Äidin synnytystä edeltävät ja synnytysaltistukset ja ISlet-autovasta-aineet varhaisessa elämässä (PROMISE)

Kokoamme synnytystä edeltävän kohortin, jossa jälkeläisellä on ensimmäisen asteen sukulainen (FDR), jolla on T1D (äiti, isä tai täysi sisarus). Jotta osallistujia olisi riittävästi, teemme monikeskustutkimuksen Barbara Davis Diabeteskeskuksessa (BDC) Aurorassa, CO [koordinointikeskus], Mt Sinai Hospitalissa New Yorkissa, NY:ssä, Joslin Diabetes Centerissä (JDC) Bostonissa, MA:ssa ja Ohio State Universityssä (OSU) Columbuksessa, OH:ssa. Nämä sivustot valittiin onnistuneiden aikaisempien yhteistyöhistorian perusteella, pääsyn suuriin vakiintuneisiin T1D-potilaiden joukkoon (nämä keskukset ovat Yhdysvaltojen suurimpia T1D-tautia sairastavien naisten raskaushoidon osalta, ja niissä on myös aikuis- ja lapsipotilaat klinikat), paikkakohtaiset yhteydet synnytyskäytäntöihin ja onnistuneen rekrytoinnin historia tutkimusryhmiin. Nimettyjen neljän opiskelupaikan lisäksi olemme ottaneet yhteyttä muihin mahdollisiin kohteisiin varmistaaksemme onnistumisen rekrytoinnissa. Olemme tunnistaneet lisämahdollisuuden Mayo Clinic College of Medicine -yliopistossa Yogish Kudvan johdolla, ja tämä sivusto on valmis aktivoitumaan, jos rekrytointi apurahan ensimmäisenä vuonna neljällä paikkakunnalla ei ylitä odotuksia. Tavoitteenamme on koota 800 raskauskohortti tämän alkurahoituskauden aikana ja ilmoittautua enintään 1 200 lisää vaiheisiin 2 ja 3 (yhteensä N = 2 000).

D. Menettelyjen ja tiedonkeruutyökalujen kuvaus, riskit ja perustelut:

Seulonta- ja suostumusmenettelyt: Osallistujat seulotaan, he saavat suostumuksensa (saatavilla paperilla ja sähköisellä suostumusprosessilla) ja täyttävät kyselylomakkeet verkkotietokannan kautta, jossa on sähköiset kyselyominaisuudet (REDCap), joka on HIPAA-yhteensopiva ja jota voidaan käyttää missä tahansa, jossa on Internet-yhteys. Tarvittaessa REDCap-yhteys voidaan järjestää klinikalla tabletilla. Olemme menestyksekkäästi käyttäneet REDCap-tietokantajärjestelmää lukuisissa tutkimuksissa, joihin liittyy kyselyiden keräämistä, ja olemme käyttäneet laajasti verkkoseulonta- ja suostumusmenettelyjä T1D-potilaiden (mukaan lukien raskaana olevien naisten) tutkimuksissa Covid-19-pandemian aikana. Tutkimushenkilöstö on valmiina tarkistamaan suostumuslomakkeen mahdollisten osallistujien kanssa puhelimitse, käyttämällä HIPAA-yhteensopivaa videoalustaa, kuten Zoom, tai henkilökohtaisesti olosuhteista riippuen. Seulontakysymyksiin kuuluu T1D-historia raskaana olevalla naisella tai sikiön isällä/sisaruksella, äidin ikä ja raskaana olevan naisen synnytyshistoria, mukaan lukien nykyiset raskauspäivät (viimeisten kuukautisten päivämäärä, odotettu synnytyspäivä).

Vierailu- ja näytteenottoaikataulu: Tutkimuskäynnit ja näytteenotto (taulukko 2) ajoitetaan yhteen tutkimuspaikasta, isille samaan aikaan ja äideille neljänä ajankohtana: ensimmäinen raskauskolmannes (8-<14 viikkoa), toinen raskauskolmanneksen (14-<28 viikkoa), kolmannen raskauskolmanneksen (28+ viikkoa) ja jopa 12 viikkoa synnytyksen jälkeen. Lääkäritiedot hankitaan potilaskertomuslomakkeilla raskauden, synnytyksen ja synnytyksen jälkeisten käyntien sekä vauvojen syntymätodistusten osalta. Kaikilla tutkimuspaikoilla on pääsy sähköisiin terveystietoihin (EHR), joiden avulla tutkijat voivat hankkia potilastietoja synnytystä ja synnytystä varten tutkimukseen osallistuville, jotka toimittavat sairaalaverkostonsa sisällä, ja kaikilla tutkimuspaikoilla on käytössä protokollat ​​ja kokemusta tietueiden hankkimisesta ulkopuolisista laitoksista käyttämällä sairauskertomusten luovutuslomakkeet. Olemme aiemmin keränneet BDC-koordinointikeskuksessa potilastietoja raskauden, synnytyksen ja vauvan syntymästä ja tiivistäneet nämä tiedot REDCap-tietokantoihin. Noudatamme tässä tutkimuksessa vakiintuneita menettelyjämme synnytys- ja vastasyntyneiden tietueiden otosta varten. Tässä tutkimuksessa mukana olevien naisten äidin ja sikiön tulokset, jotka on raportoitu BDC-palveluntarjoajille, saadaan EHR-kaavioiden manuaalisella kaaviotarkastelulla. Äidin ja sikiön sairaalahoidot missä tahansa sairaalajärjestelmässä, jossa käytetään EPIC:tä ja joille potilaat ovat valtuuttaneet tietueiden jakamisen, voidaan tarkastella EPICSin yhteentoimivan Care Everywhere -jakotyökalun kautta. Tietueiden manuaalista tarkistusta käytetään tiettyjen tulosmittausten saamiseksi.

Kaikki tietueet kerätään ja vedetään Barbara Davis Centerissä laadunvalvontastandardien ylläpitämiseksi ja henkilöstön koulutuksen ja valvonnan tehostamiseksi.

Raskauskäynnit: Raskaana olevat naiset, jotka ovat oikeutettuja tutkimukseen, otetaan mukaan ensimmäisen raskauskolmanneksen aikana (ennen 14 raskausviikkoa), jos mahdollista, mutta 8 raskausviikon jälkeen, jotta voidaan vähentää varhaisen raskauden menetyksen mahdollisuutta ilmoittautumisen jälkeen. Isät rekisteröidään samaan aikaan ja heitä pyydetään suorittamaan opintokäynti (sisältäen jopa 33 ml:n verinäyte tai 2 1/4 ruokalusikallista verta) samaan aikaan kuin naisen ensimmäinen raskauskäynti, jos ollenkaan mahdollista. Naiset, jotka ovat jo toisella raskauskolmanneksella (enintään 24 viikkoa), kun heitä pyydetään tutkimukseen liittyen, otetaan mukaan toisen ja kolmannen raskauskolmanneksen käynnit sekä synnytyksen jälkeinen käynti. Rutiininomaisten raskauskäyntien tiedot, mukaan lukien paino ja verenpaine, kerätään klinikalla tai sairauskertomuksesta. Rutiininomaisten raskauskäyntien tiedot, mukaan lukien paino ja verenpaine, rutiinilaboratoriotestit (mukaan lukien HbA1c naisille, joilla on T1D, lipidit jne.), kerätään klinikalta tai sairauskertomuksesta. Tutkimuskäyntien ajoitus ja menettelyt on esitetty alla olevassa taulukossa 3.

Näytteenotto: Näytteet kerätään jokaisella tutkimuskäynnillä osallistuvan klinikan sijainnissa. Ulkoiset keskukset lähettävät kaikki näytteet BDC:lle varastointia varten. Näytteenotto standardoidaan käyttöoppaassamme, jotta varmistetaan johdonmukainen keräys kaikissa toimipisteissä. Lisäksi näytteiden kerääminen, ajoitus ja tyypit on suunniteltu huolellisesti samanlaisiksi kuin olemassa olevissa kohortteissa suoritettu keräys, erityisesti ENDIA-tutkimus, jotta tutkimusten tuloksia voidaan vertailla. Raskauskolmanneksen ja synnytyksen jälkeisten käyntien ajoitus määräytyy kuitenkin klinikoidemme hoidon standardin mukaan, eikä se välttämättä ole täsmälleen ENDIA-tutkimuksen mukainen. Esimerkiksi naiset tekevät tyypillisesti synnytyksen jälkeisen käynnin kliinisissä keskuksissamme 4-6 viikon kuluttua, joten ajoitamme synnytyksen jälkeiset tiedot ja näytteiden keräämisen samaan aikaan osallistujataakan minimoimiseksi. ENDIA-tutkimuksessa äideille tehtiin synnytyksen jälkeinen käynti 3 kuukauden iässä.

Flebotomialla otetaan enintään 33 ml tai 2 ¼ ruokalusikallista verta näyte. Plasma kerätään EDTA-putkiin, pidetään jäissä ja erotetaan sentrifugoimalla. Seerumi kerätään seerumierotinputkiin geelillä ja erotetaan sentrifugoimalla sen jälkeen, kun sen on annettu hyytyä. Seerumi ja plasma jaetaan eriin 2 ml:n kryovialeihin ja säilytetään -80 °C:ssa. Buffy coatteja säilytetään jokaisella käynnillä tulevia DNA- ja metylaatiotutkimuksia varten. Veren RNA-näytteet kerätään käyttämällä Tempus™-putkia, jotka mahdollistavat kokonais-RNA:n stabiloinnin ja eristämisen kokoverestä geeniekspressioanalyysiä varten. Näitä näytteitä voidaan säilyttää enintään viisi päivää huoneenlämmössä, minkä jälkeen ne voidaan pakastaa 4 °C:ssa. Osallistujat poimivat valinnaisia ​​emättimen vanupuikkoja käyttämällä CultureSwab-kuljetusjärjestelmää. Osallistujat ottavat itse valinnaiset ulostenäytteet käyttämällä kaupallisesti saatavaa ulosteenkeräyssarjaa, kuten OMNIgene_GUT.

Kyselylomakkeiden kerääminen: Osallistujia pyydetään täyttämään kyselylomakkeet verkossa REDCap-tietokantaohjelman avulla jokaisella käynnillä, lyhentämään aikaa, joka tarvitaan henkilökohtaisten tapaamisten täyttämiseen klinikoilla käyntiä suorittaville tutkimuksen osallistujille, sekä tehostamaan tiedonkeruu-/syöttömenettelyjä ja vähentämään tietojen syöttövirheet. Kyselylomakkeet sisältävät ravinnon saannin validoidulla ruokatiheyskyselyllä43, tupakan ja alkoholin validoiduilla kyselylomakkeilla44,45, ja keräämme seulontakyselyitä yleisestä [Patient Health Questionnaire-8]46 ja perinataalista [Edinburgh Postnatal Depression Scale]47 masennuksesta. Naiset, jotka osoittavat positiivisen seulonnan (PHQ8-pistemäärä 14 tai korkeampi tai Edinburghin postnataalinen masennuspiste 10 tai korkeampi) jommassakummassa näistä kyselylomakkeista, ohjataan heidän normaalin palveluntarjoajansa puoleen lisäarviointia varten.

T1D:tä sairastavien äitien ja isien arviot T1D-hätäasteikosta (T1-DDS), diabeteksen itsehallinnasta ja hypoglykemian pelosta arvioidaan validoitujen instrumenttien avulla. T1D-isät täyttävät kyselylomakkeet yhdellä käynnillä, kun taas T1D-äitejä pyydetään täyttämään nämä kyselyt jokaisella opintokäynnillä (kerran raskauskolmanneksen aikana ja synnytyksen jälkeen). Diabeteshoitotiedot, mukaan lukien HbA1cs ja muut laboratoriotutkimukset (lipidit, virtsan albumiinin ja kreatiniinin suhde, seerumin kreatiniini), retinopatiatutkimukset ja tutkimustiedot pyydetään ilmoittautumista edeltävältä vuodelta komplikaatioiden määrittämiseksi ja verensokerin hallintaan.

Raskaushistoria ja -tulokset: Keräämme tietoja raskauden äidin ja sikiön tuloksista potilastietojen kera; saamme gestaatioiän synnytyksessä, vauvan syntymäpainon, synnytyksen komplikaatiot sekä äidin ja sikiön tulokset hankkimalla tietueet jokaisesta sairaalaan ottamista synnytyksestä ja synnytyksestä. Varmuuskopiona näille sairaalatietueille ja siinä tapauksessa, että emme pääse käsiksi potilastietoihin (esimerkiksi jos nainen muuttaa sähköisen sairauskertomusalueen ulkopuolelle, emmekä saa tietueita potilastietojulkaisun avulla), keräämme saman tietoja käyttämällä kyselyä, jonka kehitimme yhtä aiempia raskaustutkimuksiamme varten. Se tiedustelee synnytysaikaa, raskausikää, vauvan syntymäpainoa ja pituutta, lapsen elintilaa, vauvan sukupuolta, ennenaikaista synnytystä, synnytyksen tyyppiä, 16 erityistä raskauskomplikaatiota, 15 erityistä synnytyskomplikaatiota, 5 erityistä vastasyntyneen komplikaatiota ja pääsyä hoitoon. vastasyntyneiden tehohoitoyksikkö (NICU). Imetyskäytännöt kerätään synnytyksen jälkeisellä käynnillä. Keräämme tietoja myös lääketieteellisen kartoituksen kautta terveystietojen saamiseksi ennen raskautta naisille, joilla on T1D (verenpaine, munuaisten toiminta, retinopatia, pituus ja paino). Varmistamme raskausajankohdan hankkimalla tallenteet päivämäärää varten tehdyistä ultraäänistä.

Glykeemiset tekijät naisilla, joilla on T1D: HbA1c- ja glukoosiarvot (CGM- ja glukoosimittarin lataukset), nykyinen insuliiniannostus ja insuliinin annostelutapa kerätään rutiininomaisten raskauskäyntien aikana ja kerätään sairauskertomuksesta. Käytämme myös CGM-laitteista ladattuja tietoja (niille naisille, jotka käyttävät CGM:ää säännöllisesti) rutiininomaisten raskauskäyntien aikana arvioidaksemme glykeemisen vaihtelun indeksejä, kuten asianmukaisilla glukoosiarvoilla vietettyä aikaa (aikaväli: 63-140 mg/dl [raskaus). ] ja 70-180 mg/dl [synnytyksen jälkeen], hypoglykemia: <63 mg/dl [raskaus] ja <70 mg/dl [synnytyksen jälkeen] ja hyperglykemia: >140 mg/dl [raskaus] ja >180 mg/dl [synnytyksen jälkeinen] 50, variaatiokerroin ja SD).

Napanuoraveren ja ulosteiden kerääminen: Napanuoraveren kerääminen 20 ml:aan asti on etusijalla, koska se on ihanteellinen näyte DNA-metylaation tutkimiseen lapsessa syntymähetkellä ja ennen altistumista ulkoympäristöön, mukaan lukien imetys tai pulloruokinta, altistuminen mikrobit ja muut ympäristötekijät vastakohtana myöhemmille näytteille, jotka on saatu varhaisen elämän aikana. Napanuoraveren kerääminen on toteutettu aikaisemmissa tutkimuksissamme seulontasairaaloiden kanssa tehdyillä sopimuksilla sekä äidille lähetetyillä napanuoraveren keräyssarjoilla näytteiden hankkimista ja takaisinlähetystä varten. Koska naiset synnyttävät missä tahansa määrässä tämän kohortin kansallisia sairaaloita, aiomme lähettää/antaa raskaana oleville äideille napanuoraveren keräyssarjoja, joissa on yksityiskohtaiset ohjeet näytteiden keräämisestä ja palauttamisesta vakiintuneen protokollamme mukaisesti. Mikäli napanuoraveren kerääminen ei ole mahdollista, toimitamme pakkauksen, jolla kerätään kantapääpuikkonäyte, jossa on enintään 1 ml verta mahdollisimman pian syntymän jälkeen (mieluiten viikon sisällä synnytyksestä). Suunnittelemme myös tarjoavamme naisille ulostepakkauksia uloste-/mekoniumnäytteen keräämistä varten pian synnytyksen jälkeen.

Jälkeläisten suuren riskin genotyyppien seulonta: Vastasyntyneet seulotaan T1D:n geneettisen riskin suhteen syntyessään käyttämällä kuivattuja veripistekokoelmia, jotka on saatu ensimmäisen elinviikon aikana. Näytteet lähetetään tohtori William Hagopianin laboratorioon geneettisen riskin pistemäärän 2 (GRS2) määrittämiseksi, 67 yhden nukleotidin polymorfismin (SNP:n) paneelin, jonka on osoitettu erottavan T1D-riskin, erityisesti varhaisessa vaiheessa alkavassa T1D:ssä. (AUC 0,96)1. Korkean riskin ihmisen leukosyyttiantigeenin (HLA) genotyypit liittyvät vahvasti IA- ja T1D-riskiin, mutta GRS2:n käyttö on osoittautunut lähes kaksi kertaa tehokkaammaksi kuin pelkkä korkean riskin HLA-genotyypin seulonta. Tämän riskipistemäärän käyttöä on ehdotettu tehokkaammaksi menetelmäksi vastasyntyneiden seulonnassa, mikä mahdollistaa niiden lasten tarkemman seurannan, joilla on suurin riski saada IA ​​ja T1D, erityisesti varhaisessa lapsuudessa. Kaikki jälkeläisten käynnit ja toimenpiteet on esitetty taulukossa 4.

TEDDY-tutkimuksen tietojen perusteella GRS2, joka antoi riskin, joka vastaa 90. persentiiliä yleisessä populaatiossa, osoitti 23 %:lla TEDDY-osallistujista, joilla oli FDR, korkea riski verrattuna 10 %:iin koko väestöstä. Ottaen huomioon, että TEDDY-osallistujat, joilla oli FDR, valittiin heidän suuren riskinsä HLA-genotyyppinsä perusteella, arvioimme, että GRS2-pisteiden perusteella korkeariskisiksi tunnistettujen prosenttiosuus tässä ehdotetussa synnytystä edeltävässä kohortissa (jossa kaikki FDR:t otetaan mukaan HLA-riskistä riippumatta) on hieman pienempi kuin TEDDYssä havaittu prosenttiosuus. Siksi olemme arvioineet, että noin 20 % ehdotetun raskauskohortin FDR-jälkeläisistä tunnistetaan suuren riskin omaaviksi ja heitä seurataan tarkemmin kuin vähäriskisiä.

Lapsilta, joilla on suurin riski GRS2:ssa (esim. riski, joka on suurempi kuin 90 % väestön yleisistä riskipisteistä), otetaan verta IA-seulontaan ja geneettisten markkerien varastointiin kuuden kuukauden välein 2-vuotiaisiin ja sen jälkeen 5-6-vuotiaiden välillä. vuotta.

Lapset, joilla on pieni riski GRS2, otetaan verta IA-seulontaan 2-vuotiaana ja 5-6-vuotiaana. HLA-genotyypitys ja IA-testaus tehdään Clinical Immunology Lab -laboratoriossa BDC:ssä (NIH/NIDDK nimetty North American Autoantibody/HLA Core), kuten aiemmin on raportoitu40. Muut verinäytteet säilytetään tapauskontrollitutkimuksia varten DNA-metylaatiosta, Virscanista ja tulevista metabolomista/proteomista markkereista.

Vauvan kasvu ja terveys: Imeväisten kasvutiedot saadaan vanhemmilta REDCap-tutkimusten kautta tekemillä itseraportoinneilla ja potilastietopyyntöjen kautta. Rokotusasiakirjat hankitaan. Kuuden kuukauden välein 2 vuoden ikään asti kliiniset mittaukset (sisältäen jopa 20 ml tai hieman yli ruokalusikallisen verta), sairaudet ja imeväisten/lasten ruokintakäytännöt kerätään korkean riskin ryhmältä klinikalla käynnillä; nämä tiedot kerätään REDCap-kyselylomakkeella matalan riskin ryhmälle.

Saaristoautovasta-aineiden arvioinnit: Koko tutkimuksen (kaikki vaiheet) pääasiallinen tulosmitta on lapsen jatkuva positiivisuus saarekeautovasta-aineille (IA). Seeruminäytteet otetaan neljän saarekkeen autovasta-aineen mittaamiseksi suuren geneettisen riskin jälkeläisissä 6, 12, 18, 24 kuukauden ja 5-6 vuoden iässä. Matalan geneettisen riskin jälkeläiset testataan 24 kuukauden ja 5-6 vuoden iässä. Näytteet kerätään, käsitellään ja lähetetään ulkopuolisista toimipisteistä BDC:hen IA:n mittausta varten. Seerumia säilytetään -70 °C:ssa määritykseen asti. IA:n tiheämpää seurantaa korkean riskin jälkeläisillä tarvitaan, koska IA voi ilmaantua jo ensimmäisenä elinvuotena ja T1D todetaan yleisemmin nuorempana. Siksi aiomme seurata sekä IA:ta että dysglykemian kehitystä (vaihe 2 T1D), kuten alla on kuvattu.

IA-määritykset suoritetaan koodatuilla näytteillä IAA:lle, GADA:lle, IA-2A:lle ja ZnT8A:lle Barbara Davis Centerin ydinautovasta-ainelaboratoriossa MD Liping Yun johdolla. Tämä laboratorio on CLIA-sertifioitu ja CAP-akkreditoitu, ja se on nimetty NIH/NIDDK North American Autovastabody/HLA Core Laboratoryksi. Viime vuosikymmeninä Barbara Davis Centerin autovasta-ainelaboratorio on palvellut useita suuria kliinisiä T1D-tutkimuksia, mukaan lukien TEDDY-tutkimus, TrialNet, DPT-1, T1DGC, ITN ja muut. GAD65- ja IA-2-määritykset on äskettäin harmonisoitu yhteistyössä NIH/NIDDK-diabeteksen autovasta-aineiden harmonisointikomitean kanssa käyttäen standardia määritysprotokollaa yhteisellä vasta-aineyksiköllä ilmaistuna DK-yksikköinä/ml (NIDDK-yksikköinä). Tämä mahdollisti sen, että autovasta-ainetestien tulokset olivat vertailukelpoisia eri laboratorioiden kesken maailmanlaajuisesti käynnissä olevien kansallisten/kansainvälisten tutkimusten kesken. BDC:n Autoantibody/HLA Core Facility on yksi kolmesta kansainvälisestä laboratoriosta, jotka auttavat saavuttamaan nämä yhdenmukaistetut määritysprotokollat. Kaikille positiivisille näytteille ja 5 %:lle negatiivisista näytteistä tehdään kaksoissokkotestaus. IA määritellään positiiviseksi vähintään yhdelle neljästä saarekeautovasta-aineesta vähintään kahdella peräkkäisellä käynnillä tai yhdeksi positiiviseksi testiksi, jota seuraa T1D-diagnoosi. Lapsia, joilla on positiivinen autovasta-ainetesti, pyydetään palaamaan vahvistustestiin mahdollisimman pian ensimmäisen testin jälkeen.

Dysglykemian seuranta: Perheitä koulutetaan T1D:n merkeistä ja oireista, ja heitä neuvotaan ottamaan yhteyttä tutkimushenkilökuntaan ilmoittaakseen kaikista lastensa mahdollisista merkeistä ja/tai oireista olevista huolenaiheista tai kysymyksistä. Lasten perheille, joille kehittyy IA, tarjotaan pääsy ASK-tutkimustiimiin olettaen, että tämän tutkimuksen rahoitus on edelleen aktiivista, jotta he voivat ilmoittautua ASK-seurantatutkimukseen koulutusta, seurantaa ja tukea varten, mukaan lukien koulutusmateriaalit saarekkeisiin liittyvien riskitekijöiden selittämiseksi. autovasta-aineiden tila, toista autovasta-aineiden ja HbA1c:n testaus kolmen tai kuuden kuukauden välein etenemisen seuraamiseksi, mukana ilmainen glukometri, liuskat ja koulutus. Jatkuva glukoosimittari voidaan tarjota maksutta 3–6 kuukauden välein. Lisäksi ASK the Experts -kansallinen seurantaohjelma, jota myös rahoittaa Helmsley Charitable Trust, on niiden perheiden käytettävissä, joilla on paikallisia palveluntarjoajia tai lasten endokrinologeja, jotka voivat työskennellä yhdessä Barbara Davis Centerin koulutuskeskuksen ASK the Experts -ryhmän kanssa. seurantaa ja tukea. Jos ASK/ASK the Experts -tutkimuksia ei enää rahoiteta, sama koulutus ja tuki tarjotaan näiden tutkimuspöytäkirjojen kautta, mukaan lukien HbA1c-mittaukset kolmen tai kuuden kuukauden välein sekä ilmaiset glukometrit, glukoosiliuskat ja koulutus.

Virusaltistusarvioinnit: Altistuminen viruksille arvioidaan pitkittäin emoissa ja jälkeläisissä Virscan-määrityksellä. Ensimmäisen kolmen vuoden tutkimusjakson analyysiä varten seeruminäytteet, jotka on otettu käynneistä jokaisen raskauskolmanneksen aikana ja synnytyksen jälkeen, sekä ne, jotka on kerätty 6 kuukauden iässä valituilta suuren riskin imeväisiltä (kuten data-analyysisuunnitelmassa on kuvattu), testataan Virscan-panviraalinen serologinen seurantatyökalu. Tämä alusta perustuu faagi-immunosaostussekvensointitekniikkaan (PhIP-seq), joka käyttää bakteriofaasikirjastoa, joka sisältää proteominlaajuisia peptidejä ihmisen patogeenisista viruksista. Virscan-kirjasto sisältää peptidejä, jotka edustavat tunnetuimpia patogeenisiä ihmisen viruksia (~400 lajia ja kantaa) sekä muita antigeenejä, jotka on lueteltu National Institute of Allergy and Infectious Diseases Immune Epitope Database -tietokannassa (www.iedb.org). Pitemmän aikavälin tutkimuksen tavoitteena, kun kaikki vaiheet ovat päättyneet ja riittävä määrä jälkeläisiä on kehittänyt IA:n, on suorittaa tapauskontrollitutkimus emojen ja jälkeläisten virusaltistumisesta niiden joukossa, joille on kehittynyt IA vs. ikä ja HLA-vastaava kontrolli. jälkeläisiä, joille ei ole kehittynyt IA.

Serologisen seulonnan suorittamiseksi seeruminäytteet sekoitetaan kirjastoon, jolloin vasta-aineet voivat sitoutua faagin pinnalla näkyviin patogeenispesifisiin epitooppeihin. Sitten bakteriofagi-vasta-ainekompleksit immunosaostetaan ja keinotekoisesti ekspressoituja peptidiantigeenejä, joihin vasta-aine oli sidottu, koodaava faagi-DNA-alue sekvensoidaan NGS:llä viruksenvastaisten vasta-aineiden valikoiman paljastamiseksi tietyssä seeruminäytteessä. Tietojen analyysi vasta-aineiden havaitsemiseksi monenlaisia ​​patogeenejä vastaan ​​perustuu tilastolliseen arvioon (p-arvot) patogeenispesifisten peptidien suhteellisesta rikastumisesta seeruminäytteissä. Tuloksena saadut tiedot ovat siksi luonteeltaan kvalitatiivisia, eivätkä ne ole suoraan verrattavissa vasta-ainetiittereihin, jotka voidaan saada tavanomaisilla, singleplex-serologisilla menetelmillä.

Epigeneettiset ja geeniekspressiotutkimukset: DNA-metylaatio mitataan äidin perifeerisessä kokoveressä ja geeniekspressio (RNA) mitattuna kokoveren RNA-näytteistä, jotka on kerätty raskauden ja synnytyksen jälkeen, sekä jälkeläisten kokoveri- ja RNA-näytteistä, jotka on kerätty varhaisessa iässä ennen syntymää. IA:n kehitystä. DNA-metylaation ja geenien ilmentymisen mittauksia verrataan kolmen vuoden alkututkimuksen aikana T1D:tä sairastavien äitien (n=86) jälkeläisistä napanuoraveressä verrattuna jälkeläisiin, joiden isällä on T1D, mutta äidillä ei ole diabetesta (N=86). tapaus-kontrollimallissa, joka on sovitettu äidin ikään ja HLA-riskiin. Pitemmän aikavälin analyysin tavoitteena, kun kaikki vaiheet on saatu päätökseen, on tutkia epigeneettisiä muutoksia ja geenien ilmentymistä tapauskontrollitutkimuksen suunnittelussa, jolloin IA-tapaukset valitaan jatkuvasti IA-positiivisten imeväisten joukosta sekä iän ja HLA-riskin perusteella täsmäytyneiden kontrollien joukosta. . Metylaation kvantifiointi suoritetaan käyttämällä Infinium HumanMethylation450K Beadchipiä ("450 K") ja Infinium MethylationEPIC Beadchipiä ("EPIC"), kuten aiemmin on kuvattu41. Coloradon yliopiston Anschutzin lääketieteen kampuksella on huipputekninen laitos, ja se on käynnistänyt RNA Bioscience Initiativen (https://medschool.cuanschutz.edu/rbi) tavoitteena on tarjota "nesteputki perustutkimuksesta kliiniseen RNA-tutkimukseen Anschutzin lääketieteellisellä kampuksella" yhdistämällä RNA-testaus- ja informatiikan resurssit.