Genética e outros aspectos da podoconiose

Este protocolo de pesquisa é projetado para estudar os diferenciais de expressão gênica e o perfil imunológico e a apresentação histopatológica da podoconiose, comparando casos e controles na Etiópia. A podoconiose é um linfedema geoquímico dos membros inferiores resultante da exposição prolongada de pés descalços a solos argilosos vermelhos irritantes de origem vulcânica. A doença impõe enorme carga social e econômica e afeta mais de 4 milhões de indivíduos na África tropical, América Central e do Sul e norte da Índia. As alterações patológicas na podoconiose ainda não são conhecidas e as características histopatológicas da doença não foram bem estudadas. Nosso recente estudo de associação do genoma revelou que variantes nos genes HLA classe II (HLA-DRB1, -DQB1 e -DQA1) estão associadas à podoconiose e sugere que a doença pode ser uma condição inflamatória mediada por células T (New Eng J Med 2012 ). Os objetivos do presente estudo são investigar os perfis imunológicos e as diferenças de expressão gênica entre pacientes com podoconiose e controles saudáveis. O estudo incluirá 150 indivíduos consistindo em 100 casos (50 em estágio inicial e 50 em estágio avançado) e 50 controles da Etiópia. Amostras anônimas de tecido cutâneo descartado serão obtidas de nódulos extirpados de 50 pacientes em estágio avançado submetidos a nodulectomia (excisões cirúrgicas de nódulos) no Hospital Bahir Dar. Biópsias de punção serão obtidas de tecidos de pele afetados (epiderme e derme) de 50 pacientes com podoconiose em estágio inicial que fazem tratamento de rotina em Dur-Bete

Centro de Podoconiose e tecidos normais da pele (epiderme e derme) de 50 indivíduos de controle submetidos a cirurgia ortopédica da parte inferior das pernas no Hospital Bahir Dar. Também obteremos biópsias de tecido de pele de 6 mm das áreas não afetadas nos membros inferiores de todos os pacientes com podoconiose e amostras de sangue periférico (PBS) de todos os indivíduos do estudo. O RNA do PBS e das células T separadas de outras células será extraído no Armauer Hansen Research Institute of Ethiopia (AHRI) e será enviado junto com as biópsias de pele que serão mantidas em nitrogênio líquido para o CRGGH/NHGRI. As amostras de backup serão mantidas no AHRI. Usaremos o RNA-seq, uma tecnologia de sequenciamento de RNA de alto rendimento, para caracterizar o transcriptoma por meio do sequenciamento de DNAs complementares (cDNAs) seguido do mapeamento das leituras de sequência para o genoma. A geração de cDNA de fita dupla a partir de mRNA e a quantificação da concentração de cDNA serão

ser feito em nosso laboratório no NIH. O sequenciamento será feito por uma empresa comercial de sequenciamento de alto rendimento, a SeqWright (Houston, TX), uma prestadora de serviços certificada pela Illumina. O perfil imunológico será feito usando uma citometria de fluxo do tipo FACSCalibur. A análise dos dados será feita usando programas estatísticos apropriados e conjuntos de pipeline conforme descrito abaixo. Espera-se que este estudo revele a expressão gênica diferencial entre pacientes e controles com podoconiose. Além disso, mapeará a evolução das assinaturas de expressão gênica em pacientes com podoconiose ao longo dos diferentes estágios clínicos da doença. As descobertas podem potencialmente levar a biomarcadores que complementam as características clínicas e genéticas da doença. Os estudos histopatológicos fornecerão uma rica descrição da resposta cutânea e imunológica em todo o espectro da doença. A integração das características clínicas, imunológicas, genéticas, celulares e moleculares da doença facilitará o desenvolvimento de um modelo para a história natural e patogênese dessa doença tropical negligenciada.