Podoconiosis의 유전적 및 기타 측면

이 연구 프로토콜은 에티오피아의 사례와 대조군을 비교하여 포도코니아증의 유전자 발현 차이와 면역학적 프로필 및 조직병리학적 프리젠테이션을 연구하도록 설계되었습니다. Podoconiosis는 맨발로 화산 기원의 자극성 황토 토양에 장기간 맨발로 노출되어 발생하는 하지의 지구화학적 림프부종입니다. 이 질병은 막대한 사회적, 경제적 부담을 주며 열대 아프리카, 중남미, 북인도에서 400만 명이 넘는 사람들에게 영향을 미칩니다. podoconiosis의 병리학적 변화는 아직 알려지지 않았으며 질병의 조직 병리학적 특징은 잘 연구되지 않았습니다. 우리의 최근 게놈 차원의 연관성 연구는 HLA 클래스 II 유전자(HLA-DRB1, -DQB1 및 -DQA1)의 변이가 포도코니아증과 연관되어 있음을 밝혔으며, 이 질병이 T세포 매개 염증 상태일 수 있음을 시사합니다(New Eng J Med 2012 ). 현재 연구의 목적은 포도코니아증 환자와 건강한 대조군 사이의 면역학적 프로필과 유전자 발현 차이를 조사하는 것입니다. 이 연구에는 에티오피아의 100건(초기 50건 및 진행기 50건)으로 구성된 150명의 피험자와 50명의 대조군이 포함됩니다. 익명 처리된 폐기 피부 조직 샘플은 Bahir Dar 병원에서 결절 절제술(결절의 외과적 절제)을 받는 50명의 진행 단계 환자의 절제된 결절에서 얻을 것입니다. 펀치 생검은 Dur-Bete에서 일상적인 치료를 받는 50명의 초기 단계 포도코니아증 환자의 영향을 받는 피부 조직(표피 및 진피)에서 얻을 것입니다.

Podoconiosis Center, Bahir Dar 병원에서 하지 정형외과 수술을 받는 대조군 50명의 정상 피부 조직(표피 및 진피). 우리는 또한 모든 포도코니아증 환자의 하지의 영향을 받지 않은 부위에서 6mm 피부 조직 펀치 생검과 모든 연구 대상의 말초 혈액 샘플(PBS)을 얻을 것입니다. PBS의 RNA와 다른 세포에서 분리된 T 세포는 에티오피아 Armauer Hansen 연구소(AHRI)에서 추출되어 액체 질소에 보관될 피부 생검과 함께 CRGGH/NHGRI로 배송됩니다. 백업 샘플은 AHRI에 보관됩니다. 높은 처리량의 RNA 시퀀싱 기술인 RNA-seq를 사용하여 상보적 DNA(cDNA)를 시퀀싱한 다음 시퀀싱 리드를 게놈에 매핑하여 전사체를 특성화합니다. mRNA로부터 이중 가닥 cDNA의 생성 및 cDNA 농도의 정량화는

NIH의 실험실에서 수행됩니다. 시퀀싱은 상업적 고처리량 시퀀싱 회사인 Illumina 인증 서비스 제공업체인 SeqWright(Houston, TX)에서 수행합니다. 면역학적 프로파일링은 FACSCalibur 유형 유세포 분석기를 사용하여 수행됩니다. 데이터 분석은 아래에 설명된 대로 적절한 통계 프로그램 및 파이프라인 제품군을 사용하여 수행됩니다. 이 연구는 포도콘증 환자와 대조군 사이의 차등적 유전자 발현을 밝힐 것으로 기대된다. 또한, 질병의 다양한 임상 단계를 통해 포도코니아증 환자의 유전자 발현 시그니처의 진화를 도표화할 것입니다. 이 발견은 잠재적으로 질병의 임상적 및 유전적 특성을 보완하는 바이오마커로 이어질 수 있습니다. 조직병리학적 연구는 질병의 스펙트럼 전반에 걸친 피부 및 면역학적 반응에 대한 풍부한 설명을 제공할 것입니다. 질병의 임상적, 면역학적, 유전적, 세포적 및 분자적 특성의 통합은 이 소외된 열대 질병의 자연사 및 병인에 대한 모델 개발을 촉진할 것입니다.