接受新辅助化疗的乳腺癌的实时分子分析 (NEO-R)

乳腺癌 (BC) 是法国的一个主要公共卫生问题，发病率不断上升，估计 2017 年新增病例约 60,000 例，死亡人数为 12,000 例。 尽管近年来生存率有所提高，但对化疗 (CT) 的耐药性仍然是 BC 中的首要挑战：分子机制仍然知之甚少，目前的干预措施不足以针对化疗耐药性。 新辅助化疗 (NAC) 现在越来越多地用于患有可手术但侵袭性 BC 的女性，例如三阴性 (TN) 或 HER2+ 肿瘤（Pusztai 等人，Lancet Oncol 2019）。 它至少提供了三个优势：i) 允许保守手术的肿瘤减灭术，ii) 根据病理学反应定制辅助全身治疗，为 TN 患者提供卡培他滨（Masuda N. 等人，N Engl J Med. 2017）和T-DM1 in HER2+ patients (von Minckwitz G et al., N Engl J Med. 2019) 在没有病理学完全反应 (pCR) 的情况下，以及 iii) 为研究化疗耐药的分子机制提供资源。 当前的标准 NAC 方案基于蒽环类药物和紫杉烷类药物（如果 HER2+ 则使用曲妥珠单抗）的顺序联合（Huober & von Minckwitz，Breast Care 2011），以及 pCR 的实现，pCR 定义为在病理评估中没有残余浸润癌手术标本（切除的乳腺标本和取样的同侧淋巴结（即 AJCC 分期系统中的 ypT0/Tis ypN0）是一个良好的预后特征；没有 pCR 的患者有很高的复发风险（≈50% 的 TN 和HER2+ 亚型）。

提高这些患者治疗效率的主要瓶颈是有效参与 NAC 耐药的候选者的鉴定、他们在相关和预测模型中的验证，以及他们从替代标记物中的检测。 当然，在耐药（无 pCR）与敏感（pCR）患者之间，或配对的 NAC 后与 NAC 前样本之间，寻找在 NAC 前样本中差异表现的分子改变可能会揭示参与耐药性的候选者（“先天性”） " 和 "获得性稳定"），但忽略了 NAC 期间发生的可能可逆（"获得性可逆"）和未在切除标本中识别的改变（Echeverria GV，Sci Transl Med 2019），但只能通过分析识别NAC 方案期间的系列样本，在临床实践中困难且具有创伤性。

本项目旨在确定符合 NAC 资格的 BC 患者耐药性的有力候选者。 它的独创性在于结合了三种不同且互补的前瞻性方法：NAC 前后取样活检的分子分析，模拟患者对 NAC 反应的体外 BC 患者衍生类器官 (PDO)，以及循环肿瘤细胞 (CTC) ) 在 NAC 之前/期间/之后隔离。 该项目将结合最先进的技术（来自少量生物材料的 RNA 和 DNA 测序、稀有子集/单细胞分离和多组学分析）与创新模型（乳腺 PDO 药物测试、可逆药物鉴定）诱发的变化）和与耐药性相关的强大标记的巧妙组合，这些标记已经全部建立并在实验室中运行（参见 B 部分）。 最后两点最近才变得可行，这要归功于最近的两项技术进步：乳腺癌 PDO 培养（Sachs N, et al. 细胞。 2018) 和 CTC 的分离和表征（Gkountela S, et al. 细胞。 2019）。 简而言之，研究人员将使用来自一组接受 NAC 治疗的 BC 患者的连续肿瘤活检和血液样本（图 1）。 将在 NAC 之前和之后收集肿瘤活组织检查。 它们将通过 RNA-seq 和靶向 NGS（外显子组）方法进行分析，以捕获 NAC 在具有不同病理反应的患者中产生的差异。 它们还将用于生成 BC PDO 模型。 预测 NAC 反应的 PDO 模型将被用作研究 NAC 抗性的相关模型。 具体来说，研究人员将使用这些模型来研究体外“获得性可逆”药物诱导的耐药机制（即仅在药物暴露期间可检测到）。 将在 NAC 之前、期间和之后收集血液样本以分析 CTC，旨在确定体外“获得性可逆”药物诱导的耐药机制，研究人员可能无法仅通过 NAC 之前/之后的样本检测到这些机制。

据我们所知，这是第一次同时使用这三种创新方法来深入研究接受 NAC 的患者的“耐药性”主题。 这种组合的优势在于预测可能发生的不同——而不是相互排斥的情况（“先天性”、“获得性稳定”和/或“可逆”药物诱导的耐药性）。 每种方法都将提供原始、准确和具体的信息，这些信息将有助于为这个问题提供比目前文献中分散和不完整的数据更完整的答案。