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Oral, Fecal and Intratumoral Microbiome Atlas in Colombian Patients With Advanced Solid Tumors Receiving First-Line Immunotherapy (ATLAS)

3 de julho de 2026 atualizado por: Centro de Tratamiento e Investigación sobre Cáncer, Luis Carlos Sarmiento Angulo

Atlas of the Oral, Fecal and Intratumoral Microbiome of Colombian Patients With Advanced Solid Tumors Candidates for First-Line Immunotherapy - Initial Phase of a Project With Latin American Projection

This is a prospective observational cohort study conducted at Fundación CTIC in Bogotá, Colombia. It characterizes the oral, fecal and intratumoral microbiome of Colombian adults with advanced solid tumors (gastric, colorectal, breast, cervical and head-and-neck cancer) who receive first-line immunotherapy as standard of care, and compares them with healthy volunteers. Using multi-omics (HiFi metagenomics, 16S, tumor RNA-Seq and untargeted metabolomics), the study aims to identify microbial signatures associated with treatment response and survival, building the initial Colombian cohort of a Cancer Microbiome Atlas with Latin American projection.

Visão geral do estudo

Status

Recrutamento

Condições

Intervenção / Tratamento

Descrição detalhada

Single-center, prospective, observational cohort study. 120 patients with advanced (stage III unresectable or IV) solid tumors candidates for first-line immunotherapy and 30 healthy controls are enrolled (total N=150). Patients provide saliva, stool and tongue-scraping samples plus archival FFPE tumor tissue at baseline (V0) and at 6 (V1) and 12 (V2) months; controls provide saliva and stool at V0 only. Microbiomes are profiled by PacBio HiFi shotgun metagenomics and full-length 16S; tumor transcriptome by RNA-Seq; and saliva/stool metabolome by GC-MS in a subcohort (n=60). Tumor response is assessed by RECIST 1.1. Microbial, transcriptomic and metabolomic features are integrated with clinical outcomes (objective response, PFS, OS) using multivariable and machine-learning models.

Tipo de estudo

Observacional

Inscrição (Estimado)

150

Contactos e Locais

Esta seção fornece os detalhes de contato para aqueles que conduzem o estudo e informações sobre onde este estudo está sendo realizado.

Contato de estudo

Estude backup de contato

  • Nome: Andrés F Cardona, MD, MSc, PhD, MBA
  • Número de telefone: +573016348173
  • E-mail: acardona@fctic.org

Locais de estudo

  • Colômbia
    • Bogota D.C.
      • Bogotá, Bogota D.C., Colômbia, 110131
        • Recrutamento
        • Fundación CTIC - Centro de Tratamiento e Investigación sobre Cáncer Luis Carlos Sarmiento Angulo
        • Contato:
        • Investigador principal:
          • Andrés F Cardona, MD, MSc, PhD, MBA

Critérios de participação

Os pesquisadores procuram pessoas que se encaixem em uma determinada descrição, chamada de critérios de elegibilidade. Alguns exemplos desses critérios são a condição geral de saúde de uma pessoa ou tratamentos anteriores.

Critérios de elegibilidade

Idades elegíveis para estudo

  • Adulto
  • Adulto mais velho

Aceita Voluntários Saudáveis

Sim

Método de amostragem

Amostra Não Probabilística

População do estudo

Colombian adults with advanced solid tumors (gastric, colorectal, breast, cervical, head-and-neck) candidates for first-line immunotherapy, plus healthy adult volunteers. Single center: Fundación CTIC, Bogotá.

Descrição

Inclusion Criteria:

  • Age 18 years or older.
  • Histologically confirmed advanced (stage III unresectable or IV) gastric, colorectal, breast, cervical or head-and-neck cancer.
  • Candidate for first-line immunotherapy per current clinical guidelines.
  • Available FFPE tumor block in institutional or reference pathology archive.
  • Able to provide saliva and stool samples at V0 and follow-up.
  • ECOG performance status within protocol limits; life expectancy over 3 months.
  • Cognitive capacity to give informed consent; signed EVA-BIOBANCO and Atlas consents.

Inclusion Criteria (healthy controls)

  • No prior cancer diagnosis.
  • No active autoimmune disease; no inflammatory bowel disease.
  • No antibiotics, invasive dental treatment, immunosuppressants or corticosteroids in the prior 3 months; no severe active periodontal disease.

Exclusion Criteria:

  • Systemic antibiotics within 3 months (except short course under 5 days for uncomplicated infection).
  • Probiotics or prebiotics within 30 days.
  • Chronic proton-pump inhibitors for more than 3 continuous months.
  • Inflammatory bowel disease (Crohn, ulcerative colitis) or extensive bowel resection.
  • Pregnancy or lactation.
  • BMI under 18.5 or over 40 kg/m².
  • Uncontrolled diabetes (HbA1c at or above 9% in prior 3 months).
  • Invasive dental treatment within 3 months.
  • Patients: simultaneous randomized trial of a non-INVIMA-approved experimental immunotherapy; or no evaluable FFPE block meeting quality thresholds.
  • Inability to ensure 12-month clinical follow-up.

Plano de estudo

Esta seção fornece detalhes do plano de estudo, incluindo como o estudo é projetado e o que o estudo está medindo.

Como o estudo é projetado?

Detalhes do projeto

Coortes e Intervenções

Grupo / Coorte
Intervenção / Tratamento
Patients with advanced solid tumors
120 Colombian adults with advanced (stage III unresectable or IV) gastric, colorectal, breast, cervical or head-and-neck cancer, candidates for first-line immunotherapy (standard of care). Saliva, stool and tongue scraping collected at V0, V1 (6 mo) and V2 (12 mo); archival FFPE tumor block retrieved at V0.
Medicamento: First-line immunotherapy (immune checkpoint inhibitors), INVIMA-approved, standard of care
Exposure observed: first-line immunotherapy with immune checkpoint inhibitors administered as standard of care (INVIMA-approved); no experimental intervention is assigned by the study. Healthy controls receive no immunotherapy.
Healthy controls
30 healthy adult volunteers without prior cancer, active autoimmune disease or inflammatory bowel disease, and without antibiotics or invasive dental treatment in the prior 3 months. Saliva and stool collected at V0 only; no longitudinal follow-up.

O que o estudo está medindo?

Medidas de resultados primários

Medida de resultado
Descrição da medida
Prazo
Oral, fecal and intratumoral microbiome signatures associated with objective tumor response (RECIST 1.1) to first-line immunotherapy
Prazo: Baseline (V0) and through 12 months
Characterization of oral, fecal and intratumoral microbiomes and identification of taxa and diversity metrics differentiating responders (CR+PR) from non-responders (SD+PD) by RECIST 1.1.
Baseline (V0) and through 12 months
Differences in microbiome composition and diversity between cancer patients and healthy controls
Prazo: Baseline (V0)
Comparison of alpha and beta diversity and differential taxonomic and functional abundance between cancer patients and healthy controls.
Baseline (V0)

Medidas de resultados secundários

Medida de resultado
Descrição da medida
Prazo
Microbial, transcriptomic and metabolomic biomarkers associated with progression-free survival (PFS)
Prazo: Association of microbial diversity, key taxa, MAGs and functional pathways with progression-free survival, estimated by Kaplan-Meier and adjusted Cox models.
Up to 36 months
Association of microbial diversity, key taxa, MAGs and functional pathways with progression-free survival, estimated by Kaplan-Meier and adjusted Cox models.
Microbial biomarkers associated with overall survival (OS)
Prazo: Up to 36 months
Association of microbiome features with overall survival, estimated by Kaplan-Meier and adjusted Cox models.
Up to 36 months

Outras medidas de resultado

Medida de resultado
Descrição da medida
Prazo
Tumor transcriptomic profile and gene-expression pathways modulated by the intratumoral microbiome
Prazo: Baseline (V0)
RNA-Seq characterization of tumor gene-expression and identification of pathways correlated with intratumoral microbiome composition.
Baseline (V0)
Untargeted salivary and fecal metabolomic profile (subcohort, n=60)
Prazo: Baseline through 12 months
GC-MS untargeted metabolomics of saliva and stool in a stratified subcohort (50 patients, 10 controls) to identify metabolites associated with microbiome composition and immunotherapy response.
Baseline through 12 months

Colaboradores e Investigadores

É aqui que você encontrará pessoas e organizações envolvidas com este estudo.

Patrocinador

Centro de Tratamiento e Investigación sobre Cáncer, Luis Carlos Sarmiento Angulo

Colaboradores

American Society of Clinical Oncology

Investigadores

  • Investigador principal: Andrés F Cardona, MD, MSc, PhD, MBA, Fundación CTIC - Centro de Tratamiento e Investigación sobre Cáncer Luis Carlos Sarmiento Angulo

Publicações e links úteis

A pessoa responsável por inserir informações sobre o estudo fornece voluntariamente essas publicações. Estes podem ser sobre qualquer coisa relacionada ao estudo.

Publicações Gerais

Datas de registro do estudo

Essas datas acompanham o progresso do registro do estudo e os envios de resumo dos resultados para ClinicalTrials.gov. Os registros do estudo e os resultados relatados são revisados ​​pela National Library of Medicine (NLM) para garantir que atendam aos padrões específicos de controle de qualidade antes de serem publicados no site público.

Datas Principais do Estudo

Início do estudo (Real)

11 de junho de 2026

Conclusão Primária (Estimado)

28 de fevereiro de 2029

Conclusão do estudo (Estimado)

30 de agosto de 2029

Datas de inscrição no estudo

Enviado pela primeira vez

24 de junho de 2026

Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ

24 de junho de 2026

Primeira postagem (Real)

30 de junho de 2026

Atualizações de registro de estudo

Última Atualização Postada (Real)

7 de julho de 2026

Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade

3 de julho de 2026

Última verificação

1 de junho de 2026

Mais Informações

Termos relacionados a este estudo

Palavras-chave

Termos MeSH relevantes adicionais

Outros números de identificação do estudo

  • ATLAS
  • CEI-232 (Outro identificador: Comité de Ética de la Investigación Riesgo de Fractura S.A)

Plano para dados de participantes individuais (IPD)

Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?

SIM

Descrição do plano IPD

De-identified genomic sequences (oral, fecal and intratumoral microbiome) will be deposited in public repositories (NCBI SRA / EBI ENA) with minimal metadata (tumor type, age by decade, sex). Analysis pipelines and code will be versioned and shared via GitHub and Zenodo. Raw data and code will be made public at study close.

Prazo de Compartilhamento de IPD

Available at study close (estimated 2029); retained at least 15 years per ICH-GCP archiving policy.

Critérios de acesso de compartilhamento IPD

Open access via public repositories (SRA, ENA, Zenodo) for de-identified sequence data and analysis code.

Tipo de informação de suporte de compartilhamento de IPD

  • PROTOCOLO DE ESTUDO
  • SEIVA
  • ANALYTIC_CODE

Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo

Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA

Não

Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA

Não

Essas informações foram obtidas diretamente do site clinicaltrials.gov sem nenhuma alteração. Se você tiver alguma solicitação para alterar, remover ou atualizar os detalhes do seu estudo, entre em contato com register@clinicaltrials.gov. Assim que uma alteração for implementada em clinicaltrials.gov, ela também será atualizada automaticamente em nosso site .

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