足癣的遗传和其他方面

该研究方案旨在通过比较埃塞俄比亚的病例和对照来研究足病的基因表达差异和免疫学特征以及组织病理学表现。 足癣是一种下肢的地球化学淋巴水肿，由长期赤脚暴露于刺激性的火山红粘土引起。 这种疾病造成了巨大的社会和经济负担，影响了热带非洲、中美洲和南美洲以及印度北部的超过 400 万人。 足病的病理变化尚不清楚，该病的组织病理学特征也未得到充分研究。 我们最近的全基因组关联研究表明，HLA II 类基因（HLA-DRB1、-DQB1 和 -DQA1）的变异与足病有关，并表明该疾病可能是 T 细胞介导的炎症（New Eng J Med 2012） ). 本研究的目的是调查足部病患者和健康对照者之间的免疫学特征和基因表达差异。 该研究将包括 150 个受试者，包括 100 个病例（50 个早期阶段和 50 个晚期阶段），以及来自埃塞俄比亚的 50 个对照。 将从 50 名在 Bahir Dar 医院接受结节切除术（结节手术切除）的晚期患者的切除结节中获取匿名丢弃的皮肤组织样本。 将从 50 名在 Dur-Bete 接受常规治疗的早期足癣患者的受影响皮肤组织（表皮和真皮）进行穿刺活检

Podoconiosis 中心，以及 50 名在 Bahir Dar 医院接受小腿整形外科手术的对照受试者的正常皮肤组织（表皮和真皮）。 我们还将从所有足病患者下肢未受影响的区域和所有研究对象的外周血样本 (PBS) 中获取 6 毫米皮肤组织打孔活检。 来自 PBS 的 RNA 和与其他细胞分离的 T 细胞将在埃塞俄比亚的 Armauer Hansen 研究所 (AHRI) 中提取，并将与保存在液氮中的皮肤活检一起运送到 CRGGH/NHGRI。 备份样本将保存在 AHRI 中。 我们将使用 RNA-seq，一种高通量 RNA 测序技术，通过对互补 DNA (cDNA) 进行测序，然后将序列读数映射到基因组来表征转录组。 从 mRNA 产生双链 cDNA 并定量 cDNA 浓度

在我们的 NIH 实验室完成。 测序将由商业高通量测序公司 SeqWright（德克萨斯州休斯顿）完成，该公司是 Illumina 认证的服务提供商。 将使用 FACSCalibur 型流式细胞术进行免疫学分析。 数据分析将使用适当的统计程序和管道套件完成，如下所述。 这项研究有望揭示足病患者和对照组之间的差异基因表达。 此外，它将通过疾病的不同临床阶段绘制足部病患者基因表达特征的演变图。 这些发现可能会导致生物标志物补充该疾病的临床和遗传特征。 组织病理学研究将提供对整个疾病谱的皮肤和免疫反应的丰富描述。 该疾病的临床、免疫学、遗传、细胞和分子特征的整合将有助于开发这种被忽视的热带疾病的自然史和发病机制的模型。