A cisztás fibrózisban szenvedő betegek klinikai lefolyása és a légúti mikrobióta változásai antibiotikus kezelés alapján

A bronchopulmonalis fertőzés a cisztás fibrózis (CF) evolúciós lefolyásának leggyakoribb és legsúlyosabb szövődménye. A kórokozók megfertőzésére adaptált antibiotikumok beadása a kezelés egyik kulcskérdése. A CF-ben szenvedő betegek több mint felének azonban krónikus légúti fertőzései vannak, amelyeknél a fertőző ágens továbbra is ismeretlen, ami empirikus antibiotikum-terápiákhoz vezet, amelyek nem igazodnak a kórokozókhoz. A közelmúltban új technológiákat alkalmaztak a CF-betegek mikrobiális ágenseinek leírására és jellemzésére, beleértve a molekuláris biológiai technikákat, amelyek lehetővé tették számunkra az új és/vagy feltörekvő kórokozók kimutatását és azonosítását. Ezen túlmenően a kifinomultabb molekuláris technikák, mint például a piroszekvenálás és a PCR-amplifikáció és klónozás, arra késztetnek bennünket, hogy bemutassuk a krónikus bronchopulmonalis fertőzésekkel kapcsolatos hatalmas mikrobiális sokféleséget ebben a populációban. Egyébként a metagenomikus megközelítés feltárta ezeknél a betegeknél a légúti flóra rendkívüli összetettségét, és némileg váratlan módon az anaerobok, vírusok és bakteriofágok bőségét. Ezenkívül kimutatták, hogy egyes, a klinikai gyakorlatban légúti fertőzések kezelésére általánosan használt antibiotikumok képesek indukálni ezeket a bakteriofágokat, ami arra utal, hogy a transzdukciós géntranszfer oldalsó géntranszfer létezik. Az emberi mikrobiom az emberi testhez kapcsolódó mikrobiális közösségek összessége, és a testben lévő összes élő mikroorganizmust képviseli. Szerepe az immunitás kialakulásában a közelmúltban bebizonyosodott, ami arra utal, hogy az ökoszisztéma változásai kritikus szerepet játszanak számos emberi betegség kialakulásában. Például az elhízás esetében kimutatták, hogy kapcsolat van a bélben lévő emberi mikrobióta és a gazdaszervezetek táplálkozási és metabolikus állapota között, és ezen bélmikrobióta specifikus változásai ennek a betegségnek a metagenomikus jelei lehetnek. A légúti mikrobióta fejlődése cisztás fibrózisban szenvedő betegeknél, akiknek táplálkozási állapota gyakran károsodott (emésztési felszívódási zavar miatt krónikus alultápláltság) és rendszeres antibiotikus kezelésben részesülő betegeknél a mai napig ismeretlen. Ennek az ökoszisztémának és szerepének jellemzése kritikus lépés a betegség evolúciós lefolyásának megértésében.

Ennek az alapvető vizsgálatnak a fő célja a légúti mikrobióta leírása és jellemzése olyan köpetmintákból, amelyeket korlátozott számú kiválasztott CF-es betegtől vettek 5 dél-franciaországi regionális gondozási központból (CRCM) (Mucomed hálózat) (központonként 2 beteg). : 6 felnőtt és 4 gyermek), hasonló klinikai, mikrobiológiai és funkcionális állapotúak az antibiotikumok kúra előtt és után. Különböző mikrobiológiai eszközöket fognak használni, beleértve axénikus tenyésztési rendszereket, amőbákon történő együtttenyésztést a mikrobiális közösségek izolálására és azonosítására. A baktériumok azonosítása MALDI-TOF tömegspektrometriával és/vagy molekuláris technikákkal történik. Ezenkívül 16S rRNS PCR-amplifikációt, majd ugyanabból a köpetmintából származó PCR-termékek klónozását és szekvenálását végzik el a molekuláris módszerekkel azonosított baktériumfajok azonosítása és összehasonlítása érdekében. A második lépésben, a légúti mikrobiota jellemzése után érdekes lesz egy dedikált microarray kifejlesztése, amely lehetővé teszi a projekt első szakaszában azonosított összes baktérium kimutatását, és annak relevanciájának felmérését a CF-ben szenvedő betegek nagyobb csoportjában. a légúti mikrobiota és a betegek klinikai állapota közötti összefüggés vizsgálatával az előírt antibiotikum kezelések szerint.

Ez a tanulmány új klinikai távlatokat nyit, és segít meghatározni az antibiotikumok lehetséges szerepét a kezelés során a mikrobiota evolúciójában a regionális egészségügyi gyakorlatnak megfelelően. Ez hozzájárul a mikrobiota szerepének jobb megértéséhez e krónikus légúti fertőzések kialakulásában. Ez lehet az első lépés az innovatív terápiás stratégiák kidolgozásához, figyelembe véve a komplex mikrobiális flóra egyensúlyát és esetleg az antibiotikum-terápiák szerint fejlődve. Részét képezheti a CF-ben előforduló specifikus kórokozók átvitele elleni nagyobb megelőző stratégia is.