수치 및 구조적 염색체 이상을 감지하는 광학 매핑 및 긴 판독 시퀀싱의 의학적 성능을 평가하기 위한 전향적 연구. CHROMosome 매핑 및 시퀀싱(CHROMAPS) (CHROMAPS)
Etude Prospective Comparative Des Performances de Détection Des Variations de Nombre et de Structure Des Chromosomes Par Les Techniques de Cartographie Moléculaire et de Séquençage de Grands Fragments
염색체 이상은 발달 장애(지적 장애(ID), 다발성 선천성 기형(MCA), 자폐 스펙트럼 장애(ASD)) 및 특히 배우자 형성 결함 및 재발성 유산의 생식 장애(RD)의 주요 원인입니다. 임상 환경에서 염색체 분석을 위한 현재 1단계 유전자 조사에는 RD의 경우 핵형 분석(진단률 5 ~ 10%)과 ID/MM의 경우 염색체 마이크로어레이(CMA)(진단률 10 ~ 20%)가 포함됩니다. 그러나 두 분석법 모두 중요한 결점을 나타냅니다. CMA에 대한 핵형 분석 및 균형 잡힌 구조적 재배열을 감지할 수 없음에 대한 저해상도.
광학 게놈 매핑 및 장기 판독 게놈 시퀀싱은 이러한 한계를 극복하고 고해상도 염색체 분석을 가능하게 하는 새로운 기회를 제공하는 새로운 기술입니다.
이 프로젝트는 전향적 연구에서 현재의 표준 세포유전학 방법과 비교하여 광학 매핑 및 긴 판독 전체 게놈 시퀀싱의 성능을 평가하는 것을 목표로 합니다. 연구자는 핵형과 CMA를 모두 대체할 수 있는 게놈 분석을 위한 올인원 방법론이 될 수 있는 능력과 새로운 진단을 발견하여 후자에 비해 부가가치를 평가할 것입니다.
연구 개요
상세 설명
염색체 이상은 일반 인구의 최대 1%에서 발견됩니다. 균형(3.6‰) 또는 불균형(0.9‰)의 구조적 수차가 그 중 1/3을 나타냅니다. 대부분의(전부는 아님) 불균형 이상은 관련 표현형과 관련이 있는 반면, 대부분의(전부는 아님) 균형 잡힌 재배열은 가능한 생식 장애를 제외하고는 표현형에 영향을 미치지 않습니다. 실제로, 불임 개인 중 후자의 유병률은 비옥한 인구보다 10배 더 높습니다. 게다가 6% - 27%의 겉보기에 균형 잡힌 재배열은 다양한 메커니즘을 통해 발달 장애로 이어질 수 있습니다.
1단계 염색체 분석 방법인 핵형 및 염색체 마이크로어레이 분석(CMA)은 저해상도(핵형) 또는 균형 재배열(CMA)을 감지할 수 없기 때문에 방해를 받습니다. 그러나 핵형 분석은 이수성(주로 성염색체 이수성, 즉 45,X 또는 47,XXY) 또는 균형 잡힌 구조적 이상의 유병률이 높기 때문에 생식 장애(RD) 및 재발성 유산의 경우 여전히 황금 표준 분석입니다.
Agence de la Biomedecine에서 수행한 프랑스 국가 연례 조사에 따르면 진단 수율은 RD에서 핵형 분석의 경우 ~5%-10%이고 ID/MCA의 CMA에서 ~15-20%입니다. 따라서 많은 환자들이 이러한 1단계 연구 이후에 자신의 상태에 대한 분자적 진단 없이 남아 있습니다. 전체 엑솜 시퀀싱 및 현재 전체 게놈 시퀀싱은 ID 환자에서 진단 수율을 최대 50-60%까지 높일 수 있는 것으로 나타났습니다. 그러나 현재의 짧은 판독 시퀀싱 방법은 SV 중단점에서 높은 비율의 상동 서열로 인해 생물정보 도구가 서열을 올바르게 매핑할 수 없기 때문에 구조적 변이(SV) 검출을 위한 강력한 데이터를 제공하기에는 부족합니다. 긴 DNA 조각을 기반으로 하는 새로운 방법론이 현재 사용 가능하며 현재의 한계를 극복할 수 있는 방법을 제공할 수 있습니다: long read sequencing(lrNGS) 및 optical genome mapping(OGM):
OGM은 Bionano Genomics에서 개발했으며 미세유체 및 고해상도 현미경을 결합하여 특정 시퀀스 태그로 라벨링된 길고 고분자량의 DNA 분자(최대 1Mb 이상)의 이미징을 제공합니다. 이러한 이미지에서 모든 환자 게놈의 새로운 조립을 수행하고 참조 게놈 지도와 비교하여 핵형 분석보다 100~1000배 더 높은 해상도로 모든 종류의 구조적 재배열을 풀 수 있습니다. 각 지역의 적용 범위를 기반으로 하는 두 번째 파이프라인을 통해 큰 CNV 및 이수배체를 감지할 수 있습니다.
긴 DNA 단편(수 kb)의 lrNGS는 반복적인 서열로 인한 short read sequencing 기반 조립 문제를 줄이고 SNV에서 SV 및 CNV에 이르는 모든 돌연변이를 감지할 수 있습니다. 단편 삽입의 크기가 크기 때문에 짧은 읽기 또는 연결된 읽기 시퀀싱에서 관찰되는 것보다 SV 호출에 대한 잘못된 긍정이 덜 예상됩니다. 생물정보학 파이프라인이 개선되고 있지만 큰 SV/SNV의 전향적 탐지는 매우 높은 비율의 위양성 및 위음성으로 인해 여전히 어려운 일입니다. 또한 SV 및 CNV 식별을 위한 1단계 올인원 테스트로 긴 판독 시퀀싱을 사용하는 타당성 및 의학적 효율성을 전향적으로 테스트하기 위한 연구는 수행되지 않았습니다.
주요 목적 이 전향적 연구의 주요 목적은 OGM(Bionano®) 및 lrNGS(Nanopore®)의 진단율을 표준 치료 기술 중 하나와 비교하는 것입니다. 생식 장애(원발성 무월경, 조기 난소 기능 부전, 중증 정자 결핍증, 무정자증) 또는 발달 장애(ID/MCA)의 경우 CMA를 나타내는 환자에 대한 핵형 분석.
2차 목표 환자의 다양한 임상 범주에서 염색체 이상 발생률 및 유형에 대한 데이터를 개선합니다. Bionano® 및 Nanopore®의 한계를 평가합니다. 환자 두 접근 방식의 비용 효율성 비교
연구 유형 이것은 11개의 프랑스 공인 체질세포유전학 센터를 포함하는 국가 다중심 전향적 코호트 연구입니다. 동일한 환자에게 표준 기술(의뢰 이유에 따라 핵형 분석 또는 CMA)과 두 가지 새로운 게놈 분석 방법인 OGM(Bionano®) 및 lrNGS(Nanopore®)를 사용하여 게놈 전체 분석이 제공됩니다.
연구 유형
등록 (실제)
단계
- 해당 없음
연락처 및 위치
연구 장소
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Paris, 프랑스, 75014
- Cochin APHP
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
설명
포함 기준: 불임 또는 지적 결함/기형의 경우 염색체 분석이 필요한 환자
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제외 기준: 제외 기준은 없지만 비포함 기준을 정의했습니다.
- 주산기 고통의 맥락에서 ID(예: 노동 중 저산소증)
- 말하기/언어 지체의 경우 프랑스어를 모국어로 사용하지 않는 부모에게서 태어난 아동
- 폐쇄성 무정자증
- 5kg 미만의 어린이 또는 혈액 샘플링이 필요한 양을 충족하지 못할 때마다.
- 채혈관이 없거나 잘못됨
- 불충분한 혈액량
- 연구에 대한 동의 누락 또는 불완전(예: 자녀에 대한 단 하나의 부모 동의)
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 주 목적: 특수 증상
- 할당: 해당 없음
- 중재 모델: 단일 그룹 할당
- 마스킹: 없음(오픈 라벨)
무기와 개입
참가자 그룹 / 팔 |
개입 / 치료 |
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실험적: 세포유전학적 분석을 위해 의뢰된 환자
광학 게놈 매핑(Bionano®) 및 긴 판독 시퀀싱(Nanopore®)을 사용하여 염색체 이상(이수배수체 및 SV)을 찾는 환자 DNA 분석
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Bionano®의 파이프라인을 사용하여 참조 게놈과 비교하여 게놈의 광학 지도 변경을 통해 염색체 이상을 탐색합니다.
전용 분석 파이프라인을 사용하여 고분자량 DNA 분자에서 얻은 시퀀싱 데이터에서 염색체 이상을 검색합니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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추천 사유에 따라 핵형분석 또는 CMA로 검출된 것의 백분율과 비교하여 Bionano® 및 Nanopore®로 검출된 확인된 임상적으로 유의한 염색체 이상 백분율.
기간: 학업 수료까지 평균 1년
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수차의 중요성은 국제 지침, 임상 병력, 간행물 및 공개 데이터베이스에 따라 평가됩니다.
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학업 수료까지 평균 1년
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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의뢰 범주별로 다양한 종류의 염색체 이상 발생률 및 분포.
기간: 학업 수료까지 평균 1년
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두 가지 주요 추천 징후: 불임 또는 지적 결핍/기형
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학업 수료까지 평균 1년
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Bionano® 및/또는 Nanopore®에서는 간과되지만 표준 치료 기술로 감지되는 염색체 이상 유형
기간: 학업 수료까지 평균 1년
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OGM(Optical Genome Mapping) 또는 longread 시퀀싱이 아닌 핵형 또는 CMA로 감지된 이상
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학업 수료까지 평균 1년
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핵형 분석 또는 CMA가 아닌 Bionano® 또는 Nanopore®로 염색체 이상을 감지하여 질병 관리에 변화를 가져온 환자의 비율
기간: 학업 수료까지 평균 1년
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OGM 또는 lrNGS에 의해 발견되었지만 환자 치료(유전 상담 포함)의 변화로 이어지는 황금 표준 기술에 의해 발견되지 않은 이상.
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학업 수료까지 평균 1년
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진단 지연 및 질병 관리 변경을 포함하여 각 기술의 전반적인 비용 및 이점
기간: 학업 수료까지 평균 1년
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황금 표준 진단 도구와 비교한 신기술의 의료 경제적 평가.
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학업 수료까지 평균 1년
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공동 작업자 및 조사자
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (실제)
연구 완료 (실제)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
추가 관련 MeSH 약관
기타 연구 ID 번호
- C21-35
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
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