Curso Clínico y Cambios en la Microbiota Respiratoria Basados ​​en el Tratamiento Antibiótico en Pacientes con Fibrosis Quística

La infección broncopulmonar es la complicación más frecuente y grave en el curso evolutivo de la fibrosis quística (FQ). La administración de antibióticos adaptados a los patógenos infectantes es uno de los aspectos clave para su manejo. Sin embargo, más de la mitad de los pacientes con FQ tienen infecciones respiratorias crónicas para las que se desconoce el agente infeccioso, lo que lleva a terapias antibióticas empíricas que no se adaptan a los agentes causales. Recientemente, se han aplicado nuevas tecnologías para la descripción y caracterización de agentes microbianos en pacientes con FQ incluyendo técnicas de biología molecular que permitieron detectar e identificar patógenos nuevos y/o emergentes. Además, técnicas moleculares más sofisticadas como la pirosecuenciación y la amplificación y clonación por PCR nos permiten demostrar la enorme diversidad microbiana asociada a las infecciones broncopulmonares crónicas en esta población. Por lo demás, un enfoque metagenómico reveló la extraordinaria complejidad de la flora respiratoria en estos pacientes y, algo inesperado, la abundancia de anaerobios, virus y bacteriófagos. Además, se ha demostrado que algunos antibióticos de uso común en la práctica clínica para el tratamiento de infecciones respiratorias eran capaces de inducir estos bacteriófagos, sugiriendo la existencia de transferencia lateral de genes por transducción. El microbioma humano es el conjunto de comunidades microbianas asociadas con el cuerpo humano y representa a todos los microorganismos vivos en el cuerpo. Recientemente se ha demostrado su papel en el desarrollo de la inmunidad, lo que sugiere que los cambios en este ecosistema juegan un papel fundamental en la evolución de varias enfermedades humanas. Por ejemplo, en la obesidad se ha demostrado que existe una relación entre la microbiota intestinal humana y el estado nutricional y metabólico de los huéspedes y alteraciones específicas de esta microbiota intestinal pueden representar una firma metagenómica de esta enfermedad. Se desconoce hasta el momento la evolución de la microbiota respiratoria en pacientes con fibrosis quística, cuyo estado nutricional suele estar alterado (desnutrición crónica por trastorno de la absorción digestiva) y que reciben tratamientos antibióticos de forma periódica. La caracterización de este ecosistema y su papel es un paso crítico para comprender el curso evolutivo de la enfermedad.

El objetivo principal de este estudio seminal es describir y caracterizar la microbiota respiratoria a partir de muestras de esputo obtenidas de un número limitado de pacientes seleccionados con FQ de 5 centros regionales de atención (CRCM) del sur de Francia (red Mucomed) (2 pacientes por centro : 6 adultos y 4 niños), con similar estado clínico, microbiológico y funcional antes y después de una cura antibiótica. Se utilizarán diferentes herramientas microbiológicas, incluidos sistemas de cultivo axénico, cocultivo en amebas para aislar e identificar las comunidades microbianas. La identificación de bacterias se realizará mediante espectrometría de masas MALDI-TOF y/o técnicas moleculares. Además, se llevará a cabo la amplificación por PCR de 16S rRNA seguida de clonación y secuenciación de productos de PCR de la misma muestra de esputo para identificar y comparar las especies bacterianas identificadas mediante métodos moleculares. En un segundo paso, una vez caracterizada la microbiota respiratoria, será interesante desarrollar un microarreglo específico que permita detectar todas las bacterias identificadas en la primera etapa del proyecto y evaluar su relevancia en una cohorte mayor de pacientes con FQ estudiando la correlación entre la microbiota respiratoria y el estado clínico de los pacientes según los tratamientos antibióticos prescritos.

Este estudio abrirá nuevas perspectivas clínicas y nos ayudará a determinar el papel potencial de los antibióticos en la evolución de la microbiota durante el tratamiento según las prácticas sanitarias regionales. Esto contribuirá a comprender mejor el papel de la microbiota en la evolución de estas infecciones respiratorias crónicas. Podría ser el primer paso para estrategias terapéuticas innovadoras, teniendo en cuenta el equilibrio de la flora microbiana compleja y posiblemente evolucionando de acuerdo con las terapias con antibióticos. También podría formar parte de una estrategia preventiva más amplia contra la transmisión de patógenos específicos en la FQ.