嚢胞性線維症患者における抗生物質治療に基づく呼吸器微生物叢の臨床経過と変化

気管支肺感染症は、嚢胞性線維症（CF）の進行過程において最も一般的で重篤な合併症です。 感染する病原体に適応した抗生物質の投与は、その管理における重要な課題の 1 つです。 しかし、CF患者の半数以上は慢性呼吸器感染症を患っており、その感染因子は依然として不明であり、その原因因子に適応していない経験的な抗生物質療法につながっている。 最近、CF 患者における微生物病原体の説明と特性評価に、新規および/または新興の病原体の検出および同定を可能にする分子生物学技術などの新しい技術が適用されています。 さらに、パイロシーケンスや PCR 増幅、クローニングなどのより洗練された分子技術により、この集団における慢性気管支肺感染症に関連する微生物の巨大な多様性が実証されました。 それ以外の場合、メタゲノムアプローチにより、これらの患者の呼吸器細菌叢の異常な複雑さと、やや予想外だったが、嫌気性菌、ウイルス、およびバクテリオファージが豊富に存在することが明らかになった。 さらに、呼吸器感染症の治療のために臨床現場で一般的に使用されるいくつかの抗生物質がこれらのバクテリオファージを誘導できることが示されており、形質導入による側方遺伝子伝達の存在が示唆されています。 ヒトマイクロバイオームは人体に関連する一連の微生物群集であり、体内のすべての生きた微生物を表します。 免疫発達におけるその役割は最近実証され、この生態系の変化がいくつかのヒトの病気の進化に重要な役割を果たしていることが示唆されています。 例えば、肥満では、ヒトの腸内微生物叢と宿主の栄養状態および代謝状態との間に関係があることが示されており、これらの腸内微生物叢の特定の変化は、この疾患のメタゲノム特徴を表している可能性があります。 しばしば栄養状態が損なわれ（消化吸収障害による慢性栄養失調）、定期的に抗生物質による治療を受けている嚢胞性線維症患者における呼吸器微生物叢の進化は、現在まで不明のままである。 この生態系とその役割を特徴付けることは、この病気の進化過程を理解するための重要なステップです。

この独創的な研究の主な目的は、南フランスの 5 つの地域医療センター (CRCM) (Mucomed ネットワーク) の限られた数の選択された CF 患者から採取した喀痰サンプルから呼吸器微生物叢を記述し、特徴付けることです (各センターあたり 2 人の患者) ：成人6名と子供4名）、抗生物質による治癒の前後で同様の臨床的、微生物学的、機能的状態を示しました。 微生物群集を分離および同定するために、無菌培養システム、アメーバ上での共培養など、さまざまな微生物学的ツールが使用されます。 細菌の同定は、MALDI-TOF 質量分析法および/または分子技術を使用して行われます。 さらに、分子法を使用して同定された細菌種を同定および比較するために、16S rRNA PCR 増幅とそれに続く同じ喀痰サンプルからの PCR 産物のクローニングおよび配列決定が実行されます。 第 2 段階では、呼吸器微生物叢の特徴が明らかになったら、プロジェクトの第 1 段階で特定されたすべての細菌を検出し、より大きな CF 患者コホートとの関連性を評価できる専用のマイクロアレイを開発することが興味深いでしょう。呼吸器微生物叢と、処方された抗生物質治療に応じた患者の臨床状態との相関関係を研究することによって。

この研究は新たな臨床的展望を開き、地域の医療実践に従って治療中の微生物叢の進化に対する抗生物質の潜在的な役割を決定するのに役立ちます。 これは、これらの慢性呼吸器感染症の進行における微生物叢の役割をより深く理解するのに貢献します。 これは、複雑な微生物叢のバランスを考慮し、おそらく抗生物質療法に従って進化する革新的な治療戦略の第一歩となる可能性があります。 また、CF における特定の病原体の伝播に対するより大きな予防戦略の一部を形成する可能性もあります。