폐렴 환자의 Metagenomics 분석을 기반으로 한 항생제 내성 모니터링
2026년 4월 21일 업데이트: Mei Kang, Shanghai General Hospital, China
폐렴 환자의 Metagenomics 분석을 기반으로 한 항생제 내성 모니터링: 게놈 역학 연구
폐렴 환자의 메타게놈학 분석을 기반으로 한 항생제 내성(AMR) 모니터링은 임상 진단 및 치료를 최적화하고 임상 예후를 개선하는 데 중요합니다. 본 연구는 다음과 같은 핵심 질문을 던지기 위해 고안되었습니다.
- 중증 폐렴과 경증 폐렴 환자의 미생물군집 지도는 무엇입니까?
- 중증폐렴과 경증폐렴에는 얼마나 많은 병원체 저항성 유전자가 들어있나요?
- 2019~2025년 중증 폐렴과 경증 폐렴에서 검출된 주요 병원체의 유전적 다양성은 얼마나 됩니까?
연구 개요
상세 설명
이것은 역사적 전향적 관찰 연구이다. 2019년 3월부터 2025년 3월까지 중국 내 4개 병원(상하이 종합병원, 난징 의과대학 부속 우시인민병원, 우한연합병원, 황강중앙병원)에서 중증 및 경증 폐렴 진단을 받은 환자를 지속적으로 모집한다.
차세대 시퀀싱: Metagenomics 및 Metatranscriptomic 라이브러리는 Illumina Novaseq 6000 플랫폼을 사용하여 차세대 시퀀싱을 수행합니다.
미생물 분석: KneadData(v0.10.0) 사용 Virosaurus 다운로드 바이러스 게놈 데이터 세트에서 Illumina 시퀀싱 데이터의 품질 관리를 필터링하기 위한 인간 게놈(GRCH38 참조 데이터베이스)의 참조, bowtie2(v2.3.4.1)(게놈 적용 범위 >30%, 깊이 >1X) 포스트 호스트 시퀀스를 찾아 분석하는 데 사용된 다음 "samtools idxstats" 명령을 사용하여 바이러스의 분류 및 상대적 풍부함을 계산했습니다. 한편, 종 수준에서 박테리아의 주석 정보를 얻기 위해 PhyloFlash(v3.4)를 사용하여 SILVA 데이터베이스의 16S rRNA 유전자에 대한 판독 횟수를 계산하고 98% 이상의 유사성을 임계값으로 선택했습니다. 진핵 병원체 게놈 데이터베이스 EUPATHDB46을 참조로 사용하여 bowtie2 및 samtools를 사용하여 곰팡이 병원체의 정성 및 정량 분석을 수행했습니다.
호흡기 감염의 원인을 판단하는 기준은 다음과 같습니다. (1) 인간 질병과 관련이 있는 것으로 알려진 기존 종(ICD-10), (2) 이전에 확인되지 않은 잠재적인 새로운 병원체(속 또는 과가 이전에 확인된 DNA 및 RNA 바이러스만) 포유류를 감염시키는 것으로 나타남), (3) 가능한 공생 박테리아는 포함되지 않습니다.
AMR 분석: 시퀀싱 단편과 알려진 약물 저항성 유전자 간의 서열 유사성을 비교함으로써 검출 내용을 통해 약물 저항성 유전자가 존재하는지 여부를 확인할 수 있으며 변형, 불활성화, 억제 및 기타 약물 저항성 유전자로 인한 약물 저항성을 제안할 수 있습니다.
약물 저항성 유전자 검출: CARD(Comprehensive Antibiotic Resistance Database) 및 ARG-ANNOT 데이터베이스에 기록된 약물 저항성 관련 유전자. 이 분석에서는 변형, 불활성화, 억제와 같은 약물 저항성 활성뿐만 아니라 일부 점 돌연변이로 인한 경로 및 표적 변화가 있는 기능성 유전자만 보고되었습니다.
유전적 다양성은 그룹 내 평균 쌍별 유전적 거리로 계산되었습니다. 일반적인 시간 가역적 뉴클레오티드 치환 모델과 1000개의 부트스트랩을 갖춘 RaxML을 사용하여 최대 가능성 계통수를 구축했습니다. 서열 간의 유전적 거리는 분산 추정을 위한 부트스트랩 방법과 함께 MEGAX를 사용하여 계산되었습니다.
연구 유형
관찰
등록 (추정된)
800
연락처 및 위치
이 섹션에서는 연구를 수행하는 사람들의 연락처 정보와 이 연구가 수행되는 장소에 대한 정보를 제공합니다.
연구 연락처
- 이름: Mei Kang, MPH
- 전화번호: 18501709576
- 이메일: mei.kang@shgh.cn
연구 연락처 백업
- 이름: Xue Tian, Master
- 전화번호: 02163240090
- 이메일: xue.tian@shgh.cn
연구 장소
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Shanghai Municipality
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Shanghai, Shanghai Municipality, 중국, 200080
- 모병
- Mei Kang
-
연락하다:
- Mei Kang, MPH
- 전화번호: +8618501709576
- 이메일: mei.kang@shgh.cn
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부수사관:
- Ruilan Wang, PhD
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부수사관:
- Lehao Ren, PhD
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부수사관:
- Dapeng Wang, PhD
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수석 연구원:
- Shan Gao, Master
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부수사관:
- Jiang Du, PhD
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부수사관:
- Xue Tian, Master
-
-
참여기준
연구원은 적격성 기준이라는 특정 설명에 맞는 사람을 찾습니다. 이러한 기준의 몇 가지 예는 개인의 일반적인 건강 상태 또는 이전 치료입니다.
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 어린이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
아니
샘플링 방법
비확률 샘플
연구 인구
2022~2025년 중국 4개 센터의 폐렴 환자.
설명
포함 기준:
- 임상적으로 중증폐렴 및 경증폐렴으로 진단된 환자는 미국흉부학회(ATS)와 미국감염학회(IDSA)가 제정한 성인 지역사회획득폐렴의 진단 및 치료에 관한 지침(2019년판)에 따라 진단합니다. , 다음의 주요 기준 중 1개 또는 3개 이상의 부기준을 충족하는 경우 진단할 수 있습니다. 영국흉부학회(BTS)는 2011년 소아 폐렴의 중증 및 경증 진단 기준을 채택했다.
- 임상검사를 실시하였고, 임상미생물검사에서 생체검체(비인두 면봉, 구인두 면봉, 기관지폐포세척액, 객담, 혈액, 흉수, 폐조직)가 남아있었다.
제외 기준:
- 생물학적 시료가 오염되었을 수 있는 환자
- 폐포 세척액 또는 흉수량이 200μl 미만인 환자.
공부 계획
이 섹션에서는 연구 설계 방법과 연구가 측정하는 내용을 포함하여 연구 계획에 대한 세부 정보를 제공합니다.
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
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심한 폐렴
임상적으로 중증폐렴으로 진단된 환자는 미국흉부학회(ATS)와 미국감염학회(IDSA)가 제정한 성인 지역사회획득폐렴의 진단 및 치료에 관한 지침(2019년판)에 따라 진단한다. 다음 주요 기준 중 1개 또는 3개 이상의 부기준으로 진단할 수 있습니다.
영국흉부학회(BTS)는 2011년 소아 중증 폐렴의 진단 기준을 채택했다.
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경미한 폐렴
임상적으로 중증폐렴 및 경증폐렴으로 진단된 환자는 미국흉부학회(ATS)와 미국감염학회(IDSA)가 제정한 성인 지역사회획득폐렴의 진단 및 치료에 관한 지침(2019년판)에 따라 진단합니다. .
소아 중증 및 경증 폐렴의 진단 기준은 2011년 영국흉부학회(BTS)에서 채택되었습니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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마이크로바이옴 구성
기간: 2019~2025년 연구기간 동안
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생물 표본에서 발견된 미생물 군집 모음
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2019~2025년 연구기간 동안
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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알파 다양성
기간: 2019~2025년 연구기간 동안
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특정 지역이나 생태계 내의 다양성
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2019~2025년 연구기간 동안
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박테리아 저항성 유전자의 유병률
기간: 2019~2025년 연구기간 동안
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박테리아 저항성 유전자의 수를 생물 표본의 수로 나눈 값
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2019~2025년 연구기간 동안
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베타 다양성
기간: 2019~2025년 연구기간 동안
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생태계 간의 다양성 비교. 일반적으로 생태계 간 종 변화의 양으로 측정됩니다.
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2019~2025년 연구기간 동안
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공동 작업자 및 조사자
여기에서 이 연구와 관련된 사람과 조직을 찾을 수 있습니다.
협력자
수사관
- 수석 연구원: Mei Kang, MPH, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiaotong University School of Medicine
간행물 및 유용한 링크
연구에 대한 정보 입력을 담당하는 사람이 자발적으로 이러한 간행물을 제공합니다. 이것은 연구와 관련된 모든 것에 관한 것일 수 있습니다.
일반 간행물
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- Charalampous T, Alcolea-Medina A, Snell LB, Williams TGS, Batra R, Alder C, Telatin A, Camporota L, Meadows CIS, Wyncoll D, Barrett NA, Hemsley CJ, Bryan L, Newsholme W, Boyd SE, Green A, Mahadeva U, Patel A, Cliff PR, Page AJ, O'Grady J, Edgeworth JD. Evaluating the potential for respiratory metagenomics to improve treatment of secondary infection and detection of nosocomial transmission on expanded COVID-19 intensive care units. Genome Med. 2021 Nov 17;13(1):182. doi: 10.1186/s13073-021-00991-y.
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- Park DE, Higdon MM, Prosperi C, Baggett HC, Brooks WA, Feikin DR, Hammitt LL, Howie SRC, Kotloff KL, Levine OS, Madhi SA, Murdoch DR, O'Brien KL, Scott JAG, Thea DM, Antonio M, Awori JO, Baillie VL, Bunthi C, Kwenda G, Mackenzie GA, Moore DP, Morpeth SC, Mwananyanda L, Paveenkittiporn W, Ziaur Rahman M, Rahman M, Rhodes J, Sow SO, Tapia MD, Deloria Knoll M. Upper Respiratory Tract Co-detection of Human Endemic Coronaviruses and High-density Pneumococcus Associated With Increased Severity Among HIV-Uninfected Children Under 5 Years Old in the PERCH Study. Pediatr Infect Dis J. 2021 Jun 1;40(6):503-512. doi: 10.1097/INF.0000000000003139.
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- Li ZJ, Zhang HY, Ren LL, Lu QB, Ren X, Zhang CH, Wang YF, Lin SH, Zhang XA, Li J, Zhao SW, Yi ZG, Chen X, Yang ZS, Meng L, Wang XH, Liu YL, Wang X, Cui AL, Lai SJ, Jiang T, Yuan Y, Shi LS, Liu MY, Zhu YL, Zhang AR, Zhang ZJ, Yang Y, Ward MP, Feng LZ, Jing HQ, Huang LY, Xu WB, Chen Y, Wu JG, Yuan ZH, Li MF, Wang Y, Wang LP, Fang LQ, Liu W, Hay SI, Gao GF, Yang WZ; Chinese Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Etiology of Respiratory Infection Surveillance Study Team. Etiological and epidemiological features of acute respiratory infections in China. Nat Commun. 2021 Aug 18;12(1):5026. doi: 10.1038/s41467-021-25120-6.
- Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen AV, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran HK, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG. CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D517-D525. doi: 10.1093/nar/gkz935.
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연구 기록 날짜
이 날짜는 ClinicalTrials.gov에 대한 연구 기록 및 요약 결과 제출의 진행 상황을 추적합니다. 연구 기록 및 보고된 결과는 공개 웹사이트에 게시되기 전에 특정 품질 관리 기준을 충족하는지 확인하기 위해 국립 의학 도서관(NLM)에서 검토합니다.
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
2024년 8월 1일
기본 완료 (실제)
2026년 4월 15일
연구 완료 (추정된)
2026년 9월 30일
연구 등록 날짜
최초 제출
2024년 8월 18일
QC 기준을 충족하는 최초 제출
2024년 8월 20일
처음 게시됨 (실제)
2024년 8월 22일
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
2026년 4월 23일
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
2026년 4월 21일
마지막으로 확인됨
2026년 4월 1일
추가 정보
이 정보는 변경 없이 clinicaltrials.gov 웹사이트에서 직접 가져온 것입니다. 귀하의 연구 세부 정보를 변경, 제거 또는 업데이트하도록 요청하는 경우 register@clinicaltrials.gov. 문의하십시오. 변경 사항이 clinicaltrials.gov에 구현되는 즉시 저희 웹사이트에도 자동으로 업데이트됩니다. .