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- 미국 임상 시험 레지스트리
- 임상시험 NCT03677414
전립선암 환자의 안드로겐 수용체 축 및 DNA 손상 복구 유전자 분석
전립선암 환자의 혈장 DNA(ctDNA)에서 안드로겐 수용체 축 및 DNA 손상 복구 유전자 분석
이 프로젝트에서는 거세 민감성 전립선암(CRPC)에 초점을 맞추고자 합니다. 이것은 차별화되고 부담스러운 증상이 있는 매우 가변적인 임상상입니다. 예후를 추정하는 데 사용되는 임상 매개변수는 지금까지 매우 제한된 원자가만을 보여주었습니다. 유전자 마커는 지금까지 거의 조사되지 않았습니다.
예비 조사 과정에서 우리는 이미 59명의 전이성 전립선암 환자로부터 189개의 혈장 샘플을 분리할 수 있었습니다. 이러한 샘플은 매우 혁신적인 기술로 준비됩니다. "전체 게놈 시퀀싱", 치료 하의 유전적 변화의 스펙트럼 및 관련 종양 진화에 대한 포괄적인 통찰력을 얻기 위해. 이러한 결과는 이전 수술에서 유래한 각 전립선 종양의 유전 물질과 비교되어야 합니다. 복제 수 변화, 돌연변이 및 유전자 발현에 대한 결과를 산출할 이 매우 포괄적인 데이터를 통해 전례 없는 해상도의 신호 경로를 분석하여 환자의 표적 요법의 효능을 높이고 비효과적인 요법 부작용의 부담을 최소화할 수 있습니다.
연구 개요
상태
정황
상세 설명
연구자들은 아비라테론/엔잘루타미드로 치료받은 전이된 CRPC 환자 59명으로부터 189개의 혈장 샘플을 수집했습니다. 낮은(즉, z-점수 ≤5; <10% ctDNA에 해당) 대 높은(z-점수 >5; ≥10% ctDNA에 해당) ctDNA의 게놈 복잡성 연구자들은 수정된 빠른 이수성 스크리닝 테스트 시퀀싱 시스템(mFAST-SeqS)을 사용했습니다. 이수성 마커(z-점수). z 점수가 낮은 총 106개의 혈장 샘플은 VAF가 0.1%로 낮은 돌연변이를 검출할 수 있는 AVENIO ctDNA 확장 키트로만 평가됩니다. 증가된 z-점수가 있는 83개의 혈장 샘플에서 높은 적용 범위(70x)로 시퀀싱되어 돌연변이와 뉴클레오솜 위치가 모두 획득된 시퀀스에서 추출될 수 있습니다. 다른 32개의 높은 z-점수 샘플을 사용하여 혈장-Seq를 수행하여 게놈 전체의 복제 수 프로파일을 확립하고 31개의 전립선암 유전자를 강화하여 이러한 유전자의 돌연변이를 스크리닝할 것입니다.
현재 전이성 전립선암 환자에게 가장 적합한 치료 옵션을 결정하기 위해 어떤 매개변수를 사용해야 하는지에 대한 증거는 없습니다. 제안된 혁신적인 기술, 즉 뉴클레오솜 위치 매핑 및 유전자 발현 분석은 뉴클레오솜 위치의 체계적인 지도를 제공할 것입니다. 70x로 혈장 샘플을 시퀀싱하면 전이성 전립선암의 돌연변이 스펙트럼에 대한 포괄적인 보기를 추가로 제공할 것입니다. 1차 종양 분석을 포함함으로써 전립선암 게놈 진화에 대한 전례 없는 관점을 얻을 수 있습니다. 전반적으로 포괄적인 데이터 세트(카피 수 변화, 돌연변이, 유전자 발현)를 통해 전례 없는 해상도로 경로 분석을 수행할 수 있습니다.
연구 유형
등록 (예상)
연락처 및 위치
연구 장소
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Graz, 오스트리아, 8010
- Institute of Human Genetics, Medical University of Graz
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
연구 대상 성별
샘플링 방법
연구 인구
이 연구에는 조직학적으로 전립선암 진단을 받고 아비라테론 및/또는 엔잘루타마이드 치료를 받은 남성이 포함됩니다.
참가자는 Graz의 의과 대학 병원에서 모집되었습니다.
설명
포함 기준:
- 대상자는 전립선암의 조직학적 진단이 입증되었습니다.
- 피험자는 아비라테론 및/또는 엔잘루타미드로 치료를 받았습니다.
제외 기준:
- 환자가 참여를 거부함
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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뉴클레오솜 포지셔닝 패턴
기간: 3 년
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여기에서 z-점수가 증가한 샘플(z-점수 >5, ≥10% ctDNA에 해당, 수정된 빠른 이수성 스크리닝 테스트 시퀀싱 시스템(mFAST-SeqS))은 높은 적용 범위(70x)로 시퀀싱되어 뉴클레오솜 위치가 얻은 시퀀스에서 추출됩니다.
TSS(transcriptional start site)에서와 같이 뉴클레오솜 점유는 발현된 유전자와 침묵 유전자(Ulz et al., Nat Genet 2016)에서 서로 다른 판독 깊이 커버리지 패턴을 초래하며, 정의된 환자의 뉴클레오솜 위치에 대한 체계적인 지도가 생성됩니다.
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3 년
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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CtDNA의 초점 증폭
기간: 3 년
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재발성 초점 증폭/획득 영역의 매핑(절대 수 및 크기) 및 초점 증폭/획득 영역에서 발현되는 유전자의 체계적인 카탈로그화에 의한 이러한 앰플리콘 내의 드라이버 유전자 식별.
초점 증폭의 식별을 용이하게 하기 위해 우리는 이전 간행물에서 적용한 앰플리콘 크기 및 유전자 밀도와 관련하여 매우 엄격하고 보수적인 기준을 적용합니다(Ulz et al., Nat Commun 2016; Ulz, Heitzer, Speicher, Nat Genet 2016).
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3 년
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전립선암 패널
기간: 3 년
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Plasma-Seq(즉,
AKAP9, APC, AR, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CTNNB1, EGFR, ERG, FOXA1, GNAS, GRIN2A, HRAS, KRAS, MED12, MLL, MLL2, MLL3, MLLT3, NOTCH1, NRG1, PIK3CA, PIK3CB, PIK3R1, PTEN, RB1, SPOP, TMPRSS2, TP53, ZFHX3).
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3 년
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임상 병리학 적 특성
기간: 3 년
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이전 및 후속 요법을 포함한 임상-병리학적 특성(PSA, NSE; 혈구수; 영상화에 의한 전이의 위치, 수 및 크기)의 문서화. 예측/예후 바이오마커를 식별하기 위해 혈장 DNA에서 새로 발생하는 게놈 변화 추가 2차 결과 측정)는 주어진 요법의 결과와 상관관계가 있을 것입니다.
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3 년
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원발성 종양 분석
기간: 3 년
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차세대 시퀀싱에 의한 원발성 종양의 카피 수 변화 측정, 즉
뉴클레오솜 위치와 비교하기 위한 SCNA-seq 및 RNA-Seq는 위를 참조하십시오.
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3 년
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협측 스왑
기간: 3 년
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구별 생식 계열 대 체세포 돌연변이
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3 년
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공동 작업자 및 조사자
수사관
- 수석 연구원: Jochen B Geigl, Prof, MD, Institute of Human Genetics
간행물 및 유용한 링크
일반 간행물
- Maia MC, Salgia M, Pal SK. Harnessing cell-free DNA: plasma circulating tumour DNA for liquid biopsy in genitourinary cancers. Nat Rev Urol. 2020 May;17(5):271-291. doi: 10.1038/s41585-020-0297-9. Epub 2020 Mar 17.
- Ulz P, Belic J, Graf R, Auer M, Lafer I, Fischereder K, Webersinke G, Pummer K, Augustin H, Pichler M, Hoefler G, Bauernhofer T, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Whole-genome plasma sequencing reveals focal amplifications as a driving force in metastatic prostate cancer. Nat Commun. 2016 Jun 22;7:12008. doi: 10.1038/ncomms12008.
- Ulz P, Heitzer E, Speicher MR. Co-occurrence of MYC amplification and TP53 mutations in human cancer. Nat Genet. 2016 Feb;48(2):104-6. doi: 10.1038/ng.3468. No abstract available.
- Ulz P, Thallinger GG, Auer M, Graf R, Kashofer K, Jahn SW, Abete L, Pristauz G, Petru E, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA. Nat Genet. 2016 Oct;48(10):1273-8. doi: 10.1038/ng.3648. Epub 2016 Aug 29.
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (예상)
연구 완료 (예상)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
이 연구와 관련된 용어
키워드
기타 연구 ID 번호
- FWF Project KLI 710-B26
- 21-228 ex 09/10 (기타 식별자: Ethics Committee at Med Uni Graz)
약물 및 장치 정보, 연구 문서
미국 FDA 규제 의약품 연구
미국 FDA 규제 기기 제품 연구
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