Клиническое течение и изменения респираторной микробиоты на фоне антибактериальной терапии у больных муковисцидозом

Бронхолегочная инфекция является наиболее частым и серьезным осложнением эволюционного течения муковисцидоза (МВ). Введение антибиотиков, адаптированных к инфицированию возбудителей, является одним из ключевых вопросов его лечения. Однако более половины пациентов с муковисцидозом имеют хронические респираторные инфекции, возбудитель которых остается неизвестным, что приводит к эмпирической антибактериальной терапии, не адаптированной к возбудителям. Недавно для описания и характеристики микробных агентов у пациентов с муковисцидозом были применены новые технологии, включая методы молекулярной биологии, которые позволили нам обнаруживать и идентифицировать новые и/или появляющиеся патогены. Более того, более сложные молекулярные методы, такие как пиросеквенирование, ПЦР-амплификация и клонирование, позволили нам продемонстрировать огромное микробное разнообразие, связанное с хроническими бронхолегочными инфекциями в этой популяции. В остальном метагеномный подход выявил необычайную сложность респираторной флоры у этих пациентов и, что несколько неожиданно, обилие анаэробов, вирусов и бактериофагов. Кроме того, было показано, что некоторые антибиотики, обычно используемые в клинической практике для лечения респираторных инфекций, способны индуцировать эти бактериофаги, что указывает на существование латерального переноса генов путем трансдукции. Микробиом человека представляет собой совокупность микробных сообществ, связанных с человеческим телом, и представляет собой все живые микроорганизмы в организме. Недавно была продемонстрирована его роль в развитии иммунитета, что позволяет предположить, что изменения в этой экосистеме играют решающую роль в развитии ряда заболеваний человека. Например, при ожирении было показано, что существует связь между кишечной микробиотой человека и пищевым и метаболическим статусом хозяев, и специфические изменения этой кишечной микробиоты могут представлять собой метагеномный признак этого заболевания. Эволюция респираторной микробиоты у больных муковисцидозом, чей нутритивный статус часто нарушен (хроническая недостаточность питания вследствие нарушения всасывания в пищеварительном тракте) и получающих регулярную антибактериальную терапию, до настоящего времени остается неизвестной. Характеристика этой экосистемы и ее роли является важным шагом для понимания эволюционного течения болезни.

Основная цель этого основополагающего исследования — описать и охарактеризовать респираторную микробиоту из образцов мокроты, полученных от ограниченного числа отобранных пациентов с муковисцидозом из 5 региональных медицинских центров (CRCM) на юге Франции (сеть Mucomed) (по 2 пациента в каждом центре). : 6 взрослых и 4 детей) со сходным клинико-микробиологическим и функциональным статусом до и после курса антибиотикотерапии. Будут использоваться различные микробиологические инструменты, в том числе аксенические системы культивирования, совместное культивирование амеб для выделения и идентификации микробных сообществ. Идентификация бактерий будет проводиться с использованием масс-спектрометрии MALDI-TOF и/или молекулярных методов. Кроме того, будет проведена ПЦР-амплификация 16S рРНК с последующим клонированием и секвенированием продуктов ПЦР из одного и того же образца мокроты для идентификации и сравнения видов бактерий, идентифицированных с помощью молекулярных методов. На втором этапе, когда респираторная микробиота будет охарактеризована, будет интересно разработать специальный микрочип, который позволит обнаружить все бактерии, идентифицированные на первом этапе проекта, и оценить их значимость для большей когорты пациентов с муковисцидозом. путем изучения корреляции между микробиотой дыхательных путей и клиническим статусом больных в зависимости от назначенной антибактериальной терапии.

Это исследование откроет новые клинические перспективы и поможет нам определить потенциальную роль антибиотиков в эволюции микробиоты во время лечения в соответствии с региональной практикой здравоохранения. Это будет способствовать лучшему пониманию роли микробиоты в развитии этих хронических респираторных инфекций. Это может стать первым шагом к инновационным терапевтическим стратегиям, учитывающим баланс сложной микробной флоры и, возможно, развивающимся в соответствии с терапией антибиотиками. Это также может стать частью более широкой профилактической стратегии против передачи конкретных патогенов при муковисцидозе.