Surveillance de la résistance aux antimicrobiens basée sur des analyses métagénomiques chez les patients atteints de pneumonie
Surveillance de la résistance aux antimicrobiens basée sur des analyses métagénomiques chez les patients atteints de pneumonie : une étude d'épidémiologie génomique
La surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) basée sur des analyses métagénomiques chez les patients atteints de pneumonie est essentielle pour optimiser le diagnostic et le traitement cliniques et améliorer le pronostic clinique. Cette étude est conçue pour poser les questions clés suivantes :
- Quelles sont les cartes du microbiome des patients atteints de pneumonie sévère et de pneumonie légère ?
- Combien de gènes de résistance aux agents pathogènes sont porteurs dans les pneumonies sévères et légères ?
- Quelle est la diversité génétique des principaux agents pathogènes détectés dans les pneumonies sévères et légères au cours de la période 2019-2025 ?
Aperçu de l'étude
Statut
Description détaillée
Il s’agit d’une étude observationnelle prospective historique. Les patients diagnostiqués avec une pneumonie sévère et légère sont recrutés en continu dans quatre hôpitaux (hôpital général de Shanghai, hôpital populaire de Wuxi affilié à l'université médicale de Nanjing, hôpital de l'Union de Wuhan et hôpital central de Huanggang) en Chine de mars 2019 à mars 2025.
Séquençage de nouvelle génération : les bibliothèques métagénomiques et métatranscriptomiques subissent un séquençage de nouvelle génération à l'aide de la plateforme Illumina Novaseq 6000.
Analyse du microbiome : avec KneadData (v0.10.0) référence du génome humain (base de données de référence GRCH38) pour filtrer le contrôle de qualité des données de séquençage illumina dans les ensembles de données du génome du virus téléchargés par Virosaurus pour référence, bowtie2 (v2.3.4.1) (couverture du génome > 30 %, profondeur > 1X) était utilisé pour localiser et analyser la séquence post-hôte, puis la commande "samtools idxstats" a été utilisée pour calculer la classification et l'abondance relative des virus. Parallèlement, afin d'obtenir les informations d'annotation des bactéries au niveau de l'espèce, PhyloFlash (v3.4) a été utilisé pour calculer le nombre de lectures des gènes d'ARNr 16S dans la base de données SILVA, en sélectionnant une similarité supérieure ou égale à 98 % comme seuil. En utilisant la base de données génomique des agents pathogènes eucaryotes EUPATHDB46 comme référence, bowtie2 et samtools ont été utilisés pour l'analyse qualitative et quantitative des agents pathogènes fongiques.
Les critères permettant de déterminer la cause d'une infection respiratoire sont : (1) les espèces existantes connues pour être associées à une maladie humaine (ICD-10), (2) de nouveaux agents pathogènes potentiels non identifiés auparavant (uniquement les virus à ADN et à ARN dont les genres ou familles ont déjà été identifiés). montré qu'elle infecte les mammifères) et (3) d'éventuelles bactéries symbiotiques non incluses.
Analyse de la RAM : en comparant la similarité de séquence entre les fragments de séquençage et les gènes de résistance aux médicaments connus, le contenu de détection peut déterminer s'il existe des gènes de résistance aux médicaments et suggérer une résistance aux médicaments causée par la modification, l'inactivation, la répression et d'autres gènes de résistance aux médicaments.
Détection des gènes de résistance aux médicaments : gènes liés à la résistance aux médicaments enregistrés dans la base de données CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database) et ARG-ANNOT. Dans cet essai, seuls les gènes fonctionnels ayant des activités de résistance aux médicaments telles que la modification, l'inactivation et la répression, ainsi que les changements de voie et de cible provoqués par certaines mutations ponctuelles, ont été rapportés.
La diversité génétique a été calculée comme la distance génétique moyenne par paire au sein d'un groupe. Des arbres phylogénétiques à probabilité maximale ont été construits à l'aide de RaxML avec un modèle général de substitution de nucléotides réversible dans le temps et 1 000 bootstraps. La distance génétique entre les séquences a été calculée à l'aide de MEGAX, avec une méthode bootstrap pour l'estimation de la variance.
Type d'étude
Inscription (Estimé)
Contacts et emplacements
Coordonnées de l'étude
- Nom: Mei Kang, MPH
- Numéro de téléphone: 18501709576
- E-mail: mei.kang@shgh.cn
Sauvegarde des contacts de l'étude
- Nom: Xue Tian, Master
- Numéro de téléphone: 02163240090
- E-mail: xue.tian@shgh.cn
Lieux d'étude
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Shanghai Municipality
-
Shanghai, Shanghai Municipality, Chine, 200080
- Recrutement
- Mei Kang
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Contact:
- Mei Kang, MPH
- Numéro de téléphone: +8618501709576
- E-mail: mei.kang@shgh.cn
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Sous-enquêteur:
- Ruilan Wang, PhD
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Sous-enquêteur:
- Lehao Ren, PhD
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Sous-enquêteur:
- Dapeng Wang, PhD
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Chercheur principal:
- Shan Gao, Master
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Sous-enquêteur:
- Jiang Du, PhD
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Sous-enquêteur:
- Xue Tian, Master
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Enfant
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critères d'intégration :
- Les patients cliniquement diagnostiqués comme une pneumonie sévère et une pneumonie légère sont diagnostiqués conformément aux lignes directrices pour le diagnostic et le traitement de la pneumonie acquise dans la communauté chez les adultes (édition 2019) formulées par l'American Thoracic Society (ATS) et l'Infectious Diseases Society of America (IDSA). , qui répondent à 1 des critères majeurs suivants ou ≥3 critères mineurs peuvent être diagnostiqués. Les critères diagnostiques de la pneumonie grave et légère chez les enfants ont été adoptés par la British Thoracic Society (BTS) en 2011.
- Un examen clinique a été effectué et des échantillons biologiques (écouvillon nasopharyngé, oropharyngé, liquide de lavage broncho-alvéolaire, crachats, sang, hydrothorax, tissu pulmonaire) restaient dans l'examen microbiologique clinique.
Critères d'exclusion :
- Patients dont les échantillons biologiques pourraient être contaminés ;
- Patients avec un volume de liquide de lavage alvéolaire ou d'hydrothorax inférieur à 200 μl.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
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Pneumonie sévère
Les patients cliniquement diagnostiqués comme pneumonie sévère sont diagnostiqués conformément aux lignes directrices pour le diagnostic et le traitement de la pneumonie acquise dans la communauté chez les adultes (édition 2019) formulées par l'American Thoracic Society (ATS) et l'Infectious Diseases Society of America (IDSA), qui répondent 1 des critères majeurs suivants ou ≥ 3 critères mineurs peuvent être diagnostiqués.
Les critères diagnostiques de la pneumonie grave chez les enfants ont été adoptés par la British Thoracic Society (BTS) en 2011.
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Pneumonie légère
Les patients cliniquement diagnostiqués comme une pneumonie sévère et une pneumonie légère sont diagnostiqués conformément aux lignes directrices pour le diagnostic et le traitement de la pneumonie acquise dans la communauté chez les adultes (édition 2019) formulées par l'American Thoracic Society (ATS) et l'Infectious Diseases Society of America (IDSA). .
Les critères diagnostiques de la pneumonie grave et légère chez les enfants ont été adoptés par la British Thoracic Society (BTS) en 2011.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Composition du microbiome
Délai: pendant la période d'études, 2019-2025
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une collection de communautés microbiennes détectées dans l'échantillon biologique
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pendant la période d'études, 2019-2025
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Diversité alpha
Délai: pendant la période d'études, 2019-2025
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la diversité au sein d’une zone ou d’un écosystème particulier
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pendant la période d'études, 2019-2025
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Prévalence des gènes de résistance bactérienne
Délai: pendant la période d'études, 2019-2025
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le nombre de gènes de résistance bactérienne divisé par le nombre d'échantillons biologiques
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pendant la période d'études, 2019-2025
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Diversité bêta
Délai: pendant la période d'études, 2019-2025
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une comparaison de la diversité entre les écosystèmes, généralement mesurée comme la quantité d'espèces changeant entre les écosystèmes
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pendant la période d'études, 2019-2025
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Mei Kang, MPH, Shanghai General Hospital, Shanghai Jiaotong University School of Medicine
Publications et liens utiles
Publications générales
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Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Estimé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
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Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- 2023234
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