Exome과 Transcriptome 데이터를 결합하여 Lissencephalies의 유전적 기초를 밝히다

앞서 언급한 바와 같이 뇌뇌증은 다른 뇌 기형과 달리 강력한 단일 유전적 기반을 가지고 있습니다. 뇌뇌증의 약 80%는 표준 WES 또는 WGS로 유전적으로 진단할 수 있습니다.1 미해결 사례의 나머지 20%에서는 정량적 RNA 시퀀싱이 상당한 차이를 만들 수 있습니다. lissencephalies에서 RNA 발현 패턴을 확인함으로써 우리는 유전자 진단 미해결 lissencephaly 사례를 제공하려고 노력할 것입니다. 유전적 진단은 관련 문제 예측, 후속 조치, 예후 및 경우에 따라 가족 계획 측면에서 중요합니다(예: 착상 전 유전자 검사). 이 연구는 또한 lissencephalies 및 MCD 스펙트럼의 확장에 의한 RNA 시퀀싱의 추가 진단 수율을 조사할 것입니다. 그리고 표시된 경우 표준 진단 워크업에서 RNA 시퀀싱을 구현할 가능성.

강력한 단일 유전적 기반으로 인해 새로운 병원성 변이체 및 새로운 유전자 주석 식별에 높은 효율성을 기대할 수 있습니다. 이러한 새로운 변종 및 유전자 주석은 lissencephaly 스펙트럼 및 신경 이동의 기원 및 병태생리학을 더 잘 이해하는 데 없어서는 안될 필수 요소입니다.

새로 발견된 유전자의 기능적 영향은 혁신적인 CRISPR-Cas9 방법으로 더 자세히 조사할 수 있습니다. 이 유전자 편집 기술을 통해 연구원은 녹아웃 또는 녹인 유전자를 새로운 주석이 달린 유전자와 그 기능적 결과를 조사할 수 있는 기회로 만들 수 있습니다. 비록 이 연구의 범위를 벗어나지만, 우리 연구 그룹 내에서 또는 다른 사람들과의 공동 연구 프로젝트에 대한 향후 참여 연구 프로젝트에 흥미로운 항목입니다. 이 연구 동안 유전적으로 진단된 뇌뇌증 사례도 RNA 시퀀싱을 받게 됩니다. lissencephalies의 현재 분류는 병원성 변종 및 생물학적 경로를 기반으로 합니다. RNA 발현 패턴의 변경은 이 분류에 새로운 빛을 비출 수 있습니다.

이 연구는 또한 어떤 샘플링 조직이 RNA 추출 및 시퀀싱에 가장 적합한지 평가할 것입니다. 고려해야 할 사항에는 추출된 RNA의 목표 품질과 조직별 유전자 발현의 차이가 포함됩니다. 마우스 스왑은 비침습적이지만 여러 바이러스 및 박테리아(외인성 유전 물질)가 있는 자연 구강 세균총 때문에 RNA 추출에 적합하지 않습니다. 섬유아세포 유래 RNA는 품질이 좋은 것으로 간주되지만 피부 생검이 필요하고 상대적으로 침습적인 것으로 간주됩니다. 최소 침습 기술로 전혈을 채취하지만 유전자 발현은 섬유아세포에 비해 품질이 낮을 수 있습니다.

연구의 첫 번째 부분은 해결되지 않은 lissencephaly 케이스의 진단 설정에서 수행됩니다. 섬유아세포는 피부 생검(펀치)으로 얻을 수 있습니다. RNA seq 데이터는 섬유아세포와 혈액에서 추출됩니다. 이 RNA seq 데이터는 새로운 병원성 변이체를 찾기 위해 분석될 것입니다. RNA seq 데이터에서 새로운 병원성 변이가 확인되면 기존 WES 데이터를 재분석합니다. 필요한 경우 후속 WGS가 수행됩니다. 유전자 진단이 이루어지면 RNA seq 및 WES/WGS 데이터가 연구의 연구 부분으로 전송됩니다.

연구의 두 번째 부분은 연구 환경에서 수행됩니다. 유전 진단을 받은 Lissencephaly 환자는 피부 생검 및 . RNA seq 데이터는 진단 트랙에서와 같이 섬유아세포와 혈액에서 추출됩니다. RNA seq 데이터에서 두 가지 항목이 관찰됩니다. 첫째, 섬유아세포에서 추출한 RNA seq 데이터가 변이 검출 측면에서 혈액에서 추출한 RNA seq 데이터보다 큰 이점이 있습니까? 둘째, 공통적으로 영향을 받는 경로에서 RNA 패턴을 식별할 수 있습니까?