノックイン遺伝子を作成し、新しい注釈付き遺伝子とその機能的結果を調査する機会を得ることができます。 本研究の範囲外ではあるが、本研究グループ内あるいは他との共同研究において、今後の共同研究プロジェクトにとって興味深い項目である。 この研究の間、遺伝的に診断された滑脳症の症例もRNA配列決定の対象となります。 滑脳症の現在の分類は、病原性バリアントと生物学的経路に基づいています。 RNA 発現パターンの変化は、この分類に新たな光を当てる可能性があります。

この研究では、どのサンプリング組織が RNA 抽出と配列決定に最も適しているかも評価します。 作成する考慮事項には、抽出された RNA のターゲット品質と組織固有の遺伝子発現の違いが含まれます。 マウス スワップは、非侵襲的ではありますが、複数のウイルスやバクテリア (外因性遺伝物質) を含む自然な口腔内細菌叢のため、RNA 抽出には適していません。 線維芽細胞由来の RNA は高品質であると考えられていますが、皮膚生検が必要であり、比較的侵襲的であると考えられています。 全血は低侵襲技術によって得られますが、遺伝子発現は線維芽細胞と比較して質が悪い場合があります。

研究の最初の部分は、未解決の滑脳症の症例の診断設定で行われます。 線維芽細胞は、皮膚生検（パンチ）によって得られます。 RNA シーケンス データは、線維芽細胞と血液から抽出されます。 この RNA シーケンス データは、新しい病原性バリアントを検索するために分析されます。 RNA seq データで新しい病的バリアントが特定されると、既存の WES データが再解析されます。 必要に応じて、後続の WGS が実行されます。 遺伝子診断が得られると、RNA seq と WES/WGS データが研究の研究部分に転送されます。

研究の 2 番目の部分は、研究環境で行われます。 遺伝子診断を受けた滑脳症患者は、皮膚生検を提供するよう提案されます。 RNA シーケンス データは、診断トラックのように線維芽細胞と血液から抽出されます。 RNA seq データでは、2 つの項目が観察されます。 まず、繊維芽細胞から抽出された RNA 配列データは、バリアント検出の点で、血液から抽出された RNA 配列データよりも大きな利点がありますか? 第二に、一般的な影響を受ける経路で RNA パターンを特定できますか?