Overvågning af antimikrobiel resistens baseret på metagenomiske analyser hos lungebetændelsespatienter
21. april 2026 opdateret af: Mei Kang, Shanghai General Hospital, China
Overvågning af antimikrobiel resistens baseret på metagenomiske analyser hos lungebetændelsespatienter: en genomisk epidemiologisk undersøgelse
Monitorering af antimikrobiel resistens (AMR) baseret på metagenomiske analyser hos lungebetændelsespatienter er afgørende for at optimere klinisk diagnose og behandling og forbedre den kliniske prognose. Denne undersøgelse er designet til at stille følgende nøglespørgsmål:
- Hvad er mikrobiomkortene over patienter med svær lungebetændelse og mild lungebetændelse?
- Hvor mange patogenresistensgener bærer i svær lungebetændelse og mild lungebetændelse?
- Hvad er den genetiske mangfoldighed af nøglepatogener påvist i svær lungebetændelse og mild lungebetændelse i løbet af 2019-2025?
Studieoversigt
Status
Rekruttering
Detaljeret beskrivelse
Dette er en historisk prospektiv obsevationsundersøgelse. Patienter diagnosticeret med svær og mild lungebetændelse rekrutteres løbende fra fire hospitaler (Shanghai General Hospital, Wuxi People's Hospital tilknyttet Nanjing Medical University, Wuhan Union Hospital og Huanggang Central Hospital) i Kina i løbet af marts 2019 til marts 2025.
Næste generations sekventering: Metagenomics og metatranscriptomic biblioteker gennemgår næste generations sekventering ved hjælp af Illumina Novaseq 6000 platformen.
Mikrobiomanalyse: ved hjælp af KneadData (v0.10.0) reference fra det humane genom (GRCH38 referencedatabase) for at filtrere kvalitetskontrollen af illumina-sekventeringsdata i Virosaurus download virusgenomdatasæt til reference, bowtie2 (v2.3.4.1) (genomdækning >30 %, dybde >1X) var bruges til at lokalisere og analysere post-host-sekvensen, og derefter blev kommandoen "samtools idxstats" brugt til at beregne klassificeringen og den relative mængde af vira. I mellemtiden blev PhyloFlash (v3.4) brugt til at beregne aflæsningstællinger for 16S rRNA-gener i SILVA-databasen for at opnå annotationsoplysninger om bakterier på artsniveau, idet ligheder større end eller lig med 98% blev valgt som en tærskel. Ved at bruge eukaryot patogengenomdatabase EUPATHDB46 som reference blev bowtie2 og samtools brugt til kvalitativ og kvantitativ analyse af svampepatogener.
Kriterierne for bestemmelse af årsagen til luftvejsinfektion er: (1) eksisterende arter, der vides at være forbundet med menneskelig sygdom (ICD-10), (2) tidligere uidentificerede potentielle nye patogener (kun DNA- og RNA-vira, hvis slægter eller familier tidligere har været vist sig at inficere pattedyr), og (3) mulige symbiotiske bakterier ikke inkluderet.
Analyse af AMR: ved at sammenligne sekvensligheden mellem sekventeringsfragmenterne og kendte lægemiddelresistensgener, kan påvisningsindholdet bestemme, om lægemiddelresistensgener eksisterer, og foreslå lægemiddelresistens forårsaget af modifikation, inaktivering, undertrykkelse og andre lægemiddelresistensgener.
Påvisning af lægemiddelresistensgener: gener relateret til lægemiddelresistens registreret i CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database) og ARG-ANNOT-databasen. I dette assay blev der kun rapporteret om funktionelle gener med lægemiddelresistensaktiviteter såsom modifikation, inaktivering og undertrykkelse, såvel som vej- og målændringer forårsaget af nogle punktmutationer.
Genetisk diversitet blev beregnet som den gennemsnitlige parvise genetiske afstand inden for en gruppe. Maksimal sandsynlighed for fylogenetiske træer blev konstrueret ved hjælp af RaxML med en generel tidsreversibel nukleotidsubstitutionsmodel og 1000 bootstraps. Den genetiske afstand mellem sekvenser blev beregnet ved hjælp af MEGAX, med en bootstrap-metode til variansestimering.
Undersøgelsestype
Observationel
Tilmelding (Anslået)
800
Kontakter og lokationer
Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.
Studiekontakt
- Navn: Mei Kang, MPH
- Telefonnummer: 18501709576
- E-mail: mei.kang@shgh.cn
Undersøgelse Kontakt Backup
- Navn: Xue Tian, Master
- Telefonnummer: 02163240090
- E-mail: xue.tian@shgh.cn
Studiesteder
-
-
Shanghai Municipality
-
Shanghai, Shanghai Municipality, Kina, 200080
- Rekruttering
- Mei Kang
-
Kontakt:
- Mei Kang, MPH
- Telefonnummer: +8618501709576
- E-mail: mei.kang@shgh.cn
-
Underforsker:
- Ruilan Wang, PhD
-
Underforsker:
- Lehao Ren, PhD
-
Underforsker:
- Dapeng Wang, PhD
-
Ledende efterforsker:
- Shan Gao, Master
-
Underforsker:
- Jiang Du, PhD
-
Underforsker:
- Xue Tian, Master
-
-
Deltagelseskriterier
Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
- Barn
- Voksen
- Ældre voksen
Tager imod sunde frivillige
Ingen
Prøveudtagningsmetode
Ikke-sandsynlighedsprøve
Studiebefolkning
Lungebetændelsespatienter fra fire centre i Kina i 2022-2025.
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- Patienter, der er klinisk diagnosticeret som svær lungebetændelse og mild lungebetændelse, diagnosticeres i henhold til retningslinjerne for diagnosticering og behandling af samfundserhvervet lungebetændelse hos voksne (2019-udgaven), formuleret af American Thoracic Society (ATS) og Infectious Diseases Society of America (IDSA) , som opfylder 1 af følgende hovedkriterier eller ≥3 mindre kriterier kan diagnosticeres. De diagnostiske kriterier for svær og mild lungebetændelse hos børn blev vedtaget af British Thoracic Society (BTS) i 2011.
- Klinisk undersøgelse blev udført, og der var bioprøve (nasopharyngeal podning, oropharyngeal podning, bronchoalveolær skyllevæske, sputum, blod, hydrothorax, lungevæv) tilbage i den klinisk mikrobiologiske undersøgelse.
Ekskluderingskriterier:
- Patienter, hvis biologiske prøver kan være kontamineret;
- Patienter med alveolær skyllevæske eller hydrothoraxvolumen mindre end 200μl.
Studieplan
Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorte |
|---|
|
Alvorlig lungebetændelse
Patienter, der er klinisk diagnosticeret som svær lungebetændelse, diagnosticeres i henhold til retningslinjerne for diagnosticering og behandling af samfundserhvervet lungebetændelse hos voksne (2019-udgaven) formuleret af American Thoracic Society (ATS) og Infectious Diseases Society of America (IDSA), som møder 1 af følgende hovedkriterier eller ≥3 mindre kriterier kan diagnosticeres.
De diagnostiske kriterier for svær lungebetændelse hos børn blev vedtaget af British Thoracic Society (BTS) i 2011.
|
|
Mild lungebetændelse
Patienter, der er klinisk diagnosticeret som svær lungebetændelse og mild lungebetændelse, diagnosticeres i henhold til retningslinjerne for diagnosticering og behandling af samfundserhvervet lungebetændelse hos voksne (2019-udgaven), formuleret af American Thoracic Society (ATS) og Infectious Diseases Society of America (IDSA) .
De diagnostiske kriterier for svær og mild lungebetændelse hos børn blev vedtaget af British Thoracic Society (BTS) i 2011
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Mikrobiom sammensætning
Tidsramme: i studieperioden, 2019-2025
|
en samling af mikrobielle samfund påvist i bioprøven
|
i studieperioden, 2019-2025
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Alfa mangfoldighed
Tidsramme: i studieperioden, 2019-2025
|
mangfoldigheden inden for et bestemt område eller økosystem
|
i studieperioden, 2019-2025
|
|
Forekomst af bakterielle resistensgener
Tidsramme: i studieperioden, 2019-2025
|
antallet af bakterielle resistensgener divideret med antallet af bioprøver
|
i studieperioden, 2019-2025
|
|
Beta-diversitet
Tidsramme: i studieperioden, 2019-2025
|
en sammenligning af diversitet mellem økosystemer, normalt målt som mængden af arter, der ændrer sig mellem økosystemerne
|
i studieperioden, 2019-2025
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.
Sponsor
Samarbejdspartnere
Efterforskere
- Ledende efterforsker: Mei Kang, MPH, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiaotong University School of Medicine
Publikationer og nyttige links
Den person, der er ansvarlig for at indtaste oplysninger om undersøgelsen, leverer frivilligt disse publikationer. Disse kan handle om alt relateret til undersøgelsen.
Generelle publikationer
- Metlay JP, Waterer GW, Long AC, Anzueto A, Brozek J, Crothers K, Cooley LA, Dean NC, Fine MJ, Flanders SA, Griffin MR, Metersky ML, Musher DM, Restrepo MI, Whitney CG. Diagnosis and Treatment of Adults with Community-acquired Pneumonia. An Official Clinical Practice Guideline of the American Thoracic Society and Infectious Diseases Society of America. Am J Respir Crit Care Med. 2019 Oct 1;200(7):e45-e67. doi: 10.1164/rccm.201908-1581ST.
- Chiu CY, Miller SA. Clinical metagenomics. Nat Rev Genet. 2019 Jun;20(6):341-355. doi: 10.1038/s41576-019-0113-7.
- Charalampous T, Alcolea-Medina A, Snell LB, Williams TGS, Batra R, Alder C, Telatin A, Camporota L, Meadows CIS, Wyncoll D, Barrett NA, Hemsley CJ, Bryan L, Newsholme W, Boyd SE, Green A, Mahadeva U, Patel A, Cliff PR, Page AJ, O'Grady J, Edgeworth JD. Evaluating the potential for respiratory metagenomics to improve treatment of secondary infection and detection of nosocomial transmission on expanded COVID-19 intensive care units. Genome Med. 2021 Nov 17;13(1):182. doi: 10.1186/s13073-021-00991-y.
- File TM Jr, Ramirez JA. Community-Acquired Pneumonia. N Engl J Med. 2023 Aug 17;389(7):632-641. doi: 10.1056/NEJMcp2303286. No abstract available.
- Limmathurotsakul D, Dunachie S, Fukuda K, Feasey NA, Okeke IN, Holmes AH, Moore CE, Dolecek C, van Doorn HR, Shetty N, Lopez AD, Peacock SJ; Surveillance and Epidemiology of Drug Resistant Infections Consortium (SEDRIC). Improving the estimation of the global burden of antimicrobial resistant infections. Lancet Infect Dis. 2019 Nov;19(11):e392-e398. doi: 10.1016/S1473-3099(19)30276-2. Epub 2019 Aug 16.
- Park DE, Higdon MM, Prosperi C, Baggett HC, Brooks WA, Feikin DR, Hammitt LL, Howie SRC, Kotloff KL, Levine OS, Madhi SA, Murdoch DR, O'Brien KL, Scott JAG, Thea DM, Antonio M, Awori JO, Baillie VL, Bunthi C, Kwenda G, Mackenzie GA, Moore DP, Morpeth SC, Mwananyanda L, Paveenkittiporn W, Ziaur Rahman M, Rahman M, Rhodes J, Sow SO, Tapia MD, Deloria Knoll M. Upper Respiratory Tract Co-detection of Human Endemic Coronaviruses and High-density Pneumococcus Associated With Increased Severity Among HIV-Uninfected Children Under 5 Years Old in the PERCH Study. Pediatr Infect Dis J. 2021 Jun 1;40(6):503-512. doi: 10.1097/INF.0000000000003139.
- Li N, Cai Q, Miao Q, Song Z, Fang Y, Hu B. High-Throughput Metagenomics for Identification of Pathogens in the Clinical Settings. Small Methods. 2021 Jan 4;5(1):2000792. doi: 10.1002/smtd.202000792. Epub 2020 Dec 13.
- Zhang YZ, Chen YM, Wang W, Qin XC, Holmes EC. Expanding the RNA Virosphere by Unbiased Metagenomics. Annu Rev Virol. 2019 Sep 29;6(1):119-139. doi: 10.1146/annurev-virology-092818-015851. Epub 2019 May 17.
- Boolchandani M, D'Souza AW, Dantas G. Sequencing-based methods and resources to study antimicrobial resistance. Nat Rev Genet. 2019 Jun;20(6):356-370. doi: 10.1038/s41576-019-0108-4.
- Suzuki S, Horinouchi T, Furusawa C. Prediction of antibiotic resistance by gene expression profiles. Nat Commun. 2014 Dec 17;5:5792. doi: 10.1038/ncomms6792.
- Howard A, Reza N, Aston S, Woods B, Gerada A, Buchan I, Hope W, Martson AG. Antimicrobial treatment imprecision: an outcome-based model to close the data-to-action loop. Lancet Infect Dis. 2024 Jan;24(1):e47-e58. doi: 10.1016/S1473-3099(23)00367-5. Epub 2023 Aug 31.
- Serpa PH, Deng X, Abdelghany M, Crawford E, Malcolm K, Caldera S, Fung M, McGeever A, Kalantar KL, Lyden A, Ghale R, Deiss T, Neff N, Miller SA, Doernberg SB, Chiu CY, DeRisi JL, Calfee CS, Langelier CR. Metagenomic prediction of antimicrobial resistance in critically ill patients with lower respiratory tract infections. Genome Med. 2022 Jul 12;14(1):74. doi: 10.1186/s13073-022-01072-4.
- Shi M, Zhao S, Yu B, Wu WC, Hu Y, Tian JH, Yin W, Ni F, Hu HL, Geng S, Tan L, Peng Y, Song ZG, Wang W, Chen YM, Holmes EC, Zhang YZ. Total infectome characterization of respiratory infections in pre-COVID-19 Wuhan, China. PLoS Pathog. 2022 Feb 17;18(2):e1010259. doi: 10.1371/journal.ppat.1010259. eCollection 2022 Feb.
- Harris M, Clark J, Coote N, Fletcher P, Harnden A, McKean M, Thomson A; British Thoracic Society Standards of Care Committee. British Thoracic Society guidelines for the management of community acquired pneumonia in children: update 2011. Thorax. 2011 Oct;66 Suppl 2:ii1-23. doi: 10.1136/thoraxjnl-2011-200598.
- Li ZJ, Zhang HY, Ren LL, Lu QB, Ren X, Zhang CH, Wang YF, Lin SH, Zhang XA, Li J, Zhao SW, Yi ZG, Chen X, Yang ZS, Meng L, Wang XH, Liu YL, Wang X, Cui AL, Lai SJ, Jiang T, Yuan Y, Shi LS, Liu MY, Zhu YL, Zhang AR, Zhang ZJ, Yang Y, Ward MP, Feng LZ, Jing HQ, Huang LY, Xu WB, Chen Y, Wu JG, Yuan ZH, Li MF, Wang Y, Wang LP, Fang LQ, Liu W, Hay SI, Gao GF, Yang WZ; Chinese Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Etiology of Respiratory Infection Surveillance Study Team. Etiological and epidemiological features of acute respiratory infections in China. Nat Commun. 2021 Aug 18;12(1):5026. doi: 10.1038/s41467-021-25120-6.
- Alcock BP, Raphenya AR, Lau TTY, Tsang KK, Bouchard M, Edalatmand A, Huynh W, Nguyen AV, Cheng AA, Liu S, Min SY, Miroshnichenko A, Tran HK, Werfalli RE, Nasir JA, Oloni M, Speicher DJ, Florescu A, Singh B, Faltyn M, Hernandez-Koutoucheva A, Sharma AN, Bordeleau E, Pawlowski AC, Zubyk HL, Dooley D, Griffiths E, Maguire F, Winsor GL, Beiko RG, Brinkman FSL, Hsiao WWL, Domselaar GV, McArthur AG. CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D517-D525. doi: 10.1093/nar/gkz935.
- Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. Lancet. 2022 Feb 12;399(10325):629-655. doi: 10.1016/S0140-6736(21)02724-0. Epub 2022 Jan 19.
- GBD 2019 Diseases and Injuries Collaborators. Global burden of 369 diseases and injuries in 204 countries and territories, 1990-2019: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2019. Lancet. 2020 Oct 17;396(10258):1204-1222. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30925-9.
- Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Song ZG, Hu Y, Tao ZW, Tian JH, Pei YY, Yuan ML, Zhang YL, Dai FH, Liu Y, Wang QM, Zheng JJ, Xu L, Holmes EC, Zhang YZ. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020 Mar;579(7798):265-269. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3. Epub 2020 Feb 3.
Datoer for undersøgelser
Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
1. august 2024
Primær færdiggørelse (Faktiske)
15. april 2026
Studieafslutning (Anslået)
30. september 2026
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
18. august 2024
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
20. august 2024
Først opslået (Faktiske)
22. august 2024
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
23. april 2026
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
21. april 2026
Sidst verificeret
1. april 2026
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- 2023234
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
UBESLUTET
IPD-planbeskrivelse
Datasættene, der er brugt i denne undersøgelse, er tilgængelige efter anmodning til den primære investigator.
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Ingen
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Ingen
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .
Kliniske forsøg med Lungebetændelse
-
BioVersys SASBioVersys AGRekrutteringHospital Acquired Bacterial Pneumonia (HABP) | Ventilator Associated Bacterial Pneumonia (VABP) | Acinetobacter Baumannii-calcoaceticus kompleks | Colistin-resistent ABCGeorgien
-
ShionogiAfsluttetHospital Acquired Pneumonia (HAP) | Healthcare-associated Pneumonia (HCAP) | Ventilator Associated Pneumonia (VAP)Israel, Spanien, Forenede Stater, Belgien, Canada, Tjekkiet, Estland, Frankrig, Georgien, Tyskland, Ungarn, Japan, Letland, Filippinerne, Puerto Rico, Den Russiske Føderation, Serbien, Taiwan, Ukraine
-
Capital Medical UniversityChina-Japan Friendship Hospital; Beijing Municipal Health CommissionIkke rekrutterer endnuCommunity Acquired Pneumonia (CAP)Kina
-
University of Maryland, BaltimoreIkke rekrutterer endnuCommunity Acquired Pneumonia (CAP)Forenede Stater
-
Assiut UniversityIkke rekrutterer endnuVAP - Ventilator Associated Pneumonia
-
Ente Ospedaliero Cantonale, BellinzonaAfsluttet
-
Ain Shams UniversityAfsluttetVAP - Ventilator Associated PneumoniaEgypten
-
Erasmus Medical CenterChiesi Farmaceutici S.p.A.AfsluttetVentilator Associated Pneumonia (VAP)Spanien, Holland
-
Andrzej Frycz Modrzewski Krakow UniversityAfsluttetVAP - Ventilator Associated PneumoniaPolen
-
Tanta UniversityAfsluttetMekanisk ventilation | Ventilator Associated Pneumonia (VAP)Egypten