Androgeenireseptorien akselin ja DNA-vaurioita korjaavien geenien analyysi potilailla, joilla on eturauhassyöpä
Androgeenireseptorien akselin ja DNA-vaurioita korjaavien geenien analyysi plasman DNA:sta (ctDNA) potilailla, joilla on eturauhassyöpä
Tässä projektissa haluamme keskittyä kastraatioherkkään eturauhassyöpään (CRPC). Tämä on erittäin vaihteleva kliininen kuva, jossa on erilaisia ja rasittavia oireita. Ennusteen arvioimiseen käytetyt kliiniset parametrit ovat toistaiseksi osoittaneet vain hyvin rajallista valenssia; geneettisiä markkereita on toistaiseksi tutkittu vain harvoin.
Alustavien tutkimustemme aikana pystyimme eristämään jo 189 plasmanäytettä 59 potilaasta, joilla oli metastaattinen eturauhassyöpä. Nämä näytteet valmistetaan erittäin innovatiivisilla tekniikoilla, esim. "koko genomin sekvensointi", jotta saadaan kattava käsitys hoidon alaisten geneettisten muutosten kirjosta ja niihin liittyvästä kasvaimen evoluutiosta. Näitä tuloksia tulee verrata vastaavien eturauhaskasvainten geneettiseen materiaaliin, joka on peräisin aikaisemmista leikkauksista. Nämä erittäin kattavat tiedot, jotka antavat tuloksia kopioluvun muutoksista, mutaatioista ja geenien ilmentymisestä, mahdollistavat ennennäkemättömän resoluution signaalireittien analyysin kohdennettujen hoitojen tehokkuuden lisäämiseksi potilaissa ja tehottoman hoidon sivuvaikutusten taakan minimoimiseksi.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Tutkijat keräsivät 189 plasmanäytettä 59 potilaalta, joilla oli metastasoitunut CRPC ja joita hoidettiin abirateroni/entsalutamidilla. Plasman DNA-näytteiden kerrostamiseksi alhaisen (ts. z-pisteet ≤5; vastaa < 10 % ctDNA:ta) verrattuna korkeaan (z-pistemäärä > 5; vastaa ≥ 10 % ctDNA:n) genomista monimutkaisuutta ctDNA:ssa. Tutkijat käyttivät modifioitua nopeaa aneuploidiaseulontatesti-sekvensointijärjestelmää (mFAST-SeqS), joka tarjoaa plasmapohjaisen aneuploidian merkki (z-piste). Kaikkiaan 106 plasmanäytettä, joiden z-pistemäärä on alhainen, arvioidaan vain AVENIO ctDNA Expanded Kit -sarjalla, joka pystyy havaitsemaan mutaatioita niinkin alhaisilla VAF-arvoilla kuin 0,1 % . 83 plasmanäytteestä, joiden z-pistemäärä on kasvanut, sekvensoidaan suurella kattavuudella (70x), jotta saaduista sekvensseistä voidaan erottaa sekä mutaatiot että nukleosomiasemat. Muiden 32 korkean z-pisteen näytteen kanssa suoritetaan plasma-Seq genominlaajuisten kopiolukuprofiilien luomiseksi ja 31 eturauhassyöpägeeniä rikastetaan näiden geenien mutaatioiden seulomiseksi.
Tällä hetkellä ei ole näyttöä siitä, mitä parametreja tulisi käyttää päätettäessä, mitkä hoitovaihtoehdot ovat parhaita metastaattista eturauhassyöpäpotilaille. Ehdotetut innovatiiviset tekniikat, eli nukleosomien sijainnin kartoitus ja geeniekspressioanalyysit, tarjoavat systemaattisia karttoja nukleosomien asemista. Plasmanäytteiden sekvensointi 70x:llä antaa lisäksi kattavan kuvan metastaattisen eturauhassyövän mutaatiospektristä. Kun sisällytetään primaariset kasvainanalyysit, saadaan ennennäkemätön näkemys eturauhassyövän genomin evoluutiosta. Kaiken kaikkiaan kattava tietojoukko (kopioluvun muutokset, mutaatiot, geeniekspressio) mahdollistaa reittianalyysit ennennäkemättömällä resoluutiolla.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Odotettu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Graz, Itävalta, 8010
- Institute of Human Genetics, Medical University of Graz
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Tutkimukseen osallistuu miehiä, joilla on todistettu eturauhassyövän histologinen diagnoosi ja hoitoa abirateronilla ja/tai enzalutamidilla.
Osallistujat rekrytoitiin Grazin yliopistolliseen lääketieteelliseen sairaalaan.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- tutkittavalla on todistettu eturauhassyövän histologinen diagnoosi
- kohdetta hoidettiin abirateronilla ja/tai enzalutamidilla.
Poissulkemiskriteerit:
- potilas kieltäytyy osallistumasta
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Nukleosomien paikannusmallit
Aikaikkuna: 3 vuotta
|
Tässä näytteet, joiden z-pistemäärä on kasvanut (z-pisteet > 5; vastaa ≥10 % ctDNA:ta; modifioitu Fast Aneuploidy Screening Test-Sequencing System (mFAST-SeqS)), sekvensoidaan suurella kattavuudella (70x), jotta nukleosomien paikat voivat erotetaan saaduista sekvensseistä.
Kuten TSS:issä (transkription aloituspaikka), nukleosomien miehitys johtaa erilaisiin lukusyvyyden peittokuvioihin ekspressoituneissa ja hiljaisissa geeneissä (Ulz et al., Nat Genet 2016), järjestelmällisiä karttoja nukleosomien asemista määritellyillä potilailla luodaan.
|
3 vuotta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Fokaaliset vahvistukset ctDNA:ssa
Aikaikkuna: 3 vuotta
|
Kartoitus (absoluuttinen lukumäärä ja koko) toistuvien fokusoitujen alueiden/saavutettujen alueiden ja ohjaavien geenien tunnistaminen näissä amplikoneissa systemaattisella luetteloimalla geenit, jotka ilmentyvät fokaaliamplifikaatioissa/saaduissa alueilla.
Fokaalisten vahvistusten tunnistamisen helpottamiseksi sovellamme erittäin tiukkoja/konservatiivisia kriteereitä amplikonin koon ja geenitiheyden suhteen, joita sovellemme aikaisemmissa julkaisuissa (Ulz et al., Nat Commun 2016; Ulz, Heitzer, Speicher, Nat Genet 2016).
|
3 vuotta
|
|
Eturauhassyöpäpaneeli
Aikaikkuna: 3 vuotta
|
Rikastettujen eturauhassyöpägeenien mutaatiotaajuuden karakterisointi plasma-Seq:n avulla (ts.
AKAP9, APC, AR, pankkiautomaatti, BRAF, BRCA1, BRCA2, CTNNB1, EGFR, ERG, FOXA1, GNAS, GRIN2A, HRAS, KRAS, MED12, MLL, MLL2, MLL3, MLLT3, NOTCH1, NMR1, PIKCARG1, PIKCB3, PIKCAR PTEN, RB1, SPOP, TMPRSS2, TP53, ZFHX3).
|
3 vuotta
|
|
Kliinis-patologiset ominaisuudet
Aikaikkuna: 3 vuotta
|
Kliinis-patologisten ominaisuuksien (PSA, NSE; verenkuva; etäpesäkkeiden sijainti, lukumäärä ja koko kuvantamisen avulla) dokumentointi, mukaan lukien aikaisemmat ja myöhemmät hoidot. Ennakoivien/prognostisten biomarkkerien, äskettäin esiintyvien genomimuutosten tunnistaminen plasman DNA:ssa (katso ensisijainen tulos ja muut toissijaiset tulosmittaukset) korreloidaan tiettyjen hoitojen tulosten kanssa.
|
3 vuotta
|
|
Primaaristen kasvainten analyysit
Aikaikkuna: 3 vuotta
|
Primaaristen kasvainten kopiolukumuutosten mittaaminen seuraavan sukupolven sekvensoinnilla, ts.
SCNA-seq ja RNA-Seq vertailua varten nukleosomiasemiin, katso yllä.
|
3 vuotta
|
|
Suun vaihto
Aikaikkuna: 3 vuotta
|
Ero ituradan vs. somaattiset mutaatiot
|
3 vuotta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Tutkijat
- Päätutkija: Jochen B Geigl, Prof, MD, Institute of Human Genetics
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Yleiset julkaisut
- Maia MC, Salgia M, Pal SK. Harnessing cell-free DNA: plasma circulating tumour DNA for liquid biopsy in genitourinary cancers. Nat Rev Urol. 2020 May;17(5):271-291. doi: 10.1038/s41585-020-0297-9. Epub 2020 Mar 17.
- Ulz P, Belic J, Graf R, Auer M, Lafer I, Fischereder K, Webersinke G, Pummer K, Augustin H, Pichler M, Hoefler G, Bauernhofer T, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Whole-genome plasma sequencing reveals focal amplifications as a driving force in metastatic prostate cancer. Nat Commun. 2016 Jun 22;7:12008. doi: 10.1038/ncomms12008.
- Ulz P, Heitzer E, Speicher MR. Co-occurrence of MYC amplification and TP53 mutations in human cancer. Nat Genet. 2016 Feb;48(2):104-6. doi: 10.1038/ng.3468. No abstract available.
- Ulz P, Thallinger GG, Auer M, Graf R, Kashofer K, Jahn SW, Abete L, Pristauz G, Petru E, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA. Nat Genet. 2016 Oct;48(10):1273-8. doi: 10.1038/ng.3648. Epub 2016 Aug 29.
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)
Opintojen valmistuminen (Odotettu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- FWF Project KLI 710-B26
- 21-228 ex 09/10 (Muu tunniste: Ethics Committee at Med Uni Graz)
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .