Aspects génétiques et autres de la podoconiose

Ce protocole de recherche est conçu pour étudier les différentiels d'expression génique et le profil immunologique et la présentation histopatologique de la podoconiose en comparant les cas et les témoins en Éthiopie. La podoconiose est un lymphœdème géochimique des membres inférieurs résultant d'une exposition pieds nus de longue durée à des sols argileux rouges irritants d'origine volcanique. La maladie impose un énorme fardeau social et économique et touche plus de 4 millions de personnes en Afrique tropicale, en Amérique centrale et du Sud et en Inde du Nord. Les modifications pathologiques de la podoconiose ne sont toujours pas connues et les caractéristiques histopathologiques de la maladie n'ont pas été bien étudiées. Notre récente étude d'association à l'échelle du génome a révélé que des variants des gènes HLA de classe II (HLA-DRB1, -DQB1 et -DQA1) sont associés à la podoconiose et suggèrent que la maladie pourrait être une affection inflammatoire médiée par les lymphocytes T (New Eng J Med 2012 ). Les objectifs de la présente étude sont d'étudier les profils immunologiques et les différences d'expression génique entre les patients atteints de podoconiose et les témoins sains. L'étude comprendra 150 sujets composés de 100 cas (50 à un stade précoce et 50 à un stade avancé) et 50 témoins d'Éthiopie. Des échantillons anonymes de tissus cutanés rejetés seront obtenus à partir de nodules excisés de 50 patients à un stade avancé qui subissent une nodulectomie (excisions chirurgicales de nodules) à l'hôpital de Bahir Dar. Des biopsies à l'emporte-pièce seront obtenues à partir de tissus cutanés affectés (épiderme et derme) de 50 patients atteints de podoconiose à un stade précoce qui suivent un traitement de routine à Dur-Bete

Centre de podoconiose et tissus cutanés normaux (épiderme et derme) de 50 sujets témoins subissant une chirurgie orthopédique de la partie inférieure des jambes à l'hôpital de Bahir Dar. Nous obtiendrons également des biopsies à l'emporte-pièce de tissu cutané de 6 mm des zones non affectées des membres inférieurs de tous les patients atteints de podoconiose et des échantillons de sang périphérique (PBS) de tous les sujets de l'étude. L'ARN du PBS et des cellules T séparés des autres cellules sera extrait à l'Institut de recherche Armauer Hansen d'Éthiopie (AHRI) et sera expédié avec des biopsies cutanées qui seront conservées dans de l'azote liquide au CRGGH/NHGRI. Les échantillons de sauvegarde seront conservés à l'AHRI. Nous utiliserons RNA-seq, une technologie de séquençage d'ARN à haut débit, pour caractériser le transcriptome en séquençant des ADN complémentaires (ADNc) suivi d'une cartographie de la séquence lue sur le génome. La génération d'ADNc double brin à partir d'ARNm et la quantification de la concentration d'ADNc

être fait dans notre laboratoire au NIH. Le séquençage sera effectué par une société commerciale de séquençage à haut débit, SeqWright (Houston, TX), un fournisseur de services certifié Illumina. Le profilage immunologique sera réalisé à l'aide d'une cytométrie en flux de type FACSCalibur. L'analyse des données sera effectuée à l'aide de programmes statistiques et de suites de pipelines appropriés, comme décrit ci-dessous. Cette étude devrait révéler une expression génique différentielle entre les patients atteints de podoconiose et les témoins. En outre, il tracera l'évolution des signatures d'expression génique chez les patients atteints de podoconiose à travers les différents stades cliniques de la maladie. Les résultats pourraient potentiellement conduire à des biomarqueurs qui complètent les caractéristiques cliniques et génétiques de la maladie. Les études histopathologiques fourniront une riche description de la réponse cutanée et immunologique à travers le spectre de la maladie. L'intégration des caractéristiques cliniques, immunologiques, génétiques, cellulaires et moléculaires de la maladie facilitera le développement d'un modèle pour l'histoire naturelle et la pathogenèse de cette maladie tropicale négligée.