Analýza osy androgenních receptorů a genů pro opravu poškození DNA u pacientů s rakovinou prostaty
Analýza genů pro opravu osy androgenních receptorů a poškození DNA z plazmové DNA (ctDNA) u pacientů s rakovinou prostaty
V tomto projektu bychom se chtěli zaměřit na kastračně senzitivní karcinom prostaty (CRPC). Jedná se o vysoce variabilní klinický obraz s diferencovanými a zatěžujícími příznaky. Klinické parametry používané k odhadu prognózy dosud vykazovaly pouze velmi omezenou valenci; genetické markery byly dosud zkoumány jen zřídka.
V průběhu našich předběžných šetření jsme již byli schopni izolovat 189 vzorků plazmy od 59 pacientů s metastatickým karcinomem prostaty. Tyto vzorky jsou připravovány vysoce inovativními technikami, např. „celogenomové sekvenování“, aby bylo možné získat komplexní pohled na spektrum genetických změn během terapie a související evoluci nádorů. Tyto výsledky by měly být porovnány s genetickým materiálem příslušných nádorů prostaty, který pochází z předchozích operací. Tato vysoce komplexní data, která přinesou výsledky o změnách počtu kopií, mutacích a genové expresi, umožní analýzu signálních drah s bezprecedentním rozlišením pro zvýšení účinnosti cílených terapií u pacientů a minimalizaci zátěže vedlejších účinků neúčinné terapie.
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Detailní popis
Výzkumníci odebrali 189 vzorků plazmy od 59 pacientů s metastázujícím CRPC léčených abirateronem/enzalutamidem. Aby bylo možné stratifikovat vzorky plazmové DNA na základě přítomnosti nízkých (tj. z-skóre ≤5; odpovídá <10 % ctDNA) oproti vysoké (z-skóre >5; odpovídá ≥10 % ctDNA) genomové komplexitě v ctDNA, výzkumníci použili modifikovaný systém rychlého aneuploidního screeningu a sekvenování (mFAST-SeqS), který poskytuje marker aneuploidie (z-skóre). Celkem 106 vzorků plazmy s nízkým z-skóre bude hodnoceno pouze s AVENIO ctDNA Expanded Kit, který je schopen detekovat mutace s VAF již od 0,1 %. Z 83 vzorků plazmy se zvýšeným z-skóre bude sekvenováno s vysokým pokrytím (70x), aby bylo možné ze získaných sekvencí extrahovat mutace i polohy nukleozomů. S dalšími 32 vzorky s vysokým z-skóre bude provedeno plasma-Seq pro stanovení profilů počtu kopií v celém genomu a 31 genů rakoviny prostaty bude obohaceno o screening mutací v těchto genech.
V současnosti neexistuje žádný důkaz, jaké parametry by měly být použity k rozhodnutí, které možnosti léčby jsou nejlepší pro pacienty s metastatickým karcinomem prostaty. Navrhované inovativní technologie, tj. mapování polohy nukleozomů a analýzy genové exprese, poskytnou systematické mapy poloh nukleozomů. Sekvenování vzorků plazmy 70x navíc poskytne komplexní pohled na mutační spektrum u metastatického karcinomu prostaty. Zahrnutím analýz primárních nádorů bude získán bezprecedentní pohled na evoluci genomu karcinomu prostaty. Celkově komplexní soubor dat (změny počtu kopií, mutace, genová exprese) umožní analýzy cest s bezprecedentním rozlišením.
Typ studie
Zápis (Očekávaný)
Kontakty a umístění
Studijní místa
-
-
-
Graz, Rakousko, 8010
- Institute of Human Genetics, Medical University of Graz
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Pohlaví způsobilá ke studiu
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Studie zahrnuje muže s prokázanou histologickou diagnózou rakoviny prostaty a léčbou abirateronem a/nebo enzalutamidem.
Účastníci byli rekrutováni v lékařské fakultní nemocnici v Grazu.
Popis
Kritéria pro zařazení:
- subjekt prokázal histologickou diagnózu rakoviny prostaty
- subjekt byl léčen abirateronem a/nebo enzalutamidem.
Kritéria vyloučení:
- pacient účast odmítá
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Vzorce polohování nukleozomů
Časové okno: 3 roky
|
Zde budou vzorky se zvýšeným z-skóre (z-skóre >5; odpovídá ≥10 % ctDNA; modifikovaný rychlý aneuploidní screeningový test-sekvenační systém (mFAST-SeqS)) sekvenovány s vysokým pokrytím (70x) tak, aby pozice nukleozomů mohly extrahovat ze získaných sekvencí.
Stejně jako u TSS (místo počátku transkripce) má obsazenost nukleozomů za následek různé vzorce pokrytí hloubky čtení v exprimovaných a tichých genech (Ulz et al., Nat Genet 2016), budou generovány systematické mapy pozic nukleozomů u definovaných pacientů.
|
3 roky
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Fokální amplifikace v ctDNA
Časové okno: 3 roky
|
Mapování (absolutní počet a velikost) rekurentních fokálních amplifikace/získaných oblastí a identifikace řídících genů v těchto amplikonech systematickou katalogizací genů exprimovaných ve fokálních amplifikacích/získaných oblastech.
Abychom usnadnili identifikaci fokálních amplifikace, aplikujeme velmi přísná/konzervativní kritéria týkající se velikosti amplikonu a genové hustoty, která jsme aplikovali v předchozích publikacích (Ulz et al., Nat Commun 2016; Ulz, Heitzer, Speicher, Nat Genet 2016).
|
3 roky
|
|
Panel rakoviny prostaty
Časové okno: 3 roky
|
Charakterizace mutační frekvence obohacených genů rakoviny prostaty pomocí plasma-Seq (tj.
AKAP9, APC, AR, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CTNNB1, EGFR, ERG, FOXA1, GNAS, GRIN2A, HRAS, KRAS, MED12, MLL, MLL2, MLL3, MLLT3, NOTCH1, NRG1, PIK3R3CA PTEN, RB1, SPOP, TMPRSS2, TP53, ZFHX3).
|
3 roky
|
|
Klinicko-patologické charakteristiky
Časové okno: 3 roky
|
Dokumentace klinicko-patologických charakteristik (PSA, NSE; krevní obraz; lokalizace, počet a velikost metastáz zobrazením) včetně předchozích a následných terapií. Identifikovat prediktivní/prognostické biomarkery, nově se vyskytující genomové změny v plazmatické DNA (viz primární výsledek a další sekundární měření výsledků) budou korelovány s výsledky daných terapií.
|
3 roky
|
|
Analýzy primárních nádorů
Časové okno: 3 roky
|
Měření změn počtu kopií u primárních nádorů sekvenováním nové generace, tzn.
SCNA-seq a RNA-Seq pro srovnání s polohami nukleozomů, viz výše.
|
3 roky
|
|
Bukální výměna
Časové okno: 3 roky
|
Rozdíl mezi zárodečnou linií a somatickými mutacemi
|
3 roky
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Jochen B Geigl, Prof, MD, Institute of Human Genetics
Publikace a užitečné odkazy
Obecné publikace
- Maia MC, Salgia M, Pal SK. Harnessing cell-free DNA: plasma circulating tumour DNA for liquid biopsy in genitourinary cancers. Nat Rev Urol. 2020 May;17(5):271-291. doi: 10.1038/s41585-020-0297-9. Epub 2020 Mar 17.
- Ulz P, Belic J, Graf R, Auer M, Lafer I, Fischereder K, Webersinke G, Pummer K, Augustin H, Pichler M, Hoefler G, Bauernhofer T, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Whole-genome plasma sequencing reveals focal amplifications as a driving force in metastatic prostate cancer. Nat Commun. 2016 Jun 22;7:12008. doi: 10.1038/ncomms12008.
- Ulz P, Heitzer E, Speicher MR. Co-occurrence of MYC amplification and TP53 mutations in human cancer. Nat Genet. 2016 Feb;48(2):104-6. doi: 10.1038/ng.3468. No abstract available.
- Ulz P, Thallinger GG, Auer M, Graf R, Kashofer K, Jahn SW, Abete L, Pristauz G, Petru E, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA. Nat Genet. 2016 Oct;48(10):1273-8. doi: 10.1038/ng.3648. Epub 2016 Aug 29.
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Očekávaný)
Dokončení studie (Očekávaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- FWF Project KLI 710-B26
- 21-228 ex 09/10 (Jiný identifikátor: Ethics Committee at Med Uni Graz)
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .