Walidacja diagnozy patologicznej inwazyjnej infekcji grzybiczej metodą molekularną

To badanie jest retrospektywną analizą PCR (reakcja łańcuchowa polimerazy) próbki utrwalonej w parafinie z przeglądem karty uczestników. Analiza PCR będzie składać się z dwóch faz; faza walidacji testu PCR i faza testu oporności na azole. Badacze przeprowadzą również retrospektywny przegląd wykresów w celu zbadania związku grzybiczych wyników klinicznych uczestników z obecnością oporności na azole.

I. Analiza PCR

1. Faza walidacji testu PCR

   • Walidacja testu PCR na tkankach pozorowanych i tkankach potwierdzonych inwazyjną infekcją grzybiczą (przypadki potwierdzone mikrobiologicznie i patologicznie).
   • Liczba próbek do walidacji wyniesie 1000 (200 próbek * pięć docelowych PCR).
   • W celu wystarczającej walidacji wyników PCR przeprowadzane są porównania międzylaboratoryjne, zwłaszcza z laboratorium głównym, w celu weryfikacji wyników PCR tej samej próbki testowej w różnych laboratoriach oraz w celu ujednolicenia określonego protokołu identyfikacji molekularnej zakażenia grzybiczego z próbek klinicznych .
   • Kontrole pozytywne (ludzki gen β-globiny i mysi gen aktyny) i kontrole negatywne (próbki niezainfekowane) są używane do walidacji testów PCR. Precyzja każdego zestawu PCR jest sprawdzana przy użyciu wskaźnika fałszywych odkryć (FDR), który może być akceptowalnym poziomem wyników fałszywie dodatnich wśród zestawu istotnych wyników. Jeśli FDR wynosi >5%, zostanie odrzucony.
   • Powtarzalność wewnątrz testu zostanie oceniona na 10 powtórzeniach jednej z podpróbek DNA analizowanych w pojedynczym teście. Odtwarzalność między testami zostanie oceniona na tej samej podpróbce DNA pięć oddzielnych razy, podczas gdy odtwarzalność między próbkami zostanie określona na podstawie oddzielnych ekstrakcji czterech podpróbek zamplifikowanych jeden raz. Analiza statystyczna zostanie przeprowadzona za pomocą oprogramowania SAS.

2. Faza testu odporności na azole

   • Badacz przeprowadzi test PCR, używając biopsji tkanek zatopionych w parafinie. Techniczna metoda testu PCR jest załączona oddzielnie.
   • Do testów PCR zostanie włączonych około stu próbek pobranych z biopsji, z których wykazano infekcję grzybiczą w okresie od 1 czerwca 2009 r. do 31 czerwca 2014 r.

II. Retrospektywny przegląd wykresów wszystkich zarejestrowanych uczestników.

1. Zbieranie danych

   • Wszystkie dostępne dane dotyczące elektronicznej dokumentacji medycznej uczestników zostaną sprawdzone w celu zebrania informacji demograficznych i klinicznych.

2. Mierniki rezultatu

   • Badacze ocenią wyniki leczenia inwazyjnej infekcji grzybiczej, wskaźniki przeżywalności i rokowanie w zależności od istnienia oporności na azole i metod leczenia przeciwgrzybiczego, w tym leków.