Curso Clínico e Mudanças na Microbiota Respiratória Baseados no Tratamento com Antibióticos em Pacientes com Fibrose Cística

A infecção broncopulmonar é a complicação mais comum e grave no curso evolutivo da fibrose cística (FC). A administração de antibióticos adaptados a patógenos infectantes é uma das questões-chave para o seu manejo. No entanto, mais da metade dos pacientes com FC têm infecções respiratórias crônicas para as quais o agente infeccioso permanece desconhecido, levando a terapias antibióticas empíricas que não são adaptadas aos agentes causadores. Recentemente, novas tecnologias têm sido aplicadas para a descrição e caracterização de agentes microbianos em pacientes com FC, incluindo técnicas de biologia molecular que permitem detectar e identificar patógenos novos e/ou emergentes. Além disso, técnicas moleculares mais sofisticadas, como pirosequenciamento e amplificação e clonagem por PCR, nos levam a demonstrar a enorme diversidade microbiana associada às infecções broncopulmonares crônicas nessa população. Caso contrário, uma abordagem metagenômica revelou a extraordinária complexidade da flora respiratória desses pacientes e, de certa forma inesperada, a abundância de anaeróbios, vírus e bacteriófagos. Além disso, foi demonstrado que alguns antibióticos comumente utilizados na prática clínica para o tratamento de infecções respiratórias foram capazes de induzir esses bacteriófagos, sugerindo a existência de transferência lateral de genes por transdução. O microbioma humano é o conjunto de comunidades microbianas associadas ao corpo humano e representa todos os microrganismos vivos no corpo. Seu papel no desenvolvimento da imunidade foi recentemente demonstrado, sugerindo que mudanças neste ecossistema desempenham um papel crítico na evolução de várias doenças humanas. Por exemplo, na obesidade, foi demonstrado que existe uma relação entre a microbiota intestinal humana e o estado nutricional e metabólico dos hospedeiros e alterações específicas dessa microbiota intestinal podem representar uma assinatura metagenômica dessa doença. A evolução da microbiota respiratória em pacientes com fibrose cística, cujo estado nutricional é frequentemente prejudicado (desnutrição crônica por distúrbio da absorção digestiva) e recebendo tratamentos antibióticos regulares permanece desconhecida até o momento. A caracterização desse ecossistema e seu papel é um passo crítico para entender o curso evolutivo da doença.

O principal objetivo deste estudo seminal é descrever e caracterizar a microbiota respiratória de amostras de escarro obtidas de um número limitado de pacientes selecionados com FC de 5 centros regionais de atendimento (CRCM) do sul da França (rede Mucomed) (2 pacientes por centro : 6 adultos e 4 crianças), com estado clínico, microbiológico e funcional semelhante antes e depois de uma cura com antibióticos. Diferentes ferramentas microbiológicas serão utilizadas, incluindo sistemas de cultura axênica, co-cultura em amebas para isolar e identificar as comunidades microbianas. A identificação das bactérias será feita por espectrometria de massa MALDI-TOF e/ou técnicas moleculares. Além disso, a amplificação de 16S rRNA por PCR seguida de clonagem e sequenciamento de produtos de PCR da mesma amostra de escarro será realizada para identificar e comparar as espécies bacterianas identificadas por métodos moleculares. Numa segunda fase, uma vez caracterizada a microbiota respiratória, será interessante desenvolver um microarray dedicado que permita detetar todas as bactérias identificadas na primeira fase do projeto e avaliar a sua pertinência numa coorte maior de doentes com FQ estudando a correlação entre a microbiota respiratória e o estado clínico dos pacientes de acordo com os tratamentos antibióticos prescritos.

Este estudo abrirá novas perspectivas clínicas e nos ajudará a determinar o papel potencial dos antibióticos na evolução da microbiota durante o tratamento de acordo com as práticas regionais de saúde. Isso contribuirá para entender melhor o papel da microbiota na evolução dessas infecções respiratórias crônicas. Pode ser o primeiro passo para estratégias terapêuticas inovadoras, levando em consideração o equilíbrio da flora microbiana complexa e possivelmente evoluindo de acordo com terapias antibióticas. Também poderia fazer parte de uma estratégia preventiva maior contra a transmissão de patógenos específicos na FC.