ポドコニア症の遺伝的およびその他の側面

この研究プロトコルは、エチオピアの症例と対照を比較することにより、ポドコニア症の遺伝子発現の差異と免疫学的プロファイルおよび組織病理学的症状を研究するように設計されています。 ポドコニア症は、火山起源の刺激性の赤い粘土質土壌に長時間裸足でさらされた結果生じる、下肢の地球化学的リンパ浮腫です。 この病気は、社会的および経済的に大きな負担となり、熱帯アフリカ、中央および南アメリカ、北インドで 400 万人以上が罹患しています。 ポドコニア症の病理学的変化はまだわかっておらず、この疾患の組織病理学的特徴は十分に研究されていません。 私たちの最近のゲノムワイド関連研究では、HLA クラス II 遺伝子 (HLA-DRB1、-DQB1、および -DQA1) のバリアントがポドコニア症と関連していることが明らかになり、この疾患が T 細胞媒介性炎症状態である可能性が示唆されています (New Eng J Med 2012 ）。 本研究の目的は、ポドコニア症患者と健常対照者の間の免疫学的プロファイルと遺伝子発現の違いを調査することです。 この研究には、エチオピアからの 100 例 (初期段階 50 例と進行期 50 例)、および 50 人の対照からなる 150 人の被験者が含まれます。 匿名化された廃棄皮膚組織サンプルは、バハルダール病院で結節切除術 (結節の外科的切除) を受ける 50 人の進行期の患者の切除された結節から得られます。 パンチ生検は、Dur-Bete で通常の治療を受ける 50 人の初期段階のポドコニア症患者の影響を受けた皮膚組織 (表皮と真皮) から得られます。

ポドコニア症センター、およびバハルダール病院で下肢の整形外科手術を受けている 50 人の対照被験者の正常な皮膚組織 (表皮および真皮)。 また、すべてのポドコニア症患者の下肢の影響を受けていない領域から 6 mm の皮膚組織パンチ生検を取得し、すべての研究対象から末梢血サンプル (PBS) を取得します。 他の細胞から分離された PBS および T 細胞からの RNA は、エチオピアのアルマウアー ハンセン研究所 (AHRI) で抽出され、液体窒素で保存される皮膚生検と一緒に CRGGH/NHGRI に出荷されます。 バックアップサンプルは AHRI に保管されます。 ハイスループット RNA シーケンシング技術である RNA-seq を使用して、相補的 DNA (cDNA) をシーケンシングし、シーケンスリードをゲノムにマッピングすることによってトランスクリプトームを特徴付けます。 mRNAからの二本鎖cDNAの生成とcDNA濃度の定量化は、

NIH の私たちの研究室で行われます。 シーケンシングは、商用のハイスループット シーケンシング会社である SeqWright (テキサス州ヒューストン) であり、イルミナ認定サービス プロバイダーによって行われます。 免疫学的プロファイリングは、FACSCalibur タイプのフローサイトメトリーを使用して行われます。 データの分析は、以下に説明するように、適切な統計プログラムとパイプライン スイートを使用して行われます。 この研究は、ポドコニア症患者と対照の間の異なる遺伝子発現を明らかにすることが期待されています。 さらに、ポドコニア症患者の遺伝子発現シグネチャの進化を、疾患のさまざまな臨床段階を通じて図表化します。 この発見は、この疾患の臨床的および遺伝的特徴を補完するバイオマーカーにつながる可能性があります。 組織病理学的研究は、疾患のスペクトル全体にわたる皮膚および免疫学的反応の豊富な説明を提供します。 この病気の臨床的、免疫学的、遺伝的、細胞的および分子的特徴の統合は、この顧みられない熱帯病の自然史と病因のモデルの開発を促進します。