Молекулярный анализ в реальном времени рака молочной железы, получающего неоадъювантную химиотерапию (NEO-R)

Рак молочной железы (РМЖ) является серьезной проблемой общественного здравоохранения во Франции, с ростом заболеваемости, оцениваемой примерно в 60 000 новых случаев в 2017 году и 12 000 случаев смерти. Несмотря на улучшение выживаемости в последние годы, резистентность к химиотерапии (ХТ) остается первостепенной проблемой при РМЖ: молекулярные механизмы остаются плохо изученными, а современные вмешательства неадекватны для борьбы с химиорезистентностью. Неоадъювантная химиотерапия (НАХ) в настоящее время все чаще используется у женщин с операбельным, но агрессивным РМЖ, таким как тройная негативная (TN) или HER2+ опухоль (Pusztai et al, Lancet Oncol 2019). Он обеспечивает как минимум три преимущества: i) уменьшение объема опухоли, разрешающее консервативное хирургическое вмешательство, ii) адаптацию адъювантной системной терапии в соответствии с патологическим ответом с введением капецитабина у пациентов с TN (Masuda N. et al, N Engl J Med. 2017) и T-DM1 у пациентов с HER2+ (von Minckwitz G et al., N Engl J Med. 2019) при отсутствии патологического полного ответа (pCR) и iii) предоставление ресурсов для исследования молекулярных механизмов химиорезистентности. Текущая стандартная схема NAC основана на последовательном сочетании антрациклина и таксана (и трастузумаба, если HER2+) (Huober & von Minckwitz, Breast Care 2011) и достижении pCR, определяемой как отсутствие остаточного инвазивного рака при патологической оценке операционный образец (резецированный образец молочной железы и образец ипсилатеральных лимфатических узлов (т.е. ypT0/Tis ypN0 в системе стадирования AJCC) является признаком хорошего прогноза; подтипы HER2+).

Основным узким местом в повышении эффективности лечения этих пациентов является идентификация кандидатов, эффективно участвующих в резистентности к NAC, их проверка в релевантных и прогностических моделях и их обнаружение с помощью суррогатных маркеров. Конечно, поиск молекулярных изменений, по-разному представленных в образцах до NAC, между резистентными (без pCR) и чувствительными (pCR) пациентами или между парными образцами после и до NAC, может выявить кандидатов, вовлеченных в резистентность («врожденная " и "приобретенная стабильная" соответственно), но игнорирует изменения, происходящие во время NAC, которые могут быть обратимыми ("приобретенная обратимая") и не выявляться в резецированном образце (Echeverria GV, Sci Transl Med 2019), а выявляться только при анализе серийных проб в режиме НАК, сложном и травматичном в клинической практике.

Настоящий проект направлен на выявление надежных кандидатов на лекарственную устойчивость у пациентов с РМЖ, подходящих для NAC. Его оригинальность заключается в сочетании трех различных и дополняющих друг друга перспективных подходов: молекулярного анализа биоптатов, взятых до и после NAC, органоидов, полученных от пациентов с РМЖ in vitro (PDO), имитирующих реакцию пациента на NAC, и циркулирующих опухолевых клеток (ЦОК). ) изолированы до/во время/после NAC. В этом проекте будут сочетаться самые передовые технологии (секвенирование РНК и ДНК из небольшого количества биологического материала, выделение редких подмножеств/отдельных клеток и мультиомный анализ) с инновационными моделями (лекарственное тестирование на PDO молочной железы, идентификация обратимого наркоза). индуцированные изменения) и умное сочетание надежных маркеров, связанных с лекарственной устойчивостью, которые были установлены и используются в лаборатории (см. часть B). Последние два пункта стали возможными только недавно благодаря двум недавним технологическим достижениям: культурам PDO рака молочной железы (Sachs N, et al. Клетка. 2018) и выделение и характеристика ЦОК (Gkountela S, et al. Клетка. 2019). Вкратце, исследователи будут использовать серийные биопсии опухолей и образцы крови из когорты пациентов с РМЖ, получавших NAC (рис. 1). Биопсия опухоли будет собираться до и после NAC. Они будут проанализированы с помощью подходов RNA-seq и target-NGS (exome), чтобы выявить различия, возникающие в результате NAC у пациентов с разным патологическим ответом. Они также будут использоваться для создания моделей BC PDO. Модели PDO, предсказывающие реакцию NAC, будут использоваться в качестве подходящих моделей для исследования устойчивости к NAC. В частности, исследователи будут использовать эти модели для изучения in vitro «приобретенных обратимых» механизмов резистентности к лекарственным средствам (т. е. обнаруживаемых только во время воздействия лекарственного средства). Образцы крови будут собираться до, во время и после NAC для анализа ЦОК с целью выявления «приобретенных обратимых» механизмов лекарственной резистентности ex vivo, которые исследователи могут не обнаружить только с образцами до/после NAC.

Насколько нам известно, эти три инновационных подхода впервые будут использоваться вместе для углубленного изучения темы «резистентности» у пациентов, получающих NAC. Сила этой комбинации заключается в том, чтобы предвидеть различные, а не взаимоисключающие ситуации, которые могут возникнуть («врожденная», «приобретенная стабильная» и/или «обратимая» лекарственная резистентность). Каждый подход предоставит оригинальную, точную и конкретную информацию, которая будет способствовать получению более полного ответа на этот вопрос, чем разрозненные и неполные данные, имеющиеся в настоящее время в литературе.