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Oral, Fecal and Intratumoral Microbiome Atlas in Colombian Patients With Advanced Solid Tumors Receiving First-Line Immunotherapy (ATLAS)

3 juillet 2026 mis à jour par: Centro de Tratamiento e Investigación sobre Cáncer, Luis Carlos Sarmiento Angulo

Atlas of the Oral, Fecal and Intratumoral Microbiome of Colombian Patients With Advanced Solid Tumors Candidates for First-Line Immunotherapy - Initial Phase of a Project With Latin American Projection

This is a prospective observational cohort study conducted at Fundación CTIC in Bogotá, Colombia. It characterizes the oral, fecal and intratumoral microbiome of Colombian adults with advanced solid tumors (gastric, colorectal, breast, cervical and head-and-neck cancer) who receive first-line immunotherapy as standard of care, and compares them with healthy volunteers. Using multi-omics (HiFi metagenomics, 16S, tumor RNA-Seq and untargeted metabolomics), the study aims to identify microbial signatures associated with treatment response and survival, building the initial Colombian cohort of a Cancer Microbiome Atlas with Latin American projection.

Aperçu de l'étude

Statut

Recrutement

Les conditions

Intervention / Traitement

Description détaillée

Single-center, prospective, observational cohort study. 120 patients with advanced (stage III unresectable or IV) solid tumors candidates for first-line immunotherapy and 30 healthy controls are enrolled (total N=150). Patients provide saliva, stool and tongue-scraping samples plus archival FFPE tumor tissue at baseline (V0) and at 6 (V1) and 12 (V2) months; controls provide saliva and stool at V0 only. Microbiomes are profiled by PacBio HiFi shotgun metagenomics and full-length 16S; tumor transcriptome by RNA-Seq; and saliva/stool metabolome by GC-MS in a subcohort (n=60). Tumor response is assessed by RECIST 1.1. Microbial, transcriptomic and metabolomic features are integrated with clinical outcomes (objective response, PFS, OS) using multivariable and machine-learning models.

Type d'étude

Observationnel

Inscription (Estimé)

150

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Coordonnées de l'étude

  • Nom: Liliana Gutiérrez, RN, MSc
  • Numéro de téléphone: +573003768158
  • E-mail: lgutierrez@fctic.org

Sauvegarde des contacts de l'étude

  • Nom: Andrés F Cardona, MD, MSc, PhD, MBA
  • Numéro de téléphone: +573016348173
  • E-mail: acardona@fctic.org

Lieux d'étude

  • Colombie
    • Bogota D.C.
      • Bogotá, Bogota D.C., Colombie, 110131
        • Recrutement
        • Fundación CTIC - Centro de Tratamiento e Investigación sobre Cáncer Luis Carlos Sarmiento Angulo
        • Contact:
        • Chercheur principal:
          • Andrés F Cardona, MD, MSc, PhD, MBA

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

  • Adulte
  • Adulte plus âgé

Accepte les volontaires sains

Oui

Méthode d'échantillonnage

Échantillon non probabiliste

Population étudiée

Colombian adults with advanced solid tumors (gastric, colorectal, breast, cervical, head-and-neck) candidates for first-line immunotherapy, plus healthy adult volunteers. Single center: Fundación CTIC, Bogotá.

La description

Inclusion Criteria:

  • Age 18 years or older.
  • Histologically confirmed advanced (stage III unresectable or IV) gastric, colorectal, breast, cervical or head-and-neck cancer.
  • Candidate for first-line immunotherapy per current clinical guidelines.
  • Available FFPE tumor block in institutional or reference pathology archive.
  • Able to provide saliva and stool samples at V0 and follow-up.
  • ECOG performance status within protocol limits; life expectancy over 3 months.
  • Cognitive capacity to give informed consent; signed EVA-BIOBANCO and Atlas consents.

Inclusion Criteria (healthy controls)

  • No prior cancer diagnosis.
  • No active autoimmune disease; no inflammatory bowel disease.
  • No antibiotics, invasive dental treatment, immunosuppressants or corticosteroids in the prior 3 months; no severe active periodontal disease.

Exclusion Criteria:

  • Systemic antibiotics within 3 months (except short course under 5 days for uncomplicated infection).
  • Probiotics or prebiotics within 30 days.
  • Chronic proton-pump inhibitors for more than 3 continuous months.
  • Inflammatory bowel disease (Crohn, ulcerative colitis) or extensive bowel resection.
  • Pregnancy or lactation.
  • BMI under 18.5 or over 40 kg/m².
  • Uncontrolled diabetes (HbA1c at or above 9% in prior 3 months).
  • Invasive dental treatment within 3 months.
  • Patients: simultaneous randomized trial of a non-INVIMA-approved experimental immunotherapy; or no evaluable FFPE block meeting quality thresholds.
  • Inability to ensure 12-month clinical follow-up.

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

Cohortes et interventions

Groupe / Cohorte
Intervention / Traitement
Patients with advanced solid tumors
120 Colombian adults with advanced (stage III unresectable or IV) gastric, colorectal, breast, cervical or head-and-neck cancer, candidates for first-line immunotherapy (standard of care). Saliva, stool and tongue scraping collected at V0, V1 (6 mo) and V2 (12 mo); archival FFPE tumor block retrieved at V0.
Médicament: First-line immunotherapy (immune checkpoint inhibitors), INVIMA-approved, standard of care
Exposure observed: first-line immunotherapy with immune checkpoint inhibitors administered as standard of care (INVIMA-approved); no experimental intervention is assigned by the study. Healthy controls receive no immunotherapy.
Healthy controls
30 healthy adult volunteers without prior cancer, active autoimmune disease or inflammatory bowel disease, and without antibiotics or invasive dental treatment in the prior 3 months. Saliva and stool collected at V0 only; no longitudinal follow-up.

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Oral, fecal and intratumoral microbiome signatures associated with objective tumor response (RECIST 1.1) to first-line immunotherapy
Délai: Baseline (V0) and through 12 months
Characterization of oral, fecal and intratumoral microbiomes and identification of taxa and diversity metrics differentiating responders (CR+PR) from non-responders (SD+PD) by RECIST 1.1.
Baseline (V0) and through 12 months
Differences in microbiome composition and diversity between cancer patients and healthy controls
Délai: Baseline (V0)
Comparison of alpha and beta diversity and differential taxonomic and functional abundance between cancer patients and healthy controls.
Baseline (V0)

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Microbial, transcriptomic and metabolomic biomarkers associated with progression-free survival (PFS)
Délai: Association of microbial diversity, key taxa, MAGs and functional pathways with progression-free survival, estimated by Kaplan-Meier and adjusted Cox models.
Up to 36 months
Association of microbial diversity, key taxa, MAGs and functional pathways with progression-free survival, estimated by Kaplan-Meier and adjusted Cox models.
Microbial biomarkers associated with overall survival (OS)
Délai: Up to 36 months
Association of microbiome features with overall survival, estimated by Kaplan-Meier and adjusted Cox models.
Up to 36 months

Autres mesures de résultats

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Tumor transcriptomic profile and gene-expression pathways modulated by the intratumoral microbiome
Délai: Baseline (V0)
RNA-Seq characterization of tumor gene-expression and identification of pathways correlated with intratumoral microbiome composition.
Baseline (V0)
Untargeted salivary and fecal metabolomic profile (subcohort, n=60)
Délai: Baseline through 12 months
GC-MS untargeted metabolomics of saliva and stool in a stratified subcohort (50 patients, 10 controls) to identify metabolites associated with microbiome composition and immunotherapy response.
Baseline through 12 months

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

Centro de Tratamiento e Investigación sobre Cáncer, Luis Carlos Sarmiento Angulo

Collaborateurs

American Society of Clinical Oncology

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: Andrés F Cardona, MD, MSc, PhD, MBA, Fundación CTIC - Centro de Tratamiento e Investigación sobre Cáncer Luis Carlos Sarmiento Angulo

Publications et liens utiles

La personne responsable de la saisie des informations sur l'étude fournit volontairement ces publications. Il peut s'agir de tout ce qui concerne l'étude.

Publications générales

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

11 juin 2026

Achèvement primaire (Estimé)

28 février 2029

Achèvement de l'étude (Estimé)

30 août 2029

Dates d'inscription aux études

Première soumission

24 juin 2026

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

24 juin 2026

Première publication (Réel)

30 juin 2026

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

7 juillet 2026

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

3 juillet 2026

Dernière vérification

1 juin 2026

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Mots clés

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • ATLAS
  • CEI-232 (Autre identifiant: Comité de Ética de la Investigación Riesgo de Fractura S.A)

Plan pour les données individuelles des participants (IPD)

Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?

OUI

Description du régime IPD

De-identified genomic sequences (oral, fecal and intratumoral microbiome) will be deposited in public repositories (NCBI SRA / EBI ENA) with minimal metadata (tumor type, age by decade, sex). Analysis pipelines and code will be versioned and shared via GitHub and Zenodo. Raw data and code will be made public at study close.

Délai de partage IPD

Available at study close (estimated 2029); retained at least 15 years per ICH-GCP archiving policy.

Critères d'accès au partage IPD

Open access via public repositories (SRA, ENA, Zenodo) for de-identified sequence data and analysis code.

Type d'informations de prise en charge du partage d'IPD

  • PROTOCOLE D'ÉTUDE
  • SÈVE
  • ANALYTIC_CODE

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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