Análisis molecular en tiempo real del cáncer de mama que recibe quimioterapia neoadyuvante (NEO-R)

El cáncer de mama (CM) es un importante problema de salud pública en Francia, con una incidencia creciente, estimada en ~60 000 casos nuevos en 2017 y 12 000 muertes. A pesar de la mejora de la supervivencia en los últimos años, la resistencia a la quimioterapia (QT) sigue siendo un desafío fundamental en el CM: los mecanismos moleculares siguen siendo poco conocidos y las intervenciones actuales son inadecuadas para abordar la quimiorresistencia. La quimioterapia neoadyuvante (NAC) ahora se usa cada vez más en mujeres con CM operables pero agresivos, como triple negativo (TN) o tumor HER2+ (Pusztai et al, Lancet Oncol 2019). Proporciona al menos tres ventajas: i) reducción del tumor que autoriza la cirugía conservadora, ii) adaptación de la terapia sistémica adyuvante de acuerdo con la respuesta patológica, con administración de capecitabina en pacientes con TN (Masuda N. et al, N Engl J Med. 2017) y T-DM1 en pacientes HER2+ (von Minckwitz G et al., N Engl J Med. 2019) en ausencia de una respuesta patológica completa (pCR), y iii) proporcionar recursos para investigar los mecanismos moleculares de la quimiorresistencia. El régimen NAC estándar actual se basa en una asociación secuencial de antraciclina y taxano (y trastuzumab si HER2+) (Huober & von Minckwitz, Breast Care 2011), y el logro de pCR, definido como la ausencia de cáncer invasivo residual en la evaluación patológica de el espécimen operatorio (espécimen de mama resecado y ganglios linfáticos ipsilaterales muestreados (es decir, ypT0/Tis ypN0 en el sistema de estadificación AJCC), es una característica de buen pronóstico; los pacientes sin pCR tienen un alto riesgo de recaída (≈50% del TN y subtipos HER2+).

El principal cuello de botella para mejorar la eficacia del tratamiento de estos pacientes es la identificación de candidatos que participen efectivamente en la resistencia a la NAC, su validación en modelos relevantes y predictivos, y su detección a partir de marcadores sustitutos. Por supuesto, la búsqueda de alteraciones moleculares representadas diferencialmente en las muestras pre-NAC entre los pacientes resistentes (sin pCR) versus sensibles (pCR), o entre las muestras pareadas posteriores a la NAC y pre-NAC, puede revelar candidatos involucrados en la resistencia ("innatos"). " y "adquirido estable" respectivamente), pero ignora las alteraciones que ocurren durante la NAC que pueden ser reversibles ("adquirido reversible") y no identificadas en el espécimen resecado (Echeverria GV, Sci Transl Med 2019), pero solo identificables por análisis de muestras seriadas durante el régimen NAC, difícil y traumático en la práctica clínica.

El presente proyecto tiene como objetivo identificar candidatos robustos para la resistencia a los medicamentos en pacientes con CM elegibles para NAC. Su originalidad radica en la combinación de tres enfoques prospectivos diferentes y complementarios: a partir de análisis moleculares de biopsias muestreadas antes y después de la NAC, a partir de organoides derivados del paciente (PDO) in vitro BC que imitan la respuesta del paciente a la NAC, y a partir de células tumorales circulantes (CTC). ) aislado antes/durante/después de NAC. Este proyecto combinará las tecnologías más avanzadas (secuenciación de ARN y ADN a partir de una pequeña cantidad de material biológico, subconjuntos raros/aislamiento de una sola célula y análisis multiómicos) con modelos innovadores (pruebas de drogas en PDO de mama, identificación de fármacos reversibles). cambios inducidos) y una combinación inteligente de marcadores robustos involucrados en la resistencia a los medicamentos que se han establecido y se están ejecutando en el laboratorio (cf. Parte B). Los últimos dos puntos se han vuelto factibles recientemente gracias a dos avances tecnológicos recientes: cultivos de PDO de cáncer de mama (Sachs N, et al. Celda. 2018) y aislamiento y caracterización de CTC (Gkountela S, et al. Celda. 2019). Brevemente, los investigadores utilizarán biopsias de tumores en serie y muestras de sangre de una cohorte de pacientes con CM tratados con NAC (Figura 1). Las biopsias de tumores se recolectarán antes y después de la NAC. Se analizarán mediante enfoques de RNA-seq y NGS dirigidos (exoma) para capturar las diferencias resultantes de NAC en pacientes con diferente respuesta patológica. También se utilizarán para generar modelos BC PDO. Los modelos PDO predictivos para la respuesta NAC se explotarán como modelos relevantes para investigar la resistencia NAC. Específicamente, los investigadores utilizarán estos modelos para observar los mecanismos de resistencia inducidos por fármacos "reversibles adquiridos" in vitro (es decir, solo detectables durante la exposición al fármaco). Las muestras de sangre se recolectarán antes, durante y después de la NAC para analizar las CTC y tienen como objetivo identificar los mecanismos de resistencia inducidos por fármacos "reversibles adquiridos" ex vivo, que los investigadores podrían no detectar con las muestras de NAC antes/después únicamente.

Hasta donde sabemos, esta es la primera vez que estos tres enfoques innovadores se utilizarán juntos para investigar en profundidad el tema de la "resistencia" en pacientes que reciben NAC. La fuerza de esta combinación es anticipar situaciones diferentes, no mutuamente excluyentes, que podrían ocurrir (resistencia inducida por fármacos ("innata", "estable adquirida" y/o "reversible"). Cada enfoque proporcionará información original, precisa y específica que contribuirá a construir una respuesta más completa a esta pregunta que los datos dispersos e incompletos actualmente disponibles en la literatura.