Validace patologické diagnostiky invazivní mykotické infekce molekulární metodou

Tato studie je retrospektivní PCR (polymerázová řetězová reakce) analýza vzorku fixovaného parafinem s přehledem grafů účastníků. PCR analýza se bude skládat ze dvou fází; fáze validace PCR testu a fáze testu azolové rezistence. Vyšetřovatelé také provedou retrospektivní přehled grafů, aby prozkoumali souvislost mezi klinickými výsledky hub účastníků a přítomností rezistence na azoly.

I. PCR analýza

1. Fáze validace PCR testu

   • Validace PCR testu na falešných tkáních a tkáních prokázaných invazivní houbovou infekcí (mikrobiologicky a patologicky prokázané případy).
   • Počet validačních vzorků bude 1000 (200 vzorků * pět cílových PCR).
   • Pro dostatečnou validaci výsledků PCR jsou prováděna mezilaboratorní srovnání, zejména s kmenovou laboratoří, k ověření výsledků PCR stejného testovaného vzorku mezi laboratořemi a ke standardizaci určitého protokolu pro molekulární identifikaci mykotické infekce z klinických vzorků. .
   • Pozitivní kontroly (gen lidského β-globinu a myší gen pro aktin) a negativní kontroly (neinfikované vzorky) se používají pro validaci PCR testů. Přesnost každé sady PCR se kontroluje pomocí míry falešného objevu (FDR), což může být přijatelná úroveň falešně pozitivních výsledků mezi sadou významných výsledků. Pokud je FDR > 5 %, bude odmítnuto.
   • Opakovatelnost v rámci testu bude hodnocena na 10 replikátech jednoho z dílčích vzorků DNA analyzovaných v jediném testu. Reprodukovatelnost mezi testy bude hodnocena na stejném dílčím vzorku DNA pětkrát, zatímco reprodukovatelnost mezi vzorky bude stanovena na samostatných extrakcích čtyř dílčích vzorků amplifikovaných jednou. Statistická analýza bude provedena pomocí softwaru SAS.

2. Fáze testu azolové rezistence

   • Vyšetřovatel provede test PCR s použitím tkání zalitých v parafínu účastníků biopsie. Technická metoda PCR testu je přiložena samostatně.
   • Kolem stovky bioptických vzorků pod dojmem plísňové infekce od 1. června 2009 do 31. června 2014 bude zahrnuto do PCR testování.

II. Retrospektivní přehled všech přihlášených účastníků.

1. Sběr dat

   • Všechna dostupná data z elektronických lékařských záznamů účastníků budou zkontrolována za účelem sběru demografických a klinických informací.

2. Měření výsledku

   • Vyšetřovatelé vyhodnotí výsledky léčby invazivní mykotické infekce, míru přežití a prognózu podle existence azolové rezistence a antifungálních léčebných modalit včetně léků.