A podoconiosis genetikai és egyéb vonatkozásai

Ez a kutatási protokoll a génexpressziós különbségek és a podoconiosis immunológiai profiljának és hisztopatológiai bemutatásának tanulmányozására szolgál az etiópiai esetek és kontrollok összehasonlításával. A podoconiosis az alsó végtagok geokémiai eredetű nyiroködémája, amely a vulkáni eredetű, irritáló vörös agyagos talajoknak való hosszú távú mezítlábas expozíció eredménye. A betegség hatalmas társadalmi és gazdasági terheket ró, és több mint 4 millió embert érint a trópusi Afrikában, Közép- és Dél-Amerikában, valamint Észak-Indiában. A podoconiosis patológiás változásai még mindig nem ismertek, és a betegség kórszövettani jellemzőit nem vizsgálták kellően. A közelmúltban végzett, genomra kiterjedő asszociációs vizsgálatunk feltárta, hogy a HLA II. osztályú gének variánsai (HLA-DRB1, -DQB1 és -DQA1) kapcsolatban állnak a podoconiosissal, és arra utal, hogy a betegség T-sejtek által közvetített gyulladásos állapot lehet (New Eng J Med 2012). ). Jelen tanulmány célja a podoconiosisos betegek és az egészséges kontrollok immunológiai profiljainak és génexpressziós különbségeinek vizsgálata. A tanulmányban 150 alany vesz részt, 100 esetből (50 korai stádiumú és 50 előrehaladott stádiumú) és 50 kontrollcsoportból Etiópiából. A Bahir Dar Kórházban 50 előrehaladott stádiumú beteg kimetszett csomóiból anonimizált, selejt bőrszövetmintákat vesznek, akiknél csomók eltávolítása (sebészeti csomók kimetszése) esett át. A Dur-Bétében rutinkezelésben részt vevő 50 korai stádiumú podoconiosisos beteg érintett bőrszöveteiből (epidermisz és irha) ütési biopsziát vesznek.

Podoconiosis Központ, valamint 50 kontroll alany normál bőrszövetei (hám és irha), akiket a Bahir Dar Kórházban ortopédiai lábszárműtéten végeztek. Ezenkívül 6 mm-es bőrszövet-lyukasztási biopsziát veszünk az összes podoconiosisos beteg alsó végtagjainak nem érintett területeiről, valamint perifériás vérmintákat (PBS) minden vizsgálati alanytól. A PBS-ből és a többi sejttől elválasztott T-sejtekből származó RNS-t az Armauer Hansen Research Institute of Ethiopia-ban (AHRI) vonják ki, és a folyékony nitrogénben tárolt bőrbiopsziákkal együtt szállítják a CRGGH/NHGRI-hez. A tartalék mintákat az AHRI tárolja. Az RNA-seq-et, egy nagy teljesítményű RNS szekvenálási technológiát fogjuk használni a transzkriptom jellemzésére komplementer DNS-ek (cDNS-ek) szekvenálásával, majd a szekvencia leolvasásával a genomba. Kétszálú cDNS előállítása mRNS-ből és a cDNS-koncentráció mennyiségi meghatározása

a NIH laboratóriumunkban kell elvégezni. A szekvenálást egy kereskedelmi nagy áteresztőképességű szekvenáló cég, a SeqWright (Houston, TX), az Illumina tanúsított szolgáltatója végzi. Az immunológiai profilalkotás FACSCalibur típusú áramlási citometriával történik. Az adatok elemzése megfelelő statisztikai programok és folyamatcsomagok segítségével történik az alábbiak szerint. Ez a vizsgálat várhatóan feltárja a génexpresszió különbségét a podoconiosisos betegek és a kontrollok között. Ezenkívül feltérképezi a génexpressziós aláírások fejlődését podoconiosisos betegekben a betegség különböző klinikai stádiumaiban. Az eredmények potenciálisan olyan biomarkerekhez vezethetnek, amelyek kiegészítik a betegség klinikai és genetikai jellemzőit. A kórszövettani vizsgálatok gazdag leírást adnak a bőr és immunológiai válaszokról a betegség teljes spektrumában. A betegség klinikai, immunológiai, genetikai, sejtes és molekuláris jellemzőinek integrálása megkönnyíti ennek az elhanyagolt trópusi betegségnek a természeti történetének és patogenezisének modelljének kidolgozását.