基于肺炎患者宏基因组学分析的抗菌药物耐药性监测
2026年4月21日 更新者：Mei Kang、Shanghai General Hospital, China
基于肺炎患者宏基因组学分析的抗生素耐药性监测：基因组流行病学研究
基于肺炎患者宏基因组学分析的抗菌药物耐药性（AMR）监测对于优化临床诊断和治疗、改善临床预后至关重要。 本研究旨在提出以下关键问题：
- 重症肺炎和轻型肺炎患者的微生物组图谱是怎样的？
- 重症肺炎和轻型肺炎携带多少病原菌耐药基因？
- 2019-2025年重症肺炎和轻型肺炎检出的关键病原体的遗传多样性如何？
研究概览
详细说明
这是一项历史前瞻性观察研究。 2019年3月至2025年3月期间，连续招募中国四家医院（上海总医院、南京医科大学附属无锡人民医院、武汉协和医院、黄冈市中心医院）确诊的重症和轻型肺炎患者。
新一代测序：宏基因组学和宏转录组文库使用 Illumina Novaseq 6000 平台进行新一代测序。
微生物组分析：使用 KneadData (v0.10.0) 参考来自人类基因组（GRCH38参考数据库）过滤出病毒龙下载病毒基因组数据集的Illumina测序数据的质量控制参考，bowtie2（v2.3.4.1）（基因组覆盖度>30%，深度>1X）用于定位和分析宿主后序列，然后使用“samtools idxstats”命令计算病毒的分类和相对丰度。 同时，为了获得细菌种水平的注释信息，使用PhyloFlash（v3.4）计算SILVA数据库中16S rRNA基因的reads计数，选择相似度大于或等于98%作为阈值。 以真核病原基因组数据库EUPATHDB46为参考，利用bowtie2和samtools对真菌病原菌进行定性和定量分析。
确定呼吸道感染病因的标准是：（1）已知与人类疾病相关的现有物种（ICD-10），（2）以前未识别的潜在新型病原体（仅限其属或科以前已被鉴定的DNA和RNA病毒）显示可感染哺乳动物），以及（3）不包括可能的共生细菌。
AMR分析：通过比较测序片段与已知耐药基因的序列相似性，检测内容可以判断是否存在耐药基因，并提示因修饰、失活、抑制等耐药基因而引起的耐药。
耐药基因检测：CARD（综合抗生素耐药数据库）和ARG-ANNOT数据库中记录的耐药相关基因。 在该测定中，仅报告了具有修饰、失活和抑制等耐药活性的功能基因，以及由某些点突变引起的途径和靶点变化。
遗传多样性计算为组内的平均成对遗传距离。 使用 RaxML 以及通用时间可逆核苷酸替换模型和 1000 个引导程序构建最大似然系统发育树。 使用 MEGAX 计算序列之间的遗传距离，并使用 bootstrap 方法进行方差估计。
研究类型
观察性的
注册 (估计的)
800
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习联系方式
- 姓名：Mei Kang, MPH
- 电话号码：18501709576
- 邮箱：mei.kang@shgh.cn
研究联系人备份
- 姓名：Xue Tian, Master
- 电话号码：02163240090
- 邮箱：xue.tian@shgh.cn
学习地点
-
-
Shanghai Municipality
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Shanghai、Shanghai Municipality、中国、200080
- 招聘中
- Mei Kang
-
接触：
- Mei Kang, MPH
- 电话号码：+8618501709576
- 邮箱：mei.kang@shgh.cn
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副研究员：
- Ruilan Wang, PhD
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副研究员：
- Lehao Ren, PhD
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副研究员：
- Dapeng Wang, PhD
-
首席研究员：
- Shan Gao, Master
-
副研究员：
- Jiang Du, PhD
-
副研究员：
- Xue Tian, Master
-
-
参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
- 孩子
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
不
取样方法
非概率样本
研究人群
2022-2025 年中国四个中心的肺炎患者。
描述
纳入标准：
- 临床诊断为重症肺炎和轻型肺炎的患者按照美国胸科学会（ATS）和美国传染病学会（IDSA）制定的《成人社区获得性肺炎诊治指南（2019年版）》进行诊断符合下列主要标准之一或≥3个次要标准即可诊断。 英国胸科学会（BTS）于2011年采用了儿童重症和轻型肺炎的诊断标准。
- 进行临床检查，临床微生物学检查留有生物标本（鼻咽拭子、口咽拭子、支气管肺泡灌洗液、痰液、血液、胸水、肺组织）。
排除标准：
- 生物样本可能被污染的患者；
- 肺泡灌洗液或胸水量小于200μl的患者。
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
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重症肺炎
临床诊断为重症肺炎的患者按照美国胸科学会（ATS）和美国传染病学会（IDSA）制定的《成人社区获得性肺炎诊治指南（2019年版）》进行诊断。符合下列主要标准之一或≥3个次要标准即可诊断。
英国胸科学会（BTS）于2011年采用了儿童重症肺炎的诊断标准。
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轻度肺炎
临床诊断为重症肺炎和轻型肺炎的患者按照美国胸科学会（ATS）和美国传染病学会（IDSA）制定的《成人社区获得性肺炎诊治指南（2019年版）》进行诊断。
英国胸科学会（BTS）于2011年采用儿童重症和轻型肺炎的诊断标准
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研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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微生物组组成
大体时间：研究期间，2019-2025
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在生物样本中检测到的微生物群落的集合
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研究期间，2019-2025
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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阿尔法多样性
大体时间：研究期间，2019-2025
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特定区域或生态系统内的多样性
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研究期间，2019-2025
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细菌耐药基因的流行率
大体时间：研究期间，2019-2025
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细菌抗性基因的数量除以生物样本的数量
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研究期间，2019-2025
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贝塔多样性
大体时间：研究期间，2019-2025
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生态系统之间多样性的比较，通常以生态系统之间物种变化的数量来衡量
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研究期间，2019-2025
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合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
合作者
调查人员
- 首席研究员：Mei Kang, MPH、Shanghai General Hospital, Shanghai Jiaotong University School of Medicine
出版物和有用的链接
负责输入研究信息的人员自愿提供这些出版物。这些可能与研究有关。
一般刊物
- Metlay JP, Waterer GW, Long AC, Anzueto A, Brozek J, Crothers K, Cooley LA, Dean NC, Fine MJ, Flanders SA, Griffin MR, Metersky ML, Musher DM, Restrepo MI, Whitney CG. Diagnosis and Treatment of Adults with Community-acquired Pneumonia. An Official Clinical Practice Guideline of the American Thoracic Society and Infectious Diseases Society of America. Am J Respir Crit Care Med. 2019 Oct 1;200(7):e45-e67. doi: 10.1164/rccm.201908-1581ST.
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研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2024年8月1日
初级完成 (实际的)
2026年4月15日
研究完成 (估计的)
2026年9月30日
研究注册日期
首次提交
2024年8月18日
首先提交符合 QC 标准的
2024年8月20日
首次发布 (实际的)
2024年8月22日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2026年4月23日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2026年4月21日
最后验证
2026年4月1日
更多信息
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