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Optimization of Collection Methods for Studies of the Human Microbiota

27 octobre 2020 mis à jour par: National Cancer Institute (NCI)

Background:

The human microbiota is the bacteria and other microbes found in and on the human body. Scientists study the microbiota because it is related to many health conditions. The way samples are collected and handled can greatly affect microbiota study findings. Researchers want to learn more about how collection methods affect these studies.

Objectives:

To compare different oral and fecal collection methods. To test the effect of new methods to get DNA out of these samples.

Eligibility:

Adults ages 18 and older who are National Cancer Institute employees and have not taken antibiotics in the past 3 months

Design:

Participants will discuss the study with researchers.

Participants will give an oral or fecal sample or both.

For the oral sample, participants will be told what not to do beforehand. This includes chewing gum and smoking. Participants will spit saliva into a tube. Then they will get mouthwash in a vial. They will swish and gargle the mouthwash for 30 seconds then spit it back in the vial.

Participants giving a fecal sample will get a collection kit. They can collect the sample at home or elsewhere. Participants will have a bowel movement into the collection container. They will smear some of it on a card with a stick and put the rest in 2 tubes. They will mix the feces with the solution in the tubes. Participants will write the date and time of collection on the instructions and return the sample within 24 hours.

Participants providing both samples could have 3 study visits: 1 to give an oral sample, 1 to get the fecal sample collection kit, and 1 to return that sample.

Aperçu de l'étude

Statut

Retiré

Les conditions

Description détaillée

The human microbiome (i.e., the collection of microbial genes found in and on the human body) has been observed to be associated with numerous health conditions, but current methodological studies suggest that collection method, laboratory handling, bioinformatic processing of the data, and other factors can greatly affect microbiome study findings. In cohort studies, samples should be collected using validated methods that can be analyzed using multiple technologies, however these technologies and methods are regularly changing and being modified. Therefore, we need to test multiple collection methods for new technologies or test new collection methods to assess the comparability of the results. We will evaluate the effect of several collection methods for oral and/or fecal samples from 100 individuals who work at the NCI on microbial characteristics. Once the samples are collected, we will create aliquots and store the samples for further processing. We will then test the effect of new DNA extraction methods, sequencing technologies, and bioinformatics pipelines using these samples. Any remaining aliquots will remain in the -80 degrees Celsius freezer for other future studies. This study will be essential to understand the impact of collection methods for oral and fecal samples for future epidemiologic studies.

Type d'étude

Observationnel

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Lieux d'étude

    • Maryland
      • Rockville, Maryland, États-Unis, 20850
        • NIH NCI Shady Grove

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

18 ans à 100 ans (Adulte, Adulte plus âgé)

Accepte les volontaires sains

Oui

Sexes éligibles pour l'étude

Tout

Méthode d'échantillonnage

Échantillon non probabiliste

Population étudiée

We plan to recruit 100 adults who work at the NCI, either in Shady Grove or in the Advanced Technology Center (ATC), who are willing to provide oral and/or fecal samples. We will include any participant that is at least 18 years of age or older who is employed at NCI and has not taken antibiotics anytime in the past 3 months since antibiotic use has been shown to disrupt the microbiota.

La description

  • ELIGIBILITY CRITERIA:
  • Adults who work at the NCI, either in Shady Grove or in the Advanced Technology Center (ATC)
  • Willing to provide oral and/or fecal samples.
  • At least 18 years of age or older
  • Not taken antibiotics anytime in the past 3 months

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

Cohortes et interventions

Groupe / Cohorte
General Individuals
Any adult working at the NCI who has not used antibiotics in the past 3 months.

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Oral and/or fecal microbiota
Délai: 1 month
relative abundance and phylogenetic diversity of their oral and/or fecal microbiota
1 month

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: Emily J Vogtmann, Ph.D., National Cancer Institute (NCI)

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

1 novembre 2018

Achèvement primaire (Réel)

27 octobre 2020

Achèvement de l'étude (Réel)

27 octobre 2020

Dates d'inscription aux études

Première soumission

3 novembre 2018

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

3 novembre 2018

Première publication (Réel)

6 novembre 2018

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

28 octobre 2020

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

27 octobre 2020

Dernière vérification

1 octobre 2020

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Autres numéros d'identification d'étude

  • 999919013
  • 19-C-N013

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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